| 从对接结构中挑选近天然构象的新方法 |
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| 作者姓名： | 于永辉 李春华 卢本卓 陈慰祖 王存新 |
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| 作者单位： | College of Life Science and Bioengineering, Beijing University of Technology, Beijing 100022 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(29992590-2、30170230、10174005),北京市自然科学基金(5032002)~~ |
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| 摘 要： | 分析了包含静电能(ΔEele)、去水化自由能(ΔGACE)以及范德华能(ΔEvdw)的打分函数在蛋白质－蛋白质对接中评价近天然构象的能力.对17种蛋白质复合物对接体系进行打分的结果表明,包含范德华能的打分函数（ΔEele＋ΔGACE＋ΔEvdw）比通常的打分函数（ΔEele、ΔGACE、ΔEele＋ΔGACE、ΔEele＋ΔEvdw、ΔGACE＋ΔEvdw）具有更好的区分近天然构象的能力.进一步的研究表明,优化（EM）对接体系后再进行打分,上面几种打分函数对对接结构的评价效果都有不同程度的改善,其中打分函数（ΔEele＋ΔGACE＋ΔEvdw）有更明显的改善.为了进一步确定候选结构中的近天然构象,以一种蛋白质复合物为例,对候选结构进行分子动力学（MD）模拟,根据MD轨迹中构象相对于初始构象的平方平均偏差（MSD）随时间的变化来辅助打分函数排除错误构象,得到了较好的结果.
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| 关 键 词： | 打分函数 范德华能 能量优化(EM) 分子动力学(MD)模拟 近天然构象 |
| 收稿时间： | 2003-01-29 |
| 修稿时间： | 2003-01-29 |
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