静电和疏水效应对TGEV主蛋白酶二聚体稳定性的影响

从TGEV 3CL蛋白酶二聚体结构出发,研究了TGEV 3CL蛋白酶二聚体单体之间的静电和疏水相互作用.蛋白质的静电相互作用通过有限差分方法求解Poisson-Boltzmann方程得到,疏水相互作用通过分析溶剂可及性表面模型得到.考察了不同pH值对TGEV 3CL蛋白酶二聚体静电和疏水相互作用的影响,在pH值为5.5～8.5时,二聚体静电相互作用能、静电去溶剂化能和疏水自由能都较小,表明在该条件下静电和疏水相互作用有利于二聚体的稳定存在,这符合实验结晶所需条件.pH值对静电去溶剂化能的影响大于疏水自由能,表明静电作用是造成强酸或强碱条件下二聚体不能稳定存在的主要原因.     

海藻酸辅助合成5V正极材料LiNi_(0.5)Mn_(1.5)O_4

首次利用海藻酸为模板剂,辅助合成了Fd3m空间群结构的锂电正极材料Li Ni0.5Mn1.5O4,同时分析了其结构、形貌及电化学性能等.与普通共沉淀法相比,海藻酸辅助制备的样品表现出了良好的形貌特征和电化学性能.X射线衍射(XRD)和扫描电子显微镜(SEM)观察的结果表明:制备的材料结晶度较高,颗粒晶型完整并达到微-纳级别.充放电测试结果表明:0.2C第一次放电表现出127.8 m Ah/g的比容量,且50次循环保持率在99%以上.同时,循环伏安(CV)和交流阻抗(EIS)测试结果可很好的解释其容量较高的原因.     

基于HPPK靶标酶的分子对接研究——金属离子Mg2＋的影响

6-羟甲基-7,8-二氢喋呤磷酸化酶(HPPK)催化细菌进行叶酸合成反应中的第一步, 即焦磷酰从三磷酸酰酐(ATP)转移到6-羟甲基-7,8-二氢喋呤(HP), 被认为是基于结构虚拟筛选新型抗生素的理想靶标. 本工作分别以HPPK和含有金属离子Mg^2＋的HPPK为受体, 以底物类似物为配体进行了对接, 发现活性口袋大小、金属镁离子对对接结果有较大的影响. 特别是金属镁离子的加入不仅可大大提高对接结果的可信度, 同时可增加虚拟筛选的命中率. 这一结果将为设计新的HPPK抑制剂提供一定的理论指导.     

甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白之间结合模式的研究

采用实验和计算的方法研究了甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白之间的结合作用.荧光法测得甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白形成一种类型的复合物,结合常数为1.7×10⁵ L&;#8226;mol^－1,有1.05个平均结合位点；微量热法测得该药物-蛋白结合过程中焓变为1.03 kJ&;#8226;mol^－1,熵变为101.28 J&;#8226;K^－1&;#8226;mol^－1,反应为熵驱动.用分子对接的方法预测了甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白的结合模式.计算表明,甲磺酸培氟沙星可结合在人血清白蛋白的两个药物结合位点,疏水作用即熵效应在药物与蛋白的结合中起重要作用,预测的结合自由能和实验值基本一致.     

DNA与二脒DB293复合物的分子动力学模拟

采用分子动力学模拟了DNA小沟与芳香二脒化合物DB293结合形成的复合物,通过5ns的模拟研究表明,DB293分子可紧密结合在DNA的AATT小沟区域,和双螺旋d[CGCGAATTCGCG]2形成稳定的复合物。DB293苯并咪唑的氮原子N2能够与DNA胸腺嘧啶碱基T7的O2原子和T19的O2原子形成两个较强的氢键,同时,其末端氨基的N3原子和T20的O2原子形成一个较弱的氢键。本文在分子水平上提供了DB293直接与双螺旋DNA相互作用的结构及复合物的动态变化情况,为设计出更高活性的芳香二脒类DNA小沟结合剂提供一定的理论依据。     

