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为挖掘动脉粥样硬化脂质代谢相关基因,从基因表达综合(gene expression omnibus, GEO)数据库中下载数据集,利用加权相关网络分析(weighted correlation network analysis, WGCNA)、差异分析以及韦恩图筛选关键基因,并进行疾病相关性分析.结果显示,10个关键基因HMGCR、HMGCS1、LDLR、DHCR24、DHCR7、SQLE、IDI1、INSIG1、FDFT1、MSMO1与低密度脂蛋白受体(low density lipoprotein receptor, LDLR)呈正相关;HMGCR、DHCR7和INSIG1与白介素10(interleukin-10, IL10)呈正相关;除DHCR7外,其余9个基因与ATP结合盒转运体A1(ATP-binding cassette transporter A1, ABCA1)呈负相关;DHCR24、SQLE、IDI1、INSIG1和FDFT1与过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator activated receptor gamma, PPARG... 相似文献
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采用生物信息学方法探讨GABRD基因在结肠癌样本中的表达及预后情况。通过UCSC XENA下载33种肿瘤类型和正常组织的RNA序列数据和相关临床数据,使用R软件分析GABRD基因在结肠癌样本中的表达,并筛选共表达基因,对其进行富集分析;分析GABRD基因对结肠癌患者生存及预后的影响,并建立预后列线图;构建GABRD基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction, PPI)网络并筛选关键模块及枢纽基因,验证枢纽基因的生存及临床诊断价值。结果表明：GABRD基因在结肠癌样本中高表达并影响患者生存,筛选得到369个共表达基因,基因本体论(gene ontology, GO)功能富集发现其主要参与G蛋白偶联等生物学过程,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集显示其主要参与AMPK等信号通路;构建出由51个节点和523个连接组成的PPI网络,筛选枢纽基因5个,其中2个显著影响生存,5个具有临床诊断价值。综上,GABRD基因在结肠癌样本中高表达,影响结肠癌患者生存及预后,可能... 相似文献
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