| 蛋白质相互作用界面中磷酸酪氨酸质子化状态的判定研究 |
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| 引用本文： | 陈芳进,刘涛,王晓磊,赵东升,冯健男,刘少君.蛋白质相互作用界面中磷酸酪氨酸质子化状态的判定研究[J].化学学报,2009,67(13):1523-1527. |
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| 作者姓名： | 陈芳进 刘涛 王晓磊 赵东升 冯健男 刘少君 |
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| 作者单位： | 1. 军事医学科学院基础医学研究所,北京,100850
2. 军事医学科学院生物超级计算中心,北京,100850 |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究发展规划(973计划)，国家自然科学基金重点项目 |
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| 摘 要： | 蛋白质相互作用界面上磷酸酪氨酸的质子化状态对蛋白质相互作用具有重要影响, 在进行相关结构的计算研究时, 必须对其进行准确判定. 采用AMBER/parm99力场和广义波恩(GBobc)隐式水模型, 以SHC1 (src homology 2 domain-containing transforming protein C1)的SH2 (Src homology 2)结构域与磷酸化激活的T细胞受体CD247链的相互作用核磁结构为例, 首次以热力学积分方法对相互作用界面上磷酸酪氨酸的质子化状态进行判定研究, 结果显示该方法计算精确, 判定结果与实验结果一致. 表明该方法不仅为涉及磷酸酪氨酸的蛋白质相互作用的计算结构研究奠定了基础, 在其它具有可电离基团的氨基酸的质子化状态判定中也将具有潜在的推广应用价值.
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| 关 键 词： | 酪氨酸激酶受体 磷酸酪氨酸 质子化 广义波恩模型 热力学积分 |
| 收稿时间： | 2009-2-10 |
| 修稿时间： | 2009-4-21 |
Determination Study of the Protonation State of The Phosphotyrosine in the Protein Interaction Interface |
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| Chen,Fangjin,Liu,Tao,Wang,Xiaolei,Zhao,Dongsheng,Feng,Jiannan,Liu,Shaojun.Determination Study of the Protonation State of The Phosphotyrosine in the Protein Interaction Interface[J].Acta Chimica Sinica,2009,67(13):1523-1527. |
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| Authors: | Chen Fangjin Liu Tao Wang Xiaolei Zhao Dongsheng Feng Jiannan Liu Shaojun |
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| Institution: | a Institute of Basic Medical Sciences;Academy of Military Medical Sciences;Beijing 100850;b Super Biomedical Computing Center;Beijing 100850 |
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| Abstract: | The protonation state of phosphotyrosine in protein interaction interface has an important impact on protein interactions, and thus should be determined correctly before computational study. Using the NMR structure of the SH2 domain of SHC1 bound with a phosphorylated CD247 chain of T cell receptor as an example, the protonation state of phosphotyrosine was studied by thermodynamic integration with AM- BER/parm99 force field and GBobc implicit water model for the first time. The result showed that the compu... |
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| Keywords: | receptor tyrosine kinase phosphotyrosin protonation generalized Born model thermodynamic integration |
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