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| 主成分分析方法在核酸碱基量子化学计算数据处理中的应用 | |
| 引用本文： | 刘世熙,曹槐,栗晻,谢小光,刘次全. 主成分分析方法在核酸碱基量子化学计算数据处理中的应用[J]. 化学研究与应用, 2002, 14(3): 293-295 |
| 作者姓名： | 刘世熙 曹槐 栗晻 谢小光 刘次全 |
| 作者单位： | 1. 中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放研究实验室,云南,昆明,650223;云南大学现代生物学研究中心,云南,昆明,650091 2. 云南省卫生防疫站,云南,昆明,650022 3. 中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放研究实验室,云南,昆明,650223 |
| 基金项目： | 中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放实验室课题资助项目 |
| 摘 要： | 由于碱基在核酸中的重要性 ,多年来一直有关于碱基的理论计算报道[1～ 7] 。本文将化学计量学中的主成分分析方法[8] 用来分析五种碱基 :腺嘌呤 (Ａ)、鸟嘌呤 (Ｇ)、胞嘧啶 (Ｃ)、尿嘧啶 (Ｕ)和胸腺嘧啶 (Ｔ)计算结果的几何参数 ,以期取得有用的结构信息。1 方法通过ＡＣＤ ＣｈｅｍＳｋｅｔｃｈ 3 .5 [9] 的三维优化 (分子力学方法ＣＨＡＲＭＭ力场 )获得碱基的起始几何结构 ,其原子编号见图 1。所有的计算均采用Ｇａｕｓｓｉａｎ 94程序[10 ] 在ＩＢＭ ＰＣ兼容机上完成。首先 ,对 5种碱基作了 6种半经验方法 (ＡＭ1、ＰＭ3、ＭＮＤＯ、… |
| 关 键 词： | 主成分分析方法 核酸 量子化学 数据处理 碱基 半经验方法 从头算 化学计量学 结构 |
| 文章编号： | 1004-1656(2002)03-0293-03 |
| 修稿时间： | 2001-04-09 |
Application of principal component analysis in date processing of quantum chemistry calculations on nucleic acid bases |
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| LIU Shi xi ,,CAO Huai ,,LI Yang ,XIE Xiao guang ,LIU Ci quan . Application of principal component analysis in date processing of quantum chemistry calculations on nucleic acid bases[J]. Chemical Research and Application, 2002, 14(3): 293-295 | |
| Authors: | LIU Shi xi CAO Huai LI Yang XIE Xiao guang LIU Ci quan |
| Affiliation: | LIU Shi xi 1,2,CAO Huai 1,2,LI Yang 3,XIE Xiao guang 1,LIU Ci quan 1,2 |
| Abstract: | The quantum calculations on five nucleic acid bases,A,G,C,U,and T,were performed by six semiempirical methods,ab initio Hartree Fork method with twenty different basis sets,and ab initio MP2 method with three different basis sets.Combining with experimental geometry parameters,two steps of principal component analysis(PCA) were processed on a large amount of data obtained from calculations.According to the results of the PCAs,some important geometric parameters of the bases were selected out to represent all of the parameters to discuss the problem related to geometric structure. |
| Keywords: | base semiempirical methods ab initio principal component analysis |
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