| LepA蛋白羧基末端结构域组成及物种分布的生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | 韩斌,秦燕. LepA蛋白羧基末端结构域组成及物种分布的生物信息学分析[J]. 中国科学:化学, 2012, 0(1): 24-31 |
| |
| 作者姓名： | 韩斌 秦燕 |
| |
| 作者单位： | 中国科学院生物物理研究所,生物大分子国家重点实验室,ncRNA实验室,北京100101 |
| |
| 基金项目： | 致谢 本工作得到国家重大科学研究计划（2012cB911001）、国家自然科学基金（31170756）和中国科学院CAS-NN研究基金资助,特此一并致谢.感谢朱小篷博士和李承珉对本文的建设性意见和建议. |
| |
| 摘 要： | LepA蛋白是核糖体延伸因子,在蛋白质翻译过程中催化核糖体进行反转位.LepA的羧基末端结构域（LepA_CTD）的氨基酸序列非常保守,结构预测显示其与已知的任何结构模体都不存在相似性,但迄今为止其三维结构尚未被解析,因此无法进行结构与相关功能的研究.本文通过生物信息学的方法对LepA_CTD的相关数据进行系统整理,发现：（1）LepA_CTD结构域总是与LepA前四个结构域共存,并具有组成上的高度保守性;（2）LepA蛋白存在于几乎全部的细菌和真核生物中,并具有物种分布上的高度保守性;（3）LepA_CTD结构域靠近C末端的区域具有保守且带正电的结构模体,可能是其发挥生物学功能的关键位点.
|
| 关 键 词： | LepA CTD结构域 GTP酶 物种分布 序列分析 |
Bioinformatics analysis reveals that LepA C-terminal domain is highly conserved in domain architectures and phylogenetic distribution |
| |
| HAN Bin,QIN Yan. Bioinformatics analysis reveals that LepA C-terminal domain is highly conserved in domain architectures and phylogenetic distribution[J]. Scientia Sinica Chimica, 2012, 0(1): 24-31 |
| |
| Authors: | HAN Bin QIN Yan |
| |
| Affiliation: | National Laboratory of Biomacromolecules,ncRNA Lab,Institute of Biophysics,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101,China |
| |
| Abstract: | LepA is a ribosomal elongation factor that catalyzes back-translocation of the ribosome during elongation cycle.LepA has a highly conserved and structural independent carboxyl terminal domain（LepA_CTD）,but the structural and functional information of this domain remains elusive.Here,we collected all the LepA_CTD concerning information from protein databanks and found that：（1） LepA_CTD always coexists with the four LepA N-terminal domains,thus it is conserved in domain architectures;（2） LepA is conserved in almost all bacteria and eukaryote,but absent in archaea;（3） the C-terminal part of LepA_CTD has highly conserved and positively charged motifs could be responsible for its back-translocase function. |
| |
| Keywords: | LepA CTD GTPase phylogenetic distribution sequence analysis |
| 本文献已被 维普 等数据库收录！ |
|
