Procognia公司蛋白芯片用于激酶分析研究

Procognia（简写Pr）公司近日宣布，GlaxoSmithKline公司（GSK）将会利用他们的蛋白质芯片来分析用于药物研发的激酶试剂盒。     

胰岛素样生长因子-1对血管平滑肌细胞PI3K／PTEN信号通路的影响

目的：探讨胰岛素样生长因子-1(IGF-1)促血管平滑肌细胞(VSMC)增殖的细胞内信号转导机制。方法：体外培养的兔血管平滑肌细胞分3组处理，以细胞计数、噻唑盐比色法测定细胞增殖能力，以磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)特异性抑制剂渥漫青霉素(WT)孵育细胞间接反映PI3K作用。Western Blot定量磷酸酶PTEN表达水平，免疫沉淀、特异底物diC16PIP3绿色试剂法测定PTEN脂质磷酸酶活性。结果：IGF-1(100μg／L)使细胞计数及MTT比色A值分别增加至对照组的2．8倍和3．8倍，WT抑制VSMC增殖，并完全逆转IGF-1的作用(均P<0.01)。各浓度IGF-1对PTEN蛋白表达水平无明显影响，其对PTEN活性的抑制呈浓度(10～100μg／L)及时间(3min～24h)依赖性(均P<0．01)。结论：IGF-I促VSMC增殖作用与活化PI3K蛋白激酶的促生长活性及抑制PTEN脂质磷酸酶的负性调节细胞生长作用有关。     

The Pharmacophore Hypothesis of Novel Inhibitors for Aurora A Kinase

A three-dimensional pharmacophore model was developed from a series of inhibitors of Aurora A kinase to discover new potent anti-cancer agents using the HypoGen module in the Catalyst software. The pharmacophore model was developed based on the structure of 20 currently available inhibitors, which were carefully selected from the literature. The best hypothesis （Hypo 1） was defined by four features： one hydrogen-bond donor and three hy- drophobic points, with the best correlation coefficient of 0.909, the lowest rms deviation of 1.563, and the highest cost difference of 99.075. The Hypo 1 was then validated by a test set consisting of 24 compounds and by a cross-validation of 95% confidence level through randomizing the data using the CatScramble program, which suggested that a predictive pharmacophore model had been successfully obtained.     

黄芩苷元的Mannich反应

利用天然产物黄芩苷元（baicalein)在A环8－位碳上进行Mannich反应，合成 了11个新的Mannich碱化合物。反应温和，产物易纯化，收率达80％以上。同时考 察了伯胺与甲醛配比为1：2时，产物为二氢苯并E嗪类化合物和黄芩苷元A环上5－ ，6－，7－位羟基对8－位氢进行Mannich反应活性的影响。并对Mannich碱化合物 2b和2j进行盐酸成盐4b和4j，初步考察了它们的溶解度与黄芩苷元的差别。     

腺苷激酶抑制剂的模拟设计

实验科学工作者们一直致力于寻找新的腺苷激酶抑制剂。这里我们分别从蛋白受体的分析，常规三维定量构效分析和引入分子对接的三维定量构效分析等多个角度及不同方法提出了一个更好更加可靠的抑制剂模型。     

Construction of the Pharmacophore Model of Glycogen Synthase Kinase-3 Inhibitors

A three dimensional pharmacophore model has been generated for glycogen synthase kinase-3 （GSK-3） inhibitots. A dataset consisting of 89 compounds was selected on the basis of the information content of the structures and activity data as required by the CATALYST system. The optimum model with four features （one hydrogen-bond acceptor unit, one ring aromatic unit, and two hydrophobic aromatic units） was selected with a good correlation coefficient （0.95）. This model is able to predict the activity of other known GSK-3 inhibitors not included in the model generation, and can be further used to identify structurally diverse compounds with desired biological activity by virtual screening.     

