| HIV-1蛋白酶与抑制剂作用的结合自由能计算 |
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| 引用本文： | 伊长虹,张庆刚. HIV-1蛋白酶与抑制剂作用的结合自由能计算[J]. 化学学报, 2010, 68(20): 2029-2034 |
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| 作者姓名： | 伊长虹 张庆刚 |
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| 作者单位： | (1山东师范大学物理与电子科学学院 济南 250014)(2山东交通学院数理系 济南 250023) |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，山东省自然科学基金 |
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| 摘 要： | HIV-1蛋白酶是治疗艾滋病的重要靶标酶之一. 采用分子动力学模拟, 运用MM-PBSA方法计算了HIV-1蛋白酶与三个抑制剂BE4, BE5和BE6的结合自由能, 结果表明抑制剂P1/ 位置的苄基上双氟原子的不同位置对结合自由能产生不同的影响. 通过能量分解的方法考察了HIV-1蛋白酶的主要残基与三个抑制剂间的相互作用与识别, 结果表明三个抑制剂以相同的作用模式与HIV-1蛋白酶结合, 计算结果与实验结果基本吻合.
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| 关 键 词： | HIV-1蛋白酶 分子动力学 MM-PBSA/GBSA 结合自由能 抑制剂 |
Study of the Binding Free Energies between HIV-1 Protease and Its Inhibitors |
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| Yi Changhong,Zhang Qinggang. Study of the Binding Free Energies between HIV-1 Protease and Its Inhibitors[J]. Acta Chimica Sinica, 2010, 68(20): 2029-2034 |
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| Authors: | Yi Changhong Zhang Qinggang |
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| Affiliation: | (1 College of Physics and Electronics, Shandong Normal University, Jinan 250014)(2 Department of Mathematics and Physics, Shandong Jiaotong University, Jinan 250023) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | HIV-1 protease MM-PBSA/GBSA molecular dynamics binding free energy inhibitor |
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