| 基于深腾1800机群系统的分子动力学并行仿真研究 |
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| 引用本文： | 郭晓光,郭东明,康仁科,等.基于深腾1800机群系统的分子动力学并行仿真研究[J].大连理工大学学报,2007,47(6):818-822. |
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| 作者姓名： | 郭晓光 郭东明 康仁科 等 |
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| 作者单位： | 大连理工大学,精密与特种加工教育部重点实验室,辽宁,大连,116024 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金
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国家自然科学基金 |
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| 摘 要： | 介绍了分子动力学并行仿真计算的软硬件环境,分析了现有的几种并行算法,确定采用区域分解法作为并行算法,并在此基础上提出了基于区域二次划分的分子动力学并行仿真算法.另外,阐述了原子链、原子近邻表和原子亲属表的概念,提出了基于永久序号的消息传递策略.最后,设计了分子动力学并行仿真程序,并分别在1、2、3、4台结点机上进行了实验,运行结果表明:加速比随着结点数的增加而增加,并行效率虽略有下降但都在87.5%以上,并行效率并没有随着结点数的增加有明显的降低,说明并行程序具有很好的扩展性.
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| 关 键 词： | 分子动力学仿真 并行算法 区域分解法 |
| 文章编号： | 1000-8608（2007）06-0818-05 |
| 收稿时间： | 2006-03-19 |
| 修稿时间： | 2007-09-15 |
Study of MD parallel simulation based on Shenteng 1800 COW |
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| GUO Xiao-guang,GUO Dong-ming,KANG Ren-ke,et al.Study of MD parallel simulation based on Shenteng 1800 COW[J].Journal of Dalian University of Technology,2007,47(6):818-822. |
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| Authors: | GUO Xiao-guang GUO Dong-ming KANG Ren-ke |
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| Abstract: | The hardware and software environments for parallel algorithm of molecular dynamics (MD) simulation were discussed in detail firstly. Then some popular parallel algorithms were analyzed and the domain decomposition was selected for the parallel algorithm |
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| Keywords: | molecular dynamics simulation parallel algorithm domain decomposition |
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