ABEEMσπ/MM力场模型下的多肽构象 |
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引用本文: | 张强,张霞.ABEEMσπ/MM力场模型下的多肽构象[J].化学学报,2008,66(3):289-294. |
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作者姓名: | 张强 张霞 |
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作者单位: | [1]复旦大学生命科学学院,上海200433 [2]渤海大学化学化工学院,锦州121000 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(No.20633050)和博士后科学基金(No.20070410689)资助项目. |
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摘 要: | 在ABEEM/MM蛋白质浮动电荷力场模型的基础上,加入孤对电子和 电荷位点,从而能够体现多肽和蛋白质分子中一些重要的各向异性极化性质,允许非化学键方向的电子转移和极化。利用从头计算数据拟合模型相关参数。计算得到的小分子团簇结合能、偶极矩、氢键键长等性质与从头计算结果符合很好。该经典极化模型力场能够重复量子场下丙氨酸二肽、丙氨酸四肽、甘氨酸三肽的各稳定构象,其稳定性顺序与精密从头计算结果相一致,其结构和能量性质较以往模型有一定提高,并优于其他力场模型。
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关 键 词: | 原子键电负性均衡结合分子力场方法 多肽构象 各相异性极化 浮动电荷 |
收稿时间: | 2007-08-13 |
修稿时间: | 2007-09-29 |
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