| 基于一维序列的三维染色质相分离：驱动力、过程与功能 |
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| 作者单位： | 1. College of Chemistry and Molecular Engineering, Peking University, Beijing 100871, P. R. China;2. Biomedical Pioneering Innovation Center, Peking University, Beijing 100871, P. R. China |
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| 基金项目： | the National Natural Science Foundation of China(21573006);the National Natural Science Foundation of China(21821004);the National Natural Science Foundation of China(21873007);the National Key R & D Program of China(2017YFA0204702) |
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| 摘 要： | 染色质高级结构在基因调控中起到不可忽视的作用,染色质结构的形成与调控机制受到广泛关注。"相分离"理论近年来受到较多关注,异染色质与转录因子在其中的作用引人瞩目。但是,目前的相分离模型更关注结合因子与表观遗传性质,对DNA序列自身的作用理解尚较不充分。许多物种基因组的序列分布均具有多尺度的不均一性,仅基于Cp G岛(Cp G island,CGI)密度差异这一序列性质,就可以划分出基因、表观遗传、结构和转录性质都截然不同的高CGI密度"森林"和低CGI密度"草原"两种序列区域,体现了基因组自身的马赛克性。本文聚焦染色质结构的序列依赖性,讨论了染色质结构模型的研究进展,关注在序列几乎相同的不同细胞类型中的序列–结构关系及其功能调控,对发育、分化、衰老、疾病等多种过程的染色质结构变化进行了系统分析。针对基于序列的染色质相分离模型,对其物理驱动力进行了讨论,并在该模型的框架下基于相分离的物理特性,对温度、序列不均一性等物理因素对染色质结构可能造成的影响进行了探讨。
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| 关 键 词： | 相分离 序列马赛克性 CGI森林和草原 发育与分化 老化与疾病 |
| 收稿时间： | 2019-07-01 |
1D Sequence Based 3D Chromatin Phase Separation: Forces,Processes, and Functions |
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| Sirui Liu,Hui Quan,Hao Tian,Rui Zhou,Lijiang Yang,Yiqin Gao. 1D Sequence Based 3D Chromatin Phase Separation: Forces,Processes, and Functions[J]. Acta Physico-Chimica Sinica, 2020, 36(1): 1907010-0. DOI: 10.3866/PKU.WHXB201907010 |
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| Authors: | Sirui Liu Hui Quan Hao Tian Rui Zhou Lijiang Yang Yiqin Gao |
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| Affiliation: | 1. College of Chemistry and Molecular Engineering, Peking University, Beijing 100871, P. R. China;2. Biomedical Pioneering Innovation Center, Peking University, Beijing 100871, P. R. China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Phase separation Sequence mosaicity Forest and prairie domains Development and differentiation Aging and disease |
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