三个不同地理种群大仓鼠的遗传多样性

利用从大仓鼠基因组部分文库中筛选的3对高变异特异性微卫星引物-PAY7802、PAY7807和P5022801对北京顺义,河北固安,河北饶阳3个不同地理种群大仓鼠的遗传多态性进行检测和分析.结果表明PAY7802和PAY7807在固安和顺义两地分扩增出6个与5个等位基因,但是这两对引物在饶阳没有扩增出等位基因.相反,P5022801则只在饶阳种群中扩增出6个等位基因.在检测等位基因的扩增片断时发现,固安和顺义大仓鼠种群等位基因片断之间差异较小,而饶阳种群的等位基因数和片断大小均与固安和顺义两地的大仓鼠种群存在明显差异.因此PAY7802、PAY7807和P5022801可以用作不同地理种群大仓鼠遗传多态性的遗传标记,为在分子水平上研究大仓鼠种群扩散机理及地理分布提供参考.     

黑线仓鼠AVP基因部分序列的系统进化及结构分析

根据GenBank中黑线仓鼠（Cricetulus barabensis）同源物种的AVPcDNA序列设计引物,利用RT-PCR技术得到了黑线仓鼠精氨酸加压素（AVP）基因部分cDNA序列,包括外显子2的全部序列和外显子1、3的部分序列,共433bp,并注册到GenBank（登录号：JN227681）。该段序列共编码143个氨基酸,二级结构预测显示片段中含较多的a螺旋。该序列与其他物种相应区域的比较结果表明其同源性为84％～92％,氨基酸序列同源性为82％-93％。系统进化分析结果与物种亲缘关系的远近一致,该序列的克隆为研究AVP的表达调控机制奠定了基础,将有助于AVP的作用机制的研究及功能分析,同时该cDNA序列可作为物种亲缘关系或遗传距离研究的理想标记。     

黑线仓鼠催乳素受体（PRLR）基因部分序列的克隆与序列分析

采用基因克隆方法首次扩增出黑线仓鼠催乳素受体（Prolactin Receptor,PRLR）基因5’端部分序列（GenBank登录号为EU826030）,测序结果表明该片段的有效长度为379bp,包含部分5’调控区、exonl及部分intron1．该序列与其它物种相应区域的同源性比较结果：黑线仓鼠与人、大鼠、小鼠、狐猿、黑猩猩、类人猿PRLR基因核苷酸序列的同源性为82．1％-93．4％;exon1序列的同源性为79．8％-91．4％．系统进化分析与物种亲缘关系的远近一致,同时证明PRLR基因exon1有较大的可变性,因此认为成功克隆了黑线仓鼠的PRLR基因的部分序列．该研究所得到的PRLR基因序列可用作研究物种亲缘关系或遗传距离的理想标记．     

黑线仓鼠LHR部分序列的克隆与分析

以大鼠、小鼠、金仓鼠(Mesocricetus auratus)的同源保守序列设计了黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)黄体生成素受体基因(LHR)的引物,经PCR扩增得到了154 bp的目的产物,通过Blast证实该片段是黑线仓鼠的LHR序列.该段序列处于第11外显子的5'端,编码51个氨基酸,包含...     

莱芜猪和沂蒙黑猪IGF-I基因的多态性及生长性状的关联性分析

采用PCR-SSCP方法对莱芜猪(127头)和沂蒙黑猪(132头)的胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因exon3和exon4分别进行单核苷酸多态性分析.发现exon3上有多态性,且存在3种基因型(AA、AB、BB).统计结果表明,3种基因型在两品种中的分布不一致,差异极显著(P＜0.01).固定效应模型分析结果表明,初生重、断奶重和6月龄重基因型间差异不显著(P＞0.05).最小二乘分析结果表明,BB基因型与其它2种基因型比较有较大的初生重,同AA和AB型比较差异极显著(P＜0.01),3种基因型在初生重的大小排列顺序为AA＜AB＜BB.因此,推测IGF-I基因对个体的初生重存在一定的影响,选择带有B等位基因的个体,有望提高个体的初生重.     

猪IGF2基因启动子区的遗传多态性分析

采用PCR-SSCP方法检测猪胰岛素样生长因子2(insulin-like growth factor 2,IGF2)基因启动子区的多态性,并分析其对初生重、断奶重、6月龄重和背膘厚的遗传效应.根据猪IGF2基因的DNA序列(AY044828)设计8对引物,结果在Ex6引物对扩增的片段上发现了多态性,并对纯合子进行测序,发现exon6的29位G→C转换,且存在3种基因型(从、AB、BB).统计结果表明,3种基因型在各品种中的分布不一致,外来猪种(长白猪和大白猪)与地方猪种(莱芜猪和沂蒙黑猪)比较差异显著(P＜0.01);长白猪与大白猪、莱芜猪与沂蒙黑猪比较基因型分布差异不显著(P＞0.05).固定效应模型分析结果表明,背膘厚基因型间差异显著(P＜0.05),而初生重、断奶重和6月龄重基因型间差异不显著(P＞0.05).最小二乘分析结果表明,AA基因型个体同AB和BB基因型个体比较有较小的背膘厚,且差异显著(P＜0.05).因此,推测IGF2基因对个体胴体瘦肉率存在一定的影响,将IGF2基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择可以加快猪的育种进程.     

