| 恢复蛋白EF-hand与钙离子去耦合作用的拉伸分子动力学模拟 |
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| 引用本文： | 李吉来,耿彩云,步宇翔,张亮,张来斌,黄旭日,孙家锺. 恢复蛋白EF-hand与钙离子去耦合作用的拉伸分子动力学模拟[J]. 化学学报, 2009, 67(14): 1597-1602 |
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| 作者姓名： | 李吉来 耿彩云 步宇翔 张亮 张来斌 黄旭日 孙家锺 |
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| 作者单位： | 山东大学化学与化工学院胶体与界面化学教育部重点实验室,济南,250100;吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室,长春,130023;吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室,长春,130023;山东大学化学与化工学院胶体与界面化学教育部重点实验室,济南,250100 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，山东省博士后创新，中国博士后科学基金 |
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| 摘 要： | 恢复蛋白Recoverin是一重要的神经钙传感蛋白. 为澄清EF-hand与Ca2＋耦合/去耦合作用机制, 采用拉伸分子动力学(SMD)方法对其进行了一系列等外力和等速度的非平衡分子动力学模拟. 研究结果表明EF-2和EF-3 loop区氨基酸螯合Ca2＋能力大小顺序分别为Asn-76＜Thr-80＜Glu-85＜Asp-74＜Asp-78和Thr-116＜Glu-121＜Asp-110＜Asn-114＜Asp-112. 结构域EF-3比EF-2耦合Ca2＋离子的能力强. EF-hand loop环中的Asp-78和Asp-112残基在该信号传导过程中起至关重要的作用. 基于理论模拟和试验结果我们推测Ca2＋离子诱导恢复蛋白的构象转变是一个两步过程. 在该细胞信号Ca2＋离子与恢复蛋白耦合过程中, EF-3和Ca2＋耦合作用触发恢复蛋白构象转变, 而EF-2和Ca2＋的耦合作用起续航作用, 促使变构过程完成.
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| 关 键 词： | 恢复蛋白 变构过程 信号传导 去耦合作用 拉伸分子动力学 Ca2+/豆蔻酰基开关 |
| 收稿时间： | 2008-04-21 |
| 修稿时间： | 2008-02-28 |
Decoupling Interactions between EF-hands of Recoverin and Ca~(2+):Steered Molecular Dynamics Simulation |
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| Li Jilai,Geng Caiyun,Bu Yuxiang,Zhang Liang,Zhang Laibin,Huang Xuri,Sun Chiachung. Decoupling Interactions between EF-hands of Recoverin and Ca~(2+):Steered Molecular Dynamics Simulation[J]. Acta Chimica Sinica, 2009, 67(14): 1597-1602 |
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| Authors: | Li Jilai Geng Caiyun Bu Yuxiang Zhang Liang Zhang Laibin Huang Xuri Sun Chiachung |
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| Affiliation: | a Key Laboratory of Education Ministry on Colloid and Interface Chemistry;Shandong University;Jinan 250100;b State Key Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry;Institute of Theoretical Chemistry;Jilin University;Changchun 130023 |
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| Abstract: | Recoverin is an important branch of neuronal calcium sensor.To clarify the coupling/decoupling interaction mechanism between EF-hands and Ca2+,a series of constant force pulling and constant velocity pulling non-equilibrium molecular dynamics simulations were performed by using a steered molecular dynamics method.The results show that,among the residues in the EF-2 and EF-3 loop motifs,the orders of chelation abilities are Asn-76
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| Keywords: | recoverin conformational transition signal transduction decoupling interaction steered molecular dynamics Ca2+/myristoyl switch |
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