不同结构的DNA激活序列对Cas12a反式切割活性的影响

CRISPR－Cas12a系统的反式切割活性在其识别特定的DNA激活序列后被激活,这不仅能实现特定DNA靶标的直接定量分析,同时也为构建针对多种生物标志物的体外传感体系带来了新的思路。然而,已有文献中所采用的双链DNA（dsDNA）和单链DNA（ssDNA）激活序列结构多种多样,缺乏全面、系统的设计指导原则。针对该问题,该文系统研究了不同结构的DNA激活序列对LbaCas12a反式切割活性的影响。通过对比研究,得出以下结论：（1）前间区序列邻近基序（PAM）位点有助于LbaCas12a更高效地靶向结合dsDNA激活序列和ssDNA激活序列;（2）PAM近端区域缺少序列片段会降低Cas12a-crRNA定位激活序列的效率;（3）删除PAM远端序列片段有利于增强LbaCas12a的反式切割活性;（4）由于省略了dsDNA解链过程,ssDNA激活序列在激活LbaCas12a的反式切割活性方面普遍比dsDNA激活序列产生的效果更好。根据这些发现,该文提出了一种LbaCas12a所青睐的高效激活序列结构,其激活的LbaCas2a反式酶切活性较采用含PAM位点的标准dsDNA激活序列高出3.7倍。研究结果为构建基于CRISPR-Cas12a的高效体外生物传感系统提供了重要支撑。     

动物多肽与钠通道选择性互作的微基序空间等电点

电压门控钠通道(Voltage-gated sodium channels,Nav,钠通道)是产生和传播神经冲动的重要离子通道,是动物多肽类毒素靶通道之一.动物多肽结合不同的钠通道受体位点,改变Nav的构象和通道动力学特性.本文聚焦钠通道与动物多肽的功能性结合,以经典动物多肽AaH2、Protoxin-II与Nav1....     

RNA结合蛋白与人类男性不育

本文概括了控制精子正常产生的诸多候选基因在染色体上的定位、演化及其编码的 RNA 结合蛋白与人类男性精子发生之间关系研究方面的最新进展,为人类男性不育症的治疗和计划生育的顺利推行奠定了坚实的理论基础并展示出光明的前景。     

一种新型DNA纳米结构的构建与结晶

DNA三角形纳米结构的拐角是由DNA同源重组中的Holliday基序构成的.为进一步研究DNA三角形纳米结构,对其拐角截断并引入黏性末端到其基序上,使其能够自组装成为一种新型DNA纳米结构.对该DNA纳米结构进行凝胶电泳分析,发现其迁移速率要比DNA三角形迁移速率小.在这种没有扭曲张力的情况下,该基序只是自组装形成一个二聚体结构,而不是三聚体结构(DNA三角形).对该新型DNA纳米结构进行结晶,并合成得到了硒代核酸,同时也得到了较高质量的硒代单晶,以帮助相位测定.希望对其晶体结构进行测定研究,以便发现该新型DNA纳米二聚体结构和该Holliday基序组装的三维结构,从而更深入地认识DNA纳米材料的组装规律.     

猪血清白蛋白基因5'端调控区的克隆与分析

根据已报道的hsa(人血清白蛋白基因)启动子序列设计了一对引物,以猪的基因组DNA为模板,采用PCR扩增出一条256 bp DNA片段,用Primer Premier5.0和Promoter Scan Ⅱ软件进行分析.结果表明,此序列为psa基因5'-端上游包括启动子在内的调控区,该区域含有一般启动子典型的CAAT-box、TATA-box等基本顺式作用元件.另外,还含有CTF/NF-1、CTF、APF、HNF-1、CP1等转录因子的结合位点.     

假单胞菌褐藻胶裂合酶活性片段的基因克隆及重组表达条件的优化

为分析假单胞菌（Pseudomonas）膜周质中褐藻胶裂合酶（alginate lyase,AlgL）的最小活性单元,进行了活性片段的初步研究.用简并引物克隆MY01菌株中AlgL基因的片段,用特异引物扩增目的序列并克隆入pBAD gⅢ/A载体,转化大肠杆菌并筛选阳性克隆.进行L-阿拉伯糖诱导表达条件的优化,超声破碎重组菌体并分离水溶性组分作为粗酶,以褐藻酸钠为底物进行酶解反应,在235 nm测定产物的吸收值.结果该基因片段300 bp大小,GenBank收录号为AY736133,所编码的氨基酸序列中含有基序“NNHSYW”,且在系统发育树中与假单胞菌的AlgL聚类.在优化条件下获得粗酶,酶解反应产物在235 nm有显著吸收,表明重组融合蛋白具有褐藻胶裂合酶活性.褐藻胶裂合酶的研究较多,但其活性片段的重组表达研究少见报导.     

CD45在T细胞激活过程中的作用

CD45是免疫系统主要的跨膜酷氨酸磷酸酶,已经形成的共识认为,CD45的信号转导过程中单一的起着正调节作用,促进了生命信号向细胞内的传播,模型阐述了CD45在信号过程中的双重作用,为近期的试验提供了理论解释。     

At3g13600截短型蛋白的原核表达载体的构建

拟南芥基因At3g13600编码一种钙调素结合蛋白,序列分析表明,该基因cDNA序列全长1 818 bp,编码一个具有606个氨基酸残基的多肽,推测分子量为68.9 kD;在At3g13600蛋白的N端存在IQ钙调素结合构象.为了从实验上进一步研究该蛋白的钙调素结合特性,通过逆转录聚合酶链式反应( RT-PCR)扩增含...     

网络基序：生物网络的最小研究单位

 网络基序(network motif),是从生物网络中分解得到的最小研究单位,是构成生物网络的“砖块”,是系统生物学中最简单的研究对象。网络基序存在于各种生物网络中,具有信息处理的功能,通过理论和实验分析发现网络基序有重要的动力学功能。本文总结了网络基序的类型和功能研究方面的工作,包括转录网络中的基序(自我调节或者是反馈(负反馈(NAR)和正反馈(PAR)),正反馈环(FFL),单输入基序(SIM),多级输入基序(MIMs),链式调节子基序(Regulator Chain Motifs),多组分环基序(Multi-component Loop),桥基序和砖基序(Bridge and Brick motif)),信号转导网络中的基序和神经基序(神经元连接的样式),以及发掘和分析基序的数据库和工具。总结了基序的电路视角、进化以及对基序的反对意见,在应用方面,网络基序可能对合成生物学有重要的作用,最后对基序的研究工作提出了建议。网络基序可能是系统生物学的生物网络分析的初级形式,它为模块的分析和合成生物学提供了理论和实验的范本,网络基序需要用更多的网络,更多的在体实验分析,它的进一步发展可能会给生物网络理论带来重大的定则(principle)发现。     

ZAP-70在ITAM活化中的作用

在假设ITAM两步磷酸化的基础上,建立理论模型,定性讨论了ZAP-70在ITAM活化中的作用.结果表明:TCR与MHC-pep抗原多肽的亲和力是影响免疫应答的一个重要参数,但ZAP-70对ITAM活化事件的正反馈调节会使得TCR对特异性抗原识别的敏锐性降低,当这种调节达到一定程度时,免疫应答将不再依赖抗原的特异性.进一步讨论了半活化状态的ZAP-70的作用,运用此模型还解释了ITAM的活化过程存在一个ITAM/ZAP-70的浓度阈值问题.