| 一种基于能量的RNA二级结构预测的动态划分算法 |
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| 引用本文： | 高琼,莫忠息,郑卓.一种基于能量的RNA二级结构预测的动态划分算法[J].数学杂志,2003,23(1):43-48. |
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| 作者姓名： | 高琼 莫忠息 郑卓 |
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| 作者单位： | 1. 武汉大学数学与统计学院,武汉,430072
2. 武汉大学电信学院,武汉,430072 |
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| 基金项目： | 武汉大学自强创新科研基金资助项目 |
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| 摘 要： | 预测单链RNA分子序列的二级结构是计算生物学中的一个重要内容.本文基于RNA分子结构的稳定性原理.提出了一种预测RNA二级结构的新算法——基于能量的动态划分算法.该算法的空间复杂度仅为O(n),时间复杂度近似为O(n2·logn),且预测结构有较好的精度.
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| 关 键 词： | 能量 RNA 二级结构 预测 动态划分算法 茎区 自由能 |
| 文章编号： | 0255-7797(2003)01-0043-06 |
AN ENERGY BASED DYNAMIC PATITIONING ALGORITYM FOR RNA SECONDARY STRUCTURE PREDICTION |
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| GAO Qiong MO Zhong-xi ZHENG Zhuo.AN ENERGY BASED DYNAMIC PATITIONING ALGORITYM FOR RNA SECONDARY STRUCTURE PREDICTION[J].Journal of Mathematics,2003,23(1):43-48. |
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| Authors: | GAO Qiong MO Zhong-xi ZHENG Zhuo |
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| Abstract: | Predicting of RNA secondary structure from linear RNA sequence is an important content in computational biology. Based on the structural stablity principle of RNA molecules, a new prediction algorithm-energy based dynamic patitioning algorithm for RNA secondary structure is presented. The space complexity of the algorithm is only O(n) while the time complexity approximates to O(n2 ?logn). |
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| Keywords: | RNA secondary structure dynamic patitioning algorithm stem free energy |
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