| HIV-1蛋白酶的质子化状态 |
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| 引用本文： | 洪正平,王秀娥.HIV-1蛋白酶的质子化状态[J].原子与分子物理学报,2011,28(5):577-580. |
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| 作者姓名： | 洪正平 王秀娥 |
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| 作者单位： | 山东师范大学 物理与电子科学学院,北京工商大学机械工程学院 |
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| 摘 要： | 将分子动力学模拟和分子力学-泊松/波耳兹曼方法相结合，研究在HIV蛋白酶和抑制剂ABT-538的复合物中的不同质子化位置.结果表明：不同的质子化状态对蛋白酶的温度因子、蛋白酶和抑制剂的结合自由能及氢键都有很大影响.用分子力学-泊松/波耳兹曼方法计算显示：在B链中，25号天冬氨酸OD1氧原子被质子化的结合自由能最强，计算得到的温度因子和实验值比较吻合.另外，由氢键分析看出：在此质子化状态中，药物和蛋白酶、药物和W301水分子、W301水分子和蛋白酶形成的氢键在整个动力学模拟过程中最稳定.
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| 关 键 词： | 质子化 分子动力学 分子力学-泊松/波耳兹曼表面积方法 HIV蛋白酶 氢键 |
| 修稿时间： | 9/3/2010 12:00:00 AM |
Protonation States in HIV-1 Proteas |
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| Hong ZhengPing and Wang Xiue.Protonation States in HIV-1 Proteas[J].Journal of Atomic and Molecular Physics,2011,28(5):577-580. |
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| Authors: | Hong ZhengPing and Wang Xiue |
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| Institution: | College of Physics and Electronics, Shandong Normal University,School of Mechanical Engineering, Beijing Technology and Business University |
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