球形氧化锌/石墨烯复合材料的制备及其对铅酸电池循环寿命的影响

采用水热法制备了球形氧化锌/石墨烯(S-ZnO/rGO)复合材料,首先采用水热法制备S-ZnO, 再将氧化石墨(GO)和S-ZnO的混合水溶液在180 ℃下水热反应12 h,最终得到S-ZnO/rGO复合材料.以S-ZnO/rGO复合材料为铅酸蓄电池负极添加剂,探究了0.5%、1.0%、1.5%、2.0%这4种添加质量分数对铅酸电池电化学性能的影响.电化学测试结果表明:电池在高倍率部分荷电状态(HRPSoC)下的循环寿命随着复合材料添加质量分数的增加先增大后减小,其中掺入1.0% S-ZnO/rGO复合材料的电池在HRPSoC下循环性能最好,寿命可达19 158次,比普通铅酸蓄电池的寿命(7 210次)延长了165.7%.由此表明添加S-ZnO/rGO复合材料能够改善负极板的硫酸盐化现象,从而提高电池的循环稳定性.     

DNA小沟结合药物DB818的分子动力学模拟和结合自由能分析

采用分子动力学模拟了DNA小沟结合芳香二脒药物DB818形成的复合物. 通过5 ns的模拟研究表明: DB818药物分子可紧密结合在DNA的AATTC小沟区域, 和双螺旋d[CGCGAATTCGCG]2形成稳定的复合物. 由于噻吩硫原子的弱电负性, 使DB818能够以更大的伸展程度与DNA的小沟结合, 形成更强的结合力. DB818苯并咪唑的氮原子能够与DNA 7位和19位T碱基上的氧原子形成两个稳定的氢键, 同时, DB818末端氨基氮原子分别与DNA 的20位T碱基的氧原子和9位C碱基的氧原子形成两个氢键. 另外, 运用MM_PBSA方法计算了DB293-DNA和DB818-DNA复合物的结合自由能, 计算结合能与实验值能较好的吻合, 通过比较其结合自由能, 从热力学能量角度说明了DB818有较大的熵值与较小的焓值贡献, 从而与DNA小沟结合的结合力比DB293强. 本文在分子水平上提供了DB818直接与双螺旋DNA相互作用的结构及复合物的动态变化情况, 为设计出更高生物活性的DNA小沟结合剂提供一定的理论依据.     

呋喃二脒抗寄生虫衍生物的3D_QSAR研究

应用分子场分析法（MFA）对一系列呋喃二脒类抗寄生虫衍生物进行了三维定量构效关系研究,采用偏最小二乘法建模,得到了一个良好的统计模型,r2=0.963,r2cv=0.940. 利用该模型对随即选取的4个化合物组成的测试集进行了预测,外在预测的r2pred值达到0.953.     

基于HPPK靶标酶的分子对接研究——金属离子Mg2＋的影响

6-羟甲基-7,8-二氢喋呤磷酸化酶(HPPK)催化细菌进行叶酸合成反应中的第一步, 即焦磷酰从三磷酸酰酐(ATP)转移到6-羟甲基-7,8-二氢喋呤(HP), 被认为是基于结构虚拟筛选新型抗生素的理想靶标. 本工作分别以HPPK和含有金属离子Mg^2＋的HPPK为受体, 以底物类似物为配体进行了对接, 发现活性口袋大小、金属镁离子对对接结果有较大的影响. 特别是金属镁离子的加入不仅可大大提高对接结果的可信度, 同时可增加虚拟筛选的命中率. 这一结果将为设计新的HPPK抑制剂提供一定的理论指导.     

静电和疏水效应对SARS冠状病毒3CL蛋白酶二聚体稳定性的影响

从TGEV3CL蛋白酶二聚体结构出发,研究了TGEV3CL蛋白酶二聚体单体之间的静电和疏水相互作用.蛋白质的静电相互作用通过有限差分方法求解Poisson-Boltzmann方程得到,疏水相互作用通过分析溶剂可及性表面模型得到.考察了不同pH值对SARS3CL蛋白酶二聚体静电和疏水相互作用的影响,在pH=5.5～8.5时,二聚体静电相互作用能、静电去溶剂化能和疏水自由能都具有较小的数值,表明在该条件下静电和疏水相互作用有利于二聚体的稳定存在.由于SARS3CL蛋白酶活性模式为二聚体,因此,在该pH值范围内,有利于蛋白酶保持活性.在pH=7.0条件下,蛋白酶单体之间具有最强的静电和疏水相互作用,从而使蛋白酶具有最强的活性,这与实验结果相一致.pH值对静电去溶剂化能的影响大于疏水自由能,表明静电作用是造成强酸或强碱条件下二聚体不能稳定存在的主要原因.