乳腺癌-冠心病共享生物标志物筛选

运用生物信息学方法筛选乳腺癌-冠心病标志物,为乳腺癌诱发的冠心病治疗提供潜在的作用靶点.从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载乳腺癌和冠心病相关表达谱芯片数据,使用GEO2R筛选差异表达基因,依据Venn图交集获取差异共表达基因,通过DAVID网站进行基因功能注释(gene o...     

人源OR51E2基因家族全基因组进化和功能分析

短链脂肪酸(SCFAs)是膳食纤维在肠道细菌发酵过程中的代谢产物,主要包括乙酸、丙酸和丁酸,可通过结合SCFAs受体影响宿主健康。OR51E2为一种新发现的SCFAs受体,关于OR51E2的系统发育及其功能研究相对缺乏。利用生物信息学方法分析人源OR51E2基因家族基因的氨基酸组成、保守基序、蛋白结构、理化特性和系统进化关系,利用geneMANIA软件分析OR51E2相互作用蛋白的关系,GEPIA2分析OR51E2在直肠腺癌患者的表达和预后分析。结果表明,人源OR51E2基因家族包含OR51E1、OR51E2两种基因,OR51E1、OR51E2在氨基酸组成、开放阅读框保守基序、蛋白结构整体上基本保守,亮氨酸和色氨酸含量分别为最高和最低的氨基酸,包含三个保守基序,皆为单链氨基酸,但也存在部分差异。系统进化树表明,OR51E2基因家族分为三类,即OR51E1、OR51E2、OR51E2_,进化关系呈水生动物到陆生动物功能结构复杂化。OR51E2在直肠腺癌患者显著性低表达,预后分析显示OR51E2高表达与低表达直肠腺癌患者风险比值为1.5,logrank P=0.38。对OR51E2基因家族...     

GFPT2基因系统发育与功能生物信息学分析

GFPT2作为己糖胺代谢重要的转录因子,在动物的多种疾病发生发展中起着重要作用。利用生物信息学方法对GFPT2蛋白的组分、功能、正选择位点及其分子进化进行了详细的分析。结果表明:13条不同物种氨基酸序列组分分析显示亮氨酸占比最高为9.86%,含量最低的氨基酸为色氨酸(0.15%),平均长度为664.8。系统进化树和结构域显示人和猴子的亲缘性最近,其次是大鼠、小鼠,所有氨基酸均包含两个SIS保守结构域。混合效应-演化模型(mixed effects model of evolution, MEME)和固定效应(fixed effects likelihood, REL)方法共发现8个正选择位点。基因本体论(gene ontology, GO)功能富集分析发现GFPT2主要参与GFPT酶活性、蛋白结合、碳水化合物衍生物结合方面发挥作用等生物学过程。京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of gene and genomes, KEGG)分析显示差异基因主要参与氨基糖和核苷酸糖代谢,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢,胰岛素抵抗3条信号通路。并且筛选到与GFPT2相互作用的10个基因:GFPT1、GLUL、GNPDA1、GNPNAT1、GPI、HK1、MPI、PPAT、AMDHD2、CAD。研究结果可以为GFPT2分子功能的深层次研究提供一定的借鉴作用,对进一步探究由己糖胺代谢导致的代谢异常及心血管疾病治疗具有重要的现实意义。