GnRH在黑线仓鼠不同器官中的差异表达

该研究以野生黑线仓鼠为材料,用实时定量PCR方法检测GnRH在下丘脑和部分生殖器官(睾丸、附睾、储精囊、卵巢、子宫)中的表达量,并分析个体间的表达差异.研究结果表明:①GnRH在黑线仓鼠的下丘脑、睾丸、附睾、储精囊、卵巢、子宫中均有表达,其中在下丘脑中的表达量相对较高而在生殖器官则表达量较低;②在雄性个体中,GnRH在下丘脑、睾丸、附睾、储精囊四种组织中表达量的比值为1∶0.166∶0.189∶0.073;③在雌性个体中,GnRH在下丘脑、卵巢.子宫三种组织中表达量的比值为1∶0.304∶0.040.研究结果显示,GnRH在不同组织和不同个体间均存在差异性表达,提示GnRH既可以通过下丘脑直接影响生殖功能,又可以直接参与生殖系统功能的调控,但其调控机制可能有所不同.研究结果将为研究GnRH在黑线仓鼠的功能及分子调控机制奠定基础,为探究野生黑线仓鼠繁殖动态的遗传调控机制提供理论保障,并为农田鼠害的综合防治提供科学依据.     

黑线仓鼠KiSS-1基因的生物信息学与系统进化研究

采用RT-PCR技术克隆得到黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)KiSS-1基因的部分序列,并进行生物信息学分析。结果表明:该段序列共429bp,包含部分5’非翻译区、转录起始位点、信号肽序列以及主要的活性区域。黑线仓鼠KiSS-1编码的蛋白质是一种胞外分泌的亲水性蛋白质,N端含有19个氨基酸组成的信号肽序列,67、121-122位各有一个水解位点,68、69处的磷酸化位点可能与蛋白质活性的获得有关。二级结构预测含有较多的α螺旋和自由卷曲,115-119位的α螺旋在与受体结合中有重要作用。系统进化分析证实该序列与其他物种有较高的同源性,说明该基因在进化中相对保守。通过生物信息学与系统进化分析,有助于进一步揭示KiSS-1的转运加工途径及作用机制。     

黑线仓鼠Cry1、Cry2克隆及生物信息学分析

隐花色素(Cryptochromes,包括Cry1和Cry2)编码黄素腺嘌呤二核苷酸结合蛋白,是昼夜节律核心振荡器复合物的关键组分,是各种生理功能的重要调节因子.本实验以黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)为材料,通过设计特异性引物,RT-PCR技术克隆得到黑线仓鼠Cry1 cDNA序列1822 bp(GeneBank登录号:MK796241)、Cry2 cDNA序列1945 bp(GeneBank登录号:MK796242).运用生物信息学对Cry1、Cry2核酸序列以及蛋白质序列进行分析,构建系统进化树,结果表明:测得的Cry1 cDNA包括一个完整的开放阅读框1764 bp,部分5′端非翻译区和部分3′非翻译区,编码587个氨基酸,A+T含量略高于G+C含量;测得的Cry2的cDNA包括一个完整的开放阅读框1794 bp,部分5′端非翻译区和部分3′非翻译区,编码597个氨基酸,G+C含量远高于A+T含量,提示其Tm值较高,热稳定性强. CRY1、CRY2理论蛋白分子量为66469.86 Da、67427.08 Da,等电点(pI)为8.40、8.82,均为不稳定蛋白. CRY1、CRY2蛋白跨膜区和疏水性分析和信号肽分析等均表明,整体疏水性不强,为亲水性蛋白;没有信号肽,不属于分泌蛋白,与其作为转录抑制因子相符合.功能结构域预测表明,二者均含有两个高度保守的功能结构域:DNA光解酶及FAD结合域.同源性比对及系统进化树分析显示,黑线仓鼠与中国仓鼠亲缘关系最近,与灵长类目及鸡形目亲缘关系较远,这与传统的分类物种分类方式相一致,证实本实验测得的Cry1、Cry2基因序列正确,体现了Cry1、Cry2进化的保守性.本实验为探究昼夜节律基因Cry1、Cry2在动物繁殖调控中的作用奠定了基础,具有重要的理论意义.     

13种哺乳动物OTR密码子使用偏性及其聚类分析

目的研究13种哺乳动物催产素受体基因(OTR)密码子使用偏性,并探讨其影响因素;通过对偏性情况进行聚类分析,研究其与系统发育的关系.方法计算RSCU,CBI,ENC等密码子偏性指标,与可能的几种影响因素做相关性分析,采用SPASS 15.0软件,以相对同义密码子使用度为变量对偏性情况进行聚类分析.结果与结论 1)CUG,GUG,GCC,UUC,AUC,CGC为哺乳动物OTR使用频率较高的密码子;2)密码子第3位碱基的GC含量是影响哺乳动物OTR密码子偏性的主要因素,基因的GC含量次之,而芳香族氨基酸的含量和蛋白疏水水平对其密码子使用偏性的影响不大;3)对于功能相同的基因,亲缘关系相近的物种密码子使用偏性指标较接近,但某些物种仍有一定差异.