刺纹车轮虫 18S rDNA 克隆与序列分析

首次对刺纹车轮虫(TrichodinacentrostrigataBasson,VanAs & Paperna, 1983)进行了 18S rDNA 的克隆测序并分析，研究结果显示：刺纹车轮虫是一种具有辐射状中央颗粒的淡水车轮虫，具有相对较高的 GC 含量而位于分子系统树的顶枝，它与海水环境中的车轮虫具有较高的序列相似性及较近的遗传距离从而聚为一枝。研究提示刺纹车轮虫具有较强的宿主适应性，在系统进化中分化较晚并与海水种类具有较近的亲缘关系；此外，车轮虫的同源性与 18S rDNA序列相似性、遗传距离具明显相关性，GC 含量与分子支序树分枝具有明显相关性。
     

卵圆绒泡菌rDNA小亚基片段的克隆测序

粘菌(Myxomycetes)是真核生物中比较特殊的一个类群.但是有关其分子系统学却研究得较少,目前大多数研究仅集中在多头绒泡菌(Physarum polycephalum)等少数几个种上.本文选取卵圆绒泡菌(Physarum didermoides(Pers.)T.Macbr.)为实验材料,用引物SMNUR101和SMNUR108对其rDNA小亚基进行PCR扩增,PCR产物经Wizard(r)PCR扩增DNA纯化系统纯化后,克隆到大肠杆菌JM109中进行测序,测得的序列长度为1910bp(见图1).该序列的测得添补了我国绒泡菌分子生物学研究的空白,也为进一步研究粘菌的起源和演化提供了重要的分子生物学证据.     

冷水鱼固着类纤毛虫PCR检测方法探讨及感染因素分析

针对冷水鱼养殖中固着类纤毛虫检测难和污染源不明确、种类鉴定难的问题,对冷水鱼养殖环境中固着类纤毛虫的主要寄生种类及感染因素进行调查分析,在不同季节于河北省内采集冷水鱼和水环境样本。首先,采用形态学方法对鱼体及水环境中的固着类纤毛虫进行初步鉴定;然后,建立PCR方法进行分子水平鉴定,并进行系统发育学分析;最后,对冷水鱼感染寄生虫的原因进行分析。形态学鉴定结果表明,冷水鱼寄生的固着类纤毛虫主要有累枝虫(Epistylis sp.)和钟虫(Vorticella sp.)2类;引物设计、敏感性和特异性试验结果显示,建立的寄生虫PCR检测方法有效,测序比对和系统发育分析结果进一步验证了其形态学结果;运用已建立的PCR方法检测出固着类纤毛虫在水环境中高达94.38%,鱼体广泛寄生,感染率达到了100%;且无季节差异,水体中的虫体可能是造成鱼长期感染的原因之一。研究数据可为冷水鱼病害的科学预测、预防和治疗提供依据,同时为冷水鱼养殖产业的可持续发展提供疫病防治参考。     

SARS冠状病毒的系统发育基因组研究

对SARS冠状病毒(SARS Coronavirus,SARS-CoV)进行了系统发育基因组研究.应用CLUSAL-X1.83程序,将来自GenBank数据库的全部102条SARS-CoV全基因组序列记录做多序列联配,然后采用MEGA3软件包进行系统发育基因组分析,使用邻接法构建系统发育树.根据该系统树,SARS-CoV全基因组记录可以分为2类.第1类包括2个来源于动物的分离株;第2类则覆盖了所有的人源分离株,并且可进一步分为2组,其中第1组包括5个来自于广东省的分离株,而第2组则覆盖了其他的来自于香港、内地和海外的分离株.这一分支格局代表了SARS-CoV从兽到人、从广东到全球的传播过程,并且基因组的替代变异幅度在传播过程中由大到小,逐渐稳定下来.还详细地给出了区分上述2群和2组的分子标签,为新毒株的鉴定和分型提供了理论依据.     

亚洲香菇Lentinula edodes系统发育学地位的重新评估与遗传多样性分析

测定了60个中国野生香菇菌株的rDNA的内转录间区(ITS)序列,结合GenBank已有的48个其他地区不同种的菌株的序列数据,构建Lentinula属内的系统发育树.结果将该属分成了两大支共7个谱系,西半球一支2个谱系,东半球一支5个谱系,聚类结果与形态种的划分明显相关.亚洲菌株在东半球的5个谱系中占两席,系统发育关系分析表明这两大谱系所代表的种质资源的地位特殊,不可缺少.谱系V的菌株数量明显扩大,覆盖范围的地理空白也得以填补,成为了亚洲香菇的主流谱系之一;谱系I的菌株数量庞大,覆盖了绝大部分被研究区域,有进一步分化成两类的趋势.这表明中国(亚洲)是重要的香菇自然群体遗传多样性中心.将谱系I分成Ia和Ib两个亚类,与谱系V一起进行亚洲范围内香菇的遗传多样性分析,发现中国东部沿海、西北高原和中国西南及喜马拉雅地区的多样性最为丰富,是亚洲香菇的3个多样性重点保护区域.     

