Spectroscopic and computer simulation study on paramagnetic copper-containing plastocyanin |
| |
| Authors: | C. X. Wang G. Giugliarelli S. Cannistraro C. Fini |
| |
| Affiliation: | (1) Gruppo di Biofisica Molecolare, Dipartimento di Fisica dell’ Università, Perugia;(2) Gruppo di Biofisica Molecolare, Dipartimento di Fisica dell’ Università, Perugia;(3) Intituto Interfacoltà di Chimica Biologica dell’ Università, Perugia;(4) Present address: Centre for Fundamental Physics, University of Science and Technology of China, Hefei, People’s Republic of China |
| |
| Abstract: | Summary The spin Hamiltonian parameters of paramagnetic Cu2+-containing plastocyanin have been fully extracted by computer simulation using a theoretical model taking into account the strain-induced statistical modulation ofg andA tensors. The model is, moreover, dealing with the correct expression to be used for the EPR intensity in the field domain. A monte Carlo simulation method was used to sketch the solvent network around the active (Cu2+-containing) site of plastocyanin. The solvent-biomolecule picture, obtained by computing both water-water and water-plastocyanin interaction energies, allowed us to calculate a distance of 6.7 ? between the copper ion and the nearest water molecule.
Riassunto I parametri dell’hamiltoniana di spin relativa alla plastocianina, contenente ioni Cu2+ paramagnetici, sono stati determinati mediante simulazione al computer usando un modello teorico che tiene conto della modulazione statistica dei tensorig edA dovuta allo strain. Il modello tiene conto inoltre della corretta esressione da usare per l’intensità EPR nel dominio del campo. Un metodo di simulazione Monte Carlo è stato usato per rappresentare la struttura del solvente attorno al sito attivo della plastocianina. Il quadro d’insieme solvente-biomolecola, ottenuto calcolando le energie di interazione acqua-acqua ed acqua-plastocianina, ci ha permesso di determinare una distanza di 6.7 ? fra lo ione rame e la molecola d’acqua piú vicina.
Резюме С помошью компьютерного моделирования полностью получаются спиновые параметры Гамильтониана дпя парамагнитного пластоцианина, содержащего Cu2+, используя теотическую модель, которая учиывает деформацию, обсловленную статистической модуляцией тензоровg иA. Кроме того, предложенная модель модедь дает правильное выражение для интенсвнхости электронного парамагнитного резонанса в области поля. Для схематического изобважения структуры растворителя около активного узла (содержашего Cu2+) пластоцианина исользуется метод Монте Карло. Структура биомолекулы растворителя, полупенная при вычислении энергий взаимодействий между молекдами ?вода-бода? и ?вода-пластоцианин?, позволяет нам опеделить расстояние 6.7 ? между ионом меди и ближайшей молекулой воды. |
| |
| Keywords: | Electron paramagnetic resonance and relaxation |
| 本文献已被 SpringerLink 等数据库收录！ |
|
