基因组重排问题的一个近似算法

分子生物学中基因无方向的反向基因组重排问题在数学上已被证明是一个NP困难问题．基于断点图的概念，给出一个时间复杂性为O(max{b^(π)，nb(π)})，空间复杂性为0(n)的求其近似最优解的算法．其中n为基因组中基因个数，π=(π1,π2，…，πn)表示n个基因的一种排列，b(π)表示排列π中的断点数．数据实验的结果表明，该近似算法可以求得较好的结果．     

Effects of DNA secondary structure on oligonucleotide probe binding efficiency

Secondary structure motifs in nucleic acid probes generally impair intended hybridization reactions and so efforts to predict and avoid such structures are commonly employed in probe design schemes. Another key facet of probe design that has received much less attention, however, is that secondary structure at targeted probe binding site regions may also impair hybridization. Thus, evaluation of both probe and target site secondary structures together should improve hybridization prediction and design effectiveness. Several challenges confound this goal, including imperfect empirical rules and parameters underlying predictions and the fact that folding algorithms scale poorly with respect to sequence length. Here, we attempt to quantify the consequences of target site structure on predicted hybridization using sequences sampled from the human genome. We also provide a methodology for choosing a reasonable “window size” around target sites that is as small as possible without compromising folding algorithm prediction accuracy.     

大肠杆菌O157:H7基因组研究进展

对大肠杆菌O157：H7基因组的结构、特点等近年来的研究进展进行了综述。     

斜带石斑鱼神经坏死病毒基因组RNA1和RNA2序列测定及分析

根据GenBank数据库公布的鱼类神经坏死病毒(nervous necrosis virus,NNV)同源序列设计了7对特异性引物,采用RT-PCR方法扩增出目的片断,将PCR产物测序和分析.斜带石斑鱼Epinephelus coioides神经坏死病毒(orange-spotted NNV,OGNNV)基因组由两个片断(RNA1和RNA2)组成,RNA1由3 103个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码982个氨基酸;RNA2由1 433个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码338个氨基酸.OGNNV基因组与新加坡GGNNV(greasy grouper NNV)的基因组有高度的相似性.分析病毒的RNA2序列发现:OGNNV与DGNNV(dragon grouper NNV)、RGNNV(redspotted NNV)和GGNNV的亲缘关系很近,并且具有相同的中和位点;分析病毒的RNA1序列,发现在OGNNV的RNA1序列中同样可以找到依赖RNA的RNA聚合酶的6个模序(motif).根据同源性比较和系统进化分析,OGNNV属于RGNNV血清型的成员.     

二元序列的翻转与对换排序

序列的翻转与对换的排序问题因在基因组比较中的应用而受到关注．考虑二元序列的翻转与对换的排序问题，分别给出了二元序列的翻转排序与对换排序的近似算法．     

A complete sequence and comparative analysis of a SARS-associated virus(Isolate BJ01)

Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) is a newly identified infectious disease[1—5]. The global outbreak of SARS has been threatening the health of people worldwide and has killed 353 people and infected more than 5462 in 27 countries, as reported by WHO on April 29, 2003 (http://www.who.int/csr/sarscountry/en). Although it has been recognized that a variant of virus from the family of coronavirus might be the candidate pathogen of SARS[1—5], its identity as the unique pathogen sti…     

人类基因组计划及后基因组研究概论

综述了人类基因组计划及后基因组研究概况，指出该研究将对21世纪的生命科学和人类生活产生巨大的影响，尤其在医疗保健领域意义深远，并展望了其发展前景．     

水稻基因组DNA的RAPD扩增研究

通过对水稻RAPD反应条件比较研究，建立了对除草剂敏感致死水稻RAPD的最适反应体系和反应扩增程序，即在25止反应体系中，含10mmol／LTris-HCl(pH8．0)，10mmol／LKCI，8mmol／L(NH4)2804，0．05％NP-40，2．0mmol／LMgCl2，0．1mmol／L(each)dTNPs，20ng引物，20ng基因组DNA，1．5U的Taq酶。反应扩增程序为：94℃变性2min；扩增40个循环，每循环包括：94℃变性10s，40℃退火30s，72℃延伸1．5min；最终延伸5min。     

重要海水养殖鱼类遗传多样性与种质基因组的研究

过度捕捞、海区污染严重、海洋生态环境恶化等因素，使得海洋鱼类多样性受到严重威胁，鱼类资源正面临枯竭的危险。积极发展海洋鱼类的增殖和养殖，是海洋鱼类资源合理利用与可持续发展的基本措施和有效途径。海洋生物基因组研究是海洋生物资源开发与利用的基础和新的生长点，其中，积极开展重要海水养殖鱼类遗传多样性与种质基因组研究，必将对提高海洋鱼类增殖与养殖的理论水平和创建高新技术起重要促进作用。文章对重要海水养殖鱼类遗传多样性和种质资源基因组的检测、遗传性状的调控、分子系统进化研究等方面的目的、意义和国内外研究进展做了综合分析，并指出我国今后开展这些方面研究工作的重要性和应用前景。     

响叶杨（杨属）叶绿体基因组测序与比较分析

本研究中,我们对响叶杨的叶绿体基因组进行测序和组装,并将其与杨属其他11个叶绿体基因组进行比较分析.结果表明,响叶杨叶绿体基因组全长158,591bp,其中两个反向重复序列区(IR)长度均为27,667bp,长单拷贝序列区(LSC)和短单拷贝序列区(SSC)长度分别为84,634和18,623bp.通过对杨属12个物种的叶绿体基因组进行比较,只发现了6个相对较大的插入缺失,因此整体而言,杨属的叶绿体基因组结构是高度保守的.系统发育分析结果显示,杨属中12个物种组成了3个具有高支持率的进化支,响叶杨与其他白杨组物种聚为一支,并且与银白杨的亲缘关系最近.本研究基于叶绿体基因组数据揭示了杨属的进化历史,将有助于进一步开展杨属植物基于叶绿体DNA序列数据的群体遗传学及其他分子生态学研究.