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基于TCGA数据库构建肺腺癌相关免疫基因预后模型
作者姓名:刘凤燕  张元媛  张琪  罗雷  李光琴  戚文华
作者单位:1. 重庆三峡学院生物与食品工程学院;2. 山西农业大学基础部
基金项目:国家自然科学基金资助项目(31702032);;重庆市自然科学基金资助项目(cstc2019jcyj-msxmX0410);
摘    要:从TCGA公共数据库中下载535个肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)肿瘤组织样品及59个正常组织样品及其相配的临床病例资料,提取样本全转录组测序结果.利用wilcox检验对两组样品进行差异表达分析,利用网址https://www.immport.org/下载免疫基因与肺腺癌转录组差异表达基因取交集,提取与肺腺癌相关的差异表达免疫基因.基于差异表达免疫基因,采用单因素和多因素Cox回归分析构建模型,并根据风险评分,将患者分为高风险组和低风险组;采用生存分析(K-M)和受试者工作特征(ROC)曲线分析检验模型预测效能.结果显示,共提取490个与肺腺癌相关的差异表达免疫基因,其中表达上调基因328个,表达下调基因162个,采用Cox单因素回归分析获得53个与生存时间相关的预后免疫基因,多因素Cox回归分析最终得到一个由15个预后免疫基因构建的风险评估模型.ROC曲线结果证实该模型对LUAD患者5 a内生存率的分析准确性较高(AUC=0.721),单因素和多因素Cox独立分析提示risk score(RS)能作为一个独立的预后指标(P<0.001).临床变量相关...

关 键 词:肺腺癌  免疫基因  TCGA数据库  预后模型
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