| 全原子分子动力学模拟研究丙氨酸二肽水溶液的结构和氢键作用 |
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| 引用本文： | 张荣,吴文娟. 全原子分子动力学模拟研究丙氨酸二肽水溶液的结构和氢键作用[J]. 原子与分子物理学报, 2012, 29(1): 31-36 |
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| 作者姓名： | 张荣 吴文娟 |
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| 作者单位： | 广东药学院药科学院物理化学教研室,广州,510006 |
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| 摘 要： | 采用全原子分子动力学模拟研究了丙氨酸二肽分子在水溶液中的结构和氢键作用。径向分布函数和氢键统计用于分子动力学模拟的分析。从径向分布函数（RDF）发现不同类型的强氢键显示出不同的形成能力，而体系中的C−H•••O弱相互作用较为明显，也不能忽略。氢键统计分析的结果也证实了这一点。分子内距离、回转半径和骨架二面角用于表征丙氨酸二肽分子在水溶液中的构象变化。丙氨酸二肽分子在水溶液中的柔顺性较好，构象在折叠和伸展之间相互转换。
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| 关 键 词： | 全原子分子动力学模拟； 丙氨酸二肽； 水溶液；结构；氢键 |
| 修稿时间： | 2011-07-03 |
All-atom Molecular dynamics Simulations Study on the Structures and Hydrogen Bonding Interactions of Alanine Dipeptide Aqueous Solution |
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| ZHANG Rong , WU Wen-Juan. All-atom Molecular dynamics Simulations Study on the Structures and Hydrogen Bonding Interactions of Alanine Dipeptide Aqueous Solution[J]. Journal of Atomic and Molecular Physics, 2012, 29(1): 31-36 |
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| Authors: | ZHANG Rong WU Wen-Juan |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | All-atom MD simulation alanine dipeptide aqueous solution structure, hydrogen bonds |
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