| 基于高维特征非线性筛选的HLA-A*0201限制性CTL表位预测 |
| |
| 引用本文： | 韩娜,袁哲明,陈渊,代志军,王志明.基于高维特征非线性筛选的HLA-A*0201限制性CTL表位预测[J].物理化学学报,2013,29(9):1945-1953. |
| |
| 作者姓名： | 韩娜 袁哲明 陈渊 代志军 王志明 |
| |
| 作者单位： | Hunan Provincial Key Laboratory of Crop GermplasmInnovation and Utilization, Hunan Provincial Key Laboratory for Biology and Control of Plant Diseases and Insect Pests, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, P. R. China |
| |
| 基金项目： | 湖南省杰出青年科学基金(10JJ1005);教育部博士点基金(20124320110002)项目资助~~ |
| |
| 摘 要： | 高活性细胞毒T细胞(CTL)表位鉴定是设计肿瘤疫苗的关键内容.采用天然氨基酸的531个物理化学性质参数表征HLA-A*0201限制性表位9肽, 从531×9个初始描述子出发, 经二元矩阵重排过滤器粗筛和多轮末尾淘汰精细筛选, 获得18个物理化学意义明确的保留描述子. 18个保留描述子主要涉及除1位、5位外各位置残基的疏水性和空间结构特征, 3位残基疏水性对活性影响最大, 且2位、4位、9位残基共占10个保留描述子,支持2位和9位残基为锚点、3位为关键位点以及4位残基为标志链的现有认知. 对18个保留描述子以支持向量回归构建定量序效模型,其拟合、留一法交叉验证决定系数R2、Qcv2分别为0.957、0.708; 独立预测决定系数及均方根误差Qext2 、RMSEext分别为0.818、0.366, 明显优于文献报道. 通过对全组合虚拟9肽的预测, 得到了多条预测活性高于已知表位肽的9肽, 可供实验验证. 较全面阐明了特定位置残基对多肽亲和性的影响规律, 为高活性多肽疫苗分子设计提供了切实指导.
|
| 关 键 词： | 抗原肽 定量序效模型 高维特征 支持向量回归 多肽疫苗 |
| 收稿时间： | 2013-04-24 |
| 修稿时间： | 2013-06-18 |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《物理化学学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《物理化学学报》下载免费的PDF全文 |
|