我国多斑按蚊复合体mtDNA-COⅡ基因序列分析及系统发育关系研究(双翅目:蚊科)

测定并比较分析了我国多斑按蚊复合体5成员种(多斑按蚊、威氏按蚊、伪威氏按蚊、达罗毗按蚊及塞沃按蚊)mtDNA—CO Ⅱ的基因序列，并依据该分子特征构建了其系统发育关系．结果显示，多斑按蚊复合体5成员种的COⅡ基因序列长度均为684bp，GC含量范围为24．85％-26．02％；其中多斑按蚊、威氏按蚊和达罗毗按蚊种内差异极小，为0．15％-0．58％；而种间序列差弄较大，为3．66％-9．63％．以中华按蚊为外群，分析多斑按蚊复合体5成员种的系统发育关系显示，威氏按蚊和达罗毗按蚊亲缘关系最近，伪威氏按蚊与其它4种的亲缘关系较远．     

长蝽类高级阶半系统发育初探（半翅目）

本文运用支序分析的原理和方法，采用Ｈｅｎｎｉｎｇ８６程序研究长蝽类（ｌｙｇａｅｏｉｄｃｏｍｐｌｅｘ）亚科以上阶元间的系统发育关系，研究用分类单元代表共计２１种，选用性状共４８个，内群共包括１９个ＯＴＵｓ并采用“理想祖先”作为单一外群，计算得到的首选最简约树步长＝１６５，ＣＩ＝０．３２，ＲＩ＝０．５１，相应支序图所提示的系统发育建景象的主要包括：（１）原有意义上的长蝽科为一并系群或复系群，（２）Ｒｈ     

基于trn L-F序列数据利用贝叶斯法推测罗汉松科的系统发育

以黑松和Agathis australis为外类群,基于罗汉松科42种植物的叶绿体trnL-F序列数据通过贝叶斯法对该科的系统发育进行了推测.结果显示:①Phyllocladus为单系分支,位于罗汉松科的基部,是罗汉松科所有其余成员的姊妹群;②Nageia嵌套在罗汉松科内,同罗汉松属、Afrocarpus及Retrophyllum的关系较为密切;③Dacrycarpus为单系群且处于姊妹分支Falcatifolium-陆均松属的基部;④Lagarostrobs franklinii和Manoao colensoi应置于同一属Lagarostrobs内;⑤支持成立Halocarpus和Lepidothamnus属;⑥赞同Microstrobos和Microcachrys两属亲缘密切的观点.     

响叶杨（杨属）叶绿体基因组测序与比较分析

本研究中,我们对响叶杨的叶绿体基因组进行测序和组装,并将其与杨属其他11个叶绿体基因组进行比较分析.结果表明,响叶杨叶绿体基因组全长158,591bp,其中两个反向重复序列区(IR)长度均为27,667bp,长单拷贝序列区(LSC)和短单拷贝序列区(SSC)长度分别为84,634和18,623bp.通过对杨属12个物种的叶绿体基因组进行比较,只发现了6个相对较大的插入缺失,因此整体而言,杨属的叶绿体基因组结构是高度保守的.系统发育分析结果显示,杨属中12个物种组成了3个具有高支持率的进化支,响叶杨与其他白杨组物种聚为一支,并且与银白杨的亲缘关系最近.本研究基于叶绿体基因组数据揭示了杨属的进化历史,将有助于进一步开展杨属植物基于叶绿体DNA序列数据的群体遗传学及其他分子生态学研究.     

4株水果采后链格孢属真菌的rDNA ITS区序列与碳源代谢指纹图谱差异性分析

从采后贮藏过程中发病的冬枣、樱桃、杏及蓝莓果实中分离到4株丝状病原真菌231#、320#、322#和333#。由形态学特征观察可确定4株病原菌均为链格孢属真菌(Alternaria Nees),rDNA ITS区序列进化树分析结果表明樱桃320#和杏322#与A. alternata (AY625056.1)处于同一分枝,置信度达100%;而蓝莓333#与A. tenuissima (KP324980.1)处于同一分枝,冬枣231#与蓝莓333#和A. tenuissima (KP324980.1)的亲缘性很近,在同一分支上的置信度达100%。对95种碳源的代谢指纹图谱分析的结果表明,4株链格孢属真菌对吐温80、N-乙酰-D-葡萄糖胺、N-乙酰-β-D-甘露糖胺等86种碳源的代谢特征相同,包括78种最适碳源和8种不可利用碳源,其中冬枣231#与A. alternata (Fr.) Keissl的代谢指纹图谱最为相近。4株链格孢属真菌的ITS区序列系统进化树分类与碳源代谢聚类分析结果存在一定差异。