| 洋刀豆脲酶与抑制剂相互作用的分子对接和分子动力学研究 |
| |
| 引用本文： | 吕婧,蒋勇军,俞庆森,邹建卫.洋刀豆脲酶与抑制剂相互作用的分子对接和分子动力学研究[J].化学学报,2011,69(20):2427-2433. |
| |
| 作者姓名： | 吕婧 蒋勇军 俞庆森 邹建卫 |
| |
| 作者单位： | (1浙江大学化学系 杭州 310027)(2浙江大学宁波理工学院分子设计与营养工程市重点实验室 宁波 315104) |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(No.20803063); 宁波市自然科学基金(No.2010A610024)资助项目 |
| |
| 摘 要： | 通过洋刀豆脲酶抑制剂的筛选实验得到具有较好抑制活性的化合物2-乙酰基-γ-丁内酯(COM), 其半数抑制浓度在微摩尔浓度级别(IC50＝375 μmol?L－l). 在此基础上, 使用分子对接和分子动力学(MD)模拟的方法研究洋刀豆脲酶与抑制剂乙酰氧肟酸(AHA)及活性化合物COM之间的相互作用. 用Gold3.0程序将两个小分子与洋刀豆脲酶的晶体结构进行对接, 对接得到的复合物模型使用Amber程序进行MD模拟研究. 模拟过程中, 脲酶结构中的双核镍离子活性中心选用non-bonded模型. 研究结果显示: AHA与洋刀豆脲酶结合时, Ni(1)和Ni(2)均为五配位|COM与洋刀豆脲酶结合时Ni(1)为五配位, Ni(2)为六配位的结合模型更加合理. 这些研究为了解洋刀豆脲酶与抑制剂之间的相互作用提供了重要的参考信息.
|
| 关 键 词： | 洋刀豆脲酶 分子对接 分子动力学模拟 MM_GBSA 镍离子 |
Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulations of Inhibitors Binding to Jack Bean Urease |
| |
| LV Jing,JIANG Yong-Jun,YU Qing-Sen,ZOU Jian-Wei.Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulations of Inhibitors Binding to Jack Bean Urease[J].Acta Chimica Sinica,2011,69(20):2427-2433. |
| |
| Authors: | LV Jing JIANG Yong-Jun YU Qing-Sen ZOU Jian-Wei |
| |
| Institution: | (1 Department of Chemistry, Zhejiang University, Hangzhou 310027)
(2 Key Laboratory for Molecular Design and Nutrition Engineering of Ningbo City, Ningbo Institute of Technology, Zhejiang University, Ningbo 315104) |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Jack bean urease molecular docking molecular dynamics simulation MM_GBSA Nickel ion |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《化学学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《化学学报》下载免费的PDF全文 |
