模拟时滞化学反应系统的自适应τ-Leap算法

本文发展了一种模拟时滞化学反应系统的自适应τ-Leap算法（DAr—Leap）．该算法将后验τ-Leap算法应用到时滞化学反应系统，能够自动调节τ使得在时间区间[t，t＋τ）内发生多次反应事件并且精确地满足Leap条件，从而避免了负分子数目的产生，较大地提高了模拟速度．     

L-leap-accelerating the stochastic simulation of chemically reacting systems

Presented here is an L-leap method for accelerating stochastic simulation of well-stirred chemically reacting systems,in which the number of reactions occurring in a reaction channel with the largest propensity function is calculated from the leap condition and the number of reactions occurring in the other reaction channels are generated by using binomial random variables during a leap.The L-leap method can better satisfy the leap condition.Numerical simulation results indicate that the L-leap method can obtain better performance than established methods.     

利用提升小波的蛋白质相互作用特征提取

利用提升小波从蛋白质序列中提取出它们相互作用的频谱特征,经支持向量机训练学习后,用于预测蛋白质间的相互作用.模拟计算结果表明,在阳性数据和阴性数据平衡的前提下,利用提升小波获取的低维蛋白质相互作用特征向量可以得到较高预测精度.进一步阐述了不同物种的蛋白质相互作用网络有着不同特征,为了得到更准确的预测结果,需要利用不同的方法提取蛋白质相互作用的特征.     

模拟化学反应系统的快速无偏τ-Leap算法

化学反应系统中的Leap算法可在获得较好精度的同时大幅提高模拟速度.最近提出的无偏Leap方法有效地克服了由Leap时间区间内的反应次数的近似均值与真实均值之间的偏差引起的Leap算法的误差的不足.本文讨论了一个基于物种相对改变估计真实均值的快速无偏T-Leap算法,并将该算法推广到模拟时滞化学系统中.该快速算法具有易于编码、比前者更快等优点.当系统中的反应通道或物种的数目较大时,该方法具有更明显的速度优势.     

MiRfilter:一个预测病毒microRNA的计算工具

采用生物信息学方法开发了一个预测病毒miRNA的计算机程序MiRfilter,通过提取已知的病毒miRNA的生物学特征,规定参数及参数范围,并以此为筛选标准,预测潜在的病毒miRNA.用EBV和RLCV两种病毒的正负样本对MiRfilter的预测精度进行检测.MiRfilter从39个EBV已知的miRNA中正确识别了30个,从116个负数据中检测到9个假阳性数据;从20个RLCV的miRNA中正确识别了15个,从108个负数据中检测到2个假阳性数据.用取自果蝇和线虫预测区域的186个负数据检测MiRfilter的特异性,在186个负数据中没有预测出假阳性序列.     

凝胶渗透色谱结合气相色谱-负化学源质谱法分析鱼肉及鱼油中的多溴联苯醚和得克隆阻燃剂

建立了凝胶渗透色谱(GPC)结合气相色谱-负化学源质谱(GC-NCI/MS)检测鱼肉及鱼油中8种多溴联苯醚(PBDEs)同系物及2种得克隆阻燃剂(DP)的分析方法。试样中加入内标物BDE-77和13C12-BDE-209后进行索氏提取,提取液经自动GPC系统除脂,多层硅胶层析柱净化后,在15 m长的毛细管气相色谱柱上分离,NCI/MS以选择离子监测方式检测目标化合物。以鱼肉样品为基质,当PBDEs的加标水平为0.2 ng/g和2 ng/g、BDE-209和DP的加标水平相应提高10倍时,其平均加标回收率为71.1%～121.4%,相对标准偏差为2.96%～13.31%(n=5);以信噪比(S/N)为3计算方法的检出限(LOD)为2.2～39.8 ng/kg。用该方法检测市售鱼肉及鱼油样品,其中多溴联苯醚总含量为2.18～15.93 ng/g,以BDE-209、BDE-47为主,两种DP均未检出。该方法准确、灵敏度高,能够满足富含脂质的动物性样品中痕量DP和PBDEs残留的分析要求。     

随机模拟化学反应系统的加速L-leap算法

提出了随机模拟化学反应系统的加速L-leap算法,该算法根据leap条件确定具有最大倾向函数的反应通道的反应次数,并利用二项分布随机数生成其它反应通道在当前leap时间区间内的反应次数．L-leap算法可更好地满足leap条件．数值模拟实验表明该算法能取得更好的模拟性能．     

MiRdetector：一个预测与搜寻miRNA基因的计算工具

MicroRNA（miRNA）是一类内源性的长约21～24 nucleotide(nt)的非编码小分子RNA,能够调节其它基因的表达活性,在生物体的发育过程中发挥重要的作用.每种生物体中miRNA的基因总数还未知,生物信息学分析手段为发现新的miRNA基因提供了有效的方法.作者开发了一个预测与搜寻miRNA基因的完全自动化系统“MiRdetector”.MiRdetector系统是基于计算机比对和miRNA前体茎环结构判断的.用水稻miRNA基因对系统的预测精度进行了检验,系统正确识别了155个样本中的140个,预测精度达到90.32％,并且搜寻到了95个可能的水稻miRNA基因.由于系统的假阳性率较低,因此能够为进一步证实miRNA基因的实验研究提供高质量的数据集.     

一类带小参数的二维反应扩散型方程组的数值方法

本文讨论了一类带小参数的二维反应扩散型方程组的数值方法，基于奇摄动理论，Ｇｒｅｅｎ函数、分裂方法和半群理论，建立这种类型方程组的计算格式，在误差分析中，运用了不等距步长的可行等距度，并将Ｌｏｒｅｎｚ的技巧用于估计解的性状，最后，得到了不安ｌ１「Ω」模意义下以Ｏ（ｈ＋ｌ＋△ｔ）的速度一致收敛。     

LiCl熔盐分子动力学模拟的Delaunay单纯形分析

利用Delaunay单纯形理论,对以LiCl为代表的熔盐系的动力学模拟构型进行了众多参数的实现及其统计.重点分析了熔化过程中Delaunay单纯形体积、面积、四面体系数及其Kirie单纯形随温度变化的趋势.借助逾渗理论和染色方法,熔化的过程可以认为是大面积Delaunay单纯形出现、成串直至逾渗的过程,而液体流动性的根源则是大体积Delaunay单纯形的出现和增加.同时,四面体系数的分布进一步证实Kirie单纯形的变化趋势.