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脱氧核糖核酸(DNA)单分子链从完全拉伸状态折叠到平衡状态的动力学过程是溶液中DNA单分子力学的重要特征之一.通过构建全参数化的珠子-弹簧分子链模型,并运用一种高效平衡的半隐式预测——校验积分算法,系统研究了体积排斥作用、有限伸长弹性作用和涨落流体动力学作用等三种非线性作用对稀溶液中DNA分子链折叠过程相对回旋半径和驰豫时间的影响程度和变化趋势.模拟结果发现:体积排斥作用不影响分子链的折叠驰豫时间,但能显著减小平衡时的相对回旋半径;流体动力学作用不影响分子链的相对回旋半径,但明显缩短折叠过程的驰豫时间;有限伸长弹性作用能明显减小短链的相对回旋半径,能显著延长长链的折叠驰豫时间.模拟数据进一步表明:完全伸展的DNA分子链在折叠过程中的相对回旋半径随时间平滑变化,且折叠驰豫时间随长度的标度指数对上述三种非线性作用都具有两种不同的长度依赖性. 相似文献
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圆环绕着垂直于直径的轴旋转,珠子处于旋转的圆环内,让珠子在环内凹槽中滚动。采用MATLAB模拟仿真对珠子进行动力学分析,结果表明,摩擦系数μ和圆环半径R一定时,圆环转动角速度ω越大,珠子运动的最大角度位置越大;角速度ω和圆环半径R一定时,摩擦系数μ越大,珠子运动的最大角度位置越小;角速度ω和摩擦系数μ一定时,圆环半径R越大,珠子运动的最大角度位置越小。特征时间与角速度ω及摩擦系数μ有关,摩擦系数μ一定时,角速度ω越大,特征时间越小;角速度ω一定时,摩擦系数μ越大,特征时间越大。 相似文献
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