| 新型二氟甲基磷酸类酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B抑制剂的分子动力学模拟和结合自由能计算（英文） |
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| 引用本文： | 崔巍,张怀,计明娟.新型二氟甲基磷酸类酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B抑制剂的分子动力学模拟和结合自由能计算（英文）[J].物理化学学报,2009(4). |
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| 作者姓名： | 崔巍 张怀 计明娟 |
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| 作者单位： | [1]中国科学院研究生院化学与化学工程学院,北京100049 [2]中国科学院研究生院计算地球动力学重点实验室,北京100049 |
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| 摘 要： | 通过分子对接建立了一系列含二氟甲基磷酸基团（DFMP）或二氟甲基硫酸基团（DFMS）的抑制剂与酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B（PTP1B）的相互作用模式,并通过1ns的分子动力学模拟和molecular mechanics/generalized Born surface area（MM/GBSA）方法计算了其结合自由能.计算获得的结合自由能排序和抑制剂与靶酶间结合能力排序一致;通过基于主方程的自由能计算方法,获得了抑制剂与靶酶残基间相互作用的信息,这些信息显示DFMP/DFMS基团的负电荷中心与PTP1B的221位精氨酸正电荷中心之间的静电相互作用强弱决定了此类抑制剂的活性,进一步的分析还显示位于DFMP/DFMS基团中的氟原子或其他具有适当原子半径的氢键供体原子会增进此类抑制剂与PTP1B活性位点的结合能力.
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| 关 键 词： | 酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B 分子动力学模拟 自由能计算 自由能分解 MM/GBSA |
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