水稻microRNA及其靶基因的系统鉴定 |
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引用本文: | 马轩,莫蓓莘,曹晓风.水稻microRNA及其靶基因的系统鉴定[J].华南师范大学学报(自然科学版),2017,49(3):55-58. |
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作者姓名: | 马轩 莫蓓莘 曹晓风 |
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作者单位: | 1.1.中科院遗传与发育生物学研究所 |
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基金项目: | 国家自然科学基金资助项目;国家自然科学基金资助项目;国家自然科学基金资助项目 |
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摘 要: | miRNA在植物生长发育和环境胁迫中发挥着重要的作用.本研究基于49个水稻小RNA 测序数据,系统分析了已知miRNA的表达,并鉴定到了新的水稻miRNA.我们发现,miRBase上注释的水稻miRNA中,只有39%具有可检测的表达. 此外,对水稻降解组数据的分析鉴定到一些新的miRNA靶基因,包括两个新的miR444靶基因,它们分别编码WD40蛋白和热休克因子型DNA结合蛋白.
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关 键 词: | 靶基因 |
收稿时间: | 2016-12-30 |
Systematic identification of miRNAs and miRNA targets in Oryza sativa |
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Abstract: | miRNAs play essential roles in plant development and environmental adaption. Here, based on 49 Oryza sativa (rice) small RNA-seq datasets, we systematically analyzed the expressions of known miRNAs and identified novel miRNAs in rice. We showed that only 39% of annotated miRNAs on miRBase have detectable expressions. Additionally, analysis of rice degradome datasets identified a few new miRNA targets including two miR444 targets that encode a WD40 protein and a HSF (heat shock factor)-type DNA-binding protein, respectively. |
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