| 基于分子对接的thanatin与NDM-1分子动力学模拟研究 |
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| 引用本文： | 史祥睿,代宇婕,张弢,张庆华,刘威. 基于分子对接的thanatin与NDM-1分子动力学模拟研究[J]. 化学通报, 2021, 84(11): 1237-1242 |
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| 作者姓名： | 史祥睿 代宇婕 张弢 张庆华 刘威 |
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| 作者单位： | 沈阳化工大学化学工程学院 沈阳110020;陆军军医大学大坪医院生殖医学中心 重庆400042;陆军军医大学全军免疫学研究所 重庆400038 |
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| 基金项目： | 陆军军医大学临床技术创新培育项目(CX2019LC118)资助 |
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| 摘 要： | 耐碳青霉烯类抗生素的超级细菌给人类健康带来了严重威胁，其所携带的金属 β-内酰胺酶编码基因是耐药性的主要来源。NDM-1作为其中传播最广、活性最强的 β-内酰胺酶，其抑制剂的研发刻不容缓。具有广谱作用的抗菌肽thanatin对NDM-1展现出了较好的抑制效果，但抑制机理并不清楚。本文使用HPEPDOCK与Rosetta FlexPepDock服务器，将thanatin与NDM-1进行了分子对接，并使用Desmond软件包对对接模型进行了分子动力学模拟。结果表明，thanatin与NDM-1活性中心的Zn2+ 并无直接相互作用，而作为竞争性抑制剂结合于NDM-1的活性口袋，阻止抗生素分子进入活性口袋与Zn2+ 结合，从而抑制NDM-1的水解活性。本文为研发有效的NDM临床抑制剂探索了可行的方法。
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| 关 键 词： | NDM-1 thanatin 分子对接 动力学模拟 活性 |
| 收稿时间： | 2021-03-30 |
| 修稿时间： | 2021-04-27 |
Molecular dynamics simulation study of thanatin and NDM-1 based on molecular docking |
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| Shi Xiangrui,Dai Yujie,Zhang Tao,Zhang Qinghua and Liu Wei. Molecular dynamics simulation study of thanatin and NDM-1 based on molecular docking[J]. Chemistry, 2021, 84(11): 1237-1242 |
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| Authors: | Shi Xiangrui Dai Yujie Zhang Tao Zhang Qinghua Liu Wei |
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| Affiliation: | School of Chemical Engineering,Shenyang University of Chemical Techonlogy,Shenyang,Reproductive Medicine Center, Department of Obstetrics and Gynecology, Army Medical Center, Chongqing,School of Chemical Engineering,Shenyang University of Chemical Techonlogy,Shenyang,Reproductive Medicine Center, Department of Obstetrics and Gynecology, Army Medical Center, Chongqing,Institute of Immunology, Army Medical Unversity,Chongqing |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | NDM-1, thanatin, Molecular docking, Molecular dynamics simulation, Activity |
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