Classificazione automatica delle conformazioni delle anse degli anticorpi |
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| Authors: | AM Lesk |
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| Institution: | (1) University of Cambridge Clinical School, Wellcome Trust Centre for the Study of Molecular Mechanisms in Disease, Cambridge Institute for Medical Research, Wellcome/MRC Building, Hills Road, Cambridge CB2 2XY, UK, GB |
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| Abstract: | Sommario: I siti di legame con l'antigene degli anticorpi sono costituiti principalmente da sei anse, le RDC (Regioni determinante la
complementarietà). La conformazione della catena principale di cinque di queste anse è descritta dal modello delle “strutture
canoniche”, secondo il quale le catene principali di queste anse possiedono un repertorio di conformazioni limitato e discreto.
Le conformazioni osservate per l'ultima ansa (RDC3 della catena pesante) sono molto più variabili, e qui ci limitiamo a distinguere
fra le conformazioni di questa regione più vicine all'impalcatura. Dato il rapido aumento nella popolazione di strutture delle
immunoglobuline nella banca dati, sarebbe utile avere un metodo automatico per identificare le strutture canoniche di un anticorpo.
Abbiamo scritto un programma che accetta in entrata le coordinate di una struttura di un anticorpo, e assegna le strutture
canoniche delle anse. Il programma utilizza (1) un insieme delle strutture di anticorpi conosciute e la definizione delle
RDC in tutte queste strutture, e (2) le coordinate degli esempi che ci forniscono la definizione di ciascuna struttura canonica.
Classificazione automatica delle conformazioni delle anse degli anticorpi
Ricevuto il 10 Agosto 1999 |
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