| 分子动力学研究抑制剂pDI6W与MDM2的相互作用机制 |
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| 引用本文： | 陈建中,梁志强,张庆刚,刘晓阳,王伟,刘进庆.分子动力学研究抑制剂pDI6W与MDM2的相互作用机制[J].原子与分子物理学报,2013,30(6). |
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| 作者姓名： | 陈建中 梁志强 张庆刚 刘晓阳 王伟 刘进庆 |
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| 作者单位： | 山东交通学院理学院,山东交通学院理学院,山东师范大学物理与电子科学学院,济南职业学院电子工程系,山东交通学院理学院,山东交通学院理学院 |
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| 摘 要： | p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标。本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法计算了肽类抑制剂pDI6W与MDM2的结合自由能，结果证明范德华作用是pDI6W与MDM2结合的主要力量。相关矩阵的计算结果表明pDI6W的结合主要诱导了MDM2内部的反相关运动。基于成对残基的自由能分解计算不仅证明pDI6W的5个残基Phe19′, Trp22′, Trp23′, Leu26′和Thr27′能够与MDM2产生较强的相互作用，而且确认了CH-π, CH-CH和π-π相互作用驱动了pDI6W在MDM2疏水裂缝中的结合。这为抗癌药物的设计提供了理论上的指导。
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| 关 键 词： | 分子动力学 MM-PBSA 结合自由能 MDM2 相关矩阵 |
| 收稿时间： | 5/22/2012 2:56:27 PM |
Insight into Interaction Mechamism of the inhibitor pDI6W with MDM2 Based on Molecular Dynamics |
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| Keywords: | Molecular dynamics simulation cross-correlation matrix p53-MDM2 interaction binding free energy MM-PBSA |
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