牛磺酸通过调控AKT/GSK-3β通路抑制结直肠癌细胞侵袭转移

观察糖原合酶激酶-3β(GSK-3β)在牛磺酸(Tau)抑制结直肠癌(CRC)侵袭转移中的作用,探讨Tau抑制结直肠癌侵袭转移分子机制。选用人结直肠癌SW480和HT29细胞为研究对象,用浓度为40～200 mmoL Tau处理细胞;Transwell小室和细胞划痕愈合实验检测细胞侵袭、迁移能力,Western blot检测细胞EMT标志性蛋白(E-cadherin, N-cadherin, Vimentin),基质金属蛋白酶2/7(MMP2/7)和AKT/GSK-3β通路相关蛋白水平。与正常对照组比较,Tau可浓度依赖性抑制CRC细胞侵袭和迁移,上调CRC上皮标志物E-cadherin表达,下调EMT间质标志物N-cadherin, Vimentin和MMPs表达;降低AKT和p-AKT水平,提高PTEN,GSK-3β及p-GSK-3β表达水平(P<0.05)。与p-EGFP-GSK-3β或Tau组比较,p-EGFP-GSK-3β+Tau组细胞迁移和侵袭数量有显著性降低(P<0.01);与Tau组或p-EGFP-GSK-3β组比较,p-EGFP-GSK-3β+Tau组E-Cadherin、GSK-3β蛋白表达有显著升高(P<0.01),而N-Cadherin, Vimentin,β-Catenin, MMP2/7和AKT蛋白表达均有显著降低(P<0.01)。牛磺酸可通过调控AKT/GSK-3β通路抑制结直肠癌细胞侵袭转移。     

激酶ABL与肉豆蔻酰位点小分子作用机理的分子动力学模拟及自由能计算

采用分子动力学方法研究激酶ABL 与ATP 位点小分子imatinib、P16 及变构位点小分子STJ、MS7、MS9、3YY、MYR等的结合, 并用GBSA (generalized Born surface area)方法将结合自由能分解到各残基. 自由能计算结果表明, 小分子STJ、MS7、MS9 有利于imatinib 与ABL 结合; 小分子STJ、MS7、MS9 与激酶ABL的结合自由能接近, 绝对值均大于ABL 与3YY、MYR 的结合自由能. 能量分解表明, ABL 残基ILE502、VAL506、LEU510与STJ和MYR的相互作用是αI 螺旋处于弯曲状态的重要原因. 模拟过程中ABL肉豆蔻酰口袋残基均方根偏差(RMSD)变化值表明, STJ等小分子抑制剂与ABL结合后降低了肉豆蔻酰口袋残基的柔性.     

大自然为什么选择磷主导生命

磷酸单酯和双酯被漫长的进化过程选择为生命体的核心.磷酸酯功能的多样性需要磷酰基转移酶不断地进化来实现.现今磷酰基转移酶的催化机制已经得到了广泛研究.通过高分辨X射线晶体衍射技术(X-ray)与19FNMR的联用,来研究磷酰基转移酶的金属氟化物过渡态类似物,可以从原子层面上阐述磷酰基转移的机理.该催化机理充分地解释了磷酸酯的一对相互"矛盾"的性质,即磷酸酯结构的极其稳定性与磷酰基在信号传导过程中的灵活可调性.通过对元素周期表中其他元素的含氧酸根及其酯的性质的研究,目前还无法找出一个更加合适的元素来替代磷的这些重要功能,因而这些证据都支持了Todd的说法:"哪里有生命,哪里就一定有磷".     

细胞周期蛋白依赖性激酶CDK4抑制剂的3D-QSAR研究

采用比较分子场分析法（comparative molecular field analysis，CoMFA）和比较分子相似性指数分析法（comparative similarity indices analysis，CoMSIA），系统研究了57个CDK4酶抑制剂的三维定量结构-活性关系．所建立CoMFA和CoMSIA模型的交叉验证系数q^2值分别为0．656和0．811，非交叉验证相关系数r^2分别为0．954和0．969，都具有较好的预测能力．CoMFA和CoMSIA模型的三维等值图直观地解释了化合物的构效关系，为进一步研究提供了重要依据．