分子动力学和丙氨酸变异研究MDM2与抑制剂P4的结合模式

抑制p53-MDM2相互作用已经成为癌症治疗的新途径.采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法研究了肽类抑制剂P4与MDM2的结合模式.研究表明P4与MDMD2疏水性裂缝的范德华作用是抑制剂结合的主导力量。采用丙氨酸变异计算研究了P4与MDM2的作用热区.结果表明残基Lys51,Leu54,Leu57,Ile61,Met62,Tyr67,Gln72,His73,Val93,His96和Ile99的丙氨酸变异导致了范德华作用的降低,而对极性相互作用几乎没有产生影响,同时也证明这些残基处于P4与MDM2作用表面的热区,对抑制剂的结合有重要贡献,这能为抗癌药物的设计提供理论上的指导.     

EK多肽折叠以及离子浓度和pH值依赖性的计算研究

我们分别运用了传统AMBER03力场以及极化力场研究了EK多肽在不同离子浓度和pH值条件下的折叠.其中极化力场源于我们近期发展的可调的氢键专一性电荷方案.这两种力场的差别仅仅在于原子电荷的不同.溶剂化效应用推广的波恩模型描述.结果表明,当使用AMBER03电荷时,尽管多肽倾向于形成螺旋结构,但是对离子浓度和pH值的依赖关系定性上是错误的.而当使用可调的氢键专一性电荷方案时,EK多肽在10ns内就达到了折叠态.在高离子浓度或者极端pH条件下,计算得到的螺旋结构的概率降低.对于原子电荷以及主链氢键相互作用的分析表明极化效应增加了螺旋结构的稳定性.该研究结果再一次证明了静电极化效应对提高传统力场的精度以及对蛋白质折叠的研究都是非常必要的.进一步的分析说明,间隔4个残基的盐桥作用虽然对稳定蛋白质结构起到了一定的效果,但并不是关键作用,这和实验是吻合的.     

副本交换分子动力学模拟方法计算Trp-cage熔解温度

副本交换分子动力学模拟方法用来计算Trp-cage小蛋白的熔解温度.此模拟采用的是AMBER03的分子力场,但是它的电荷用最近发展的极化的蛋白质专一性电荷来代替.隐式溶剂模型用来模拟溶剂影响,温度变化范围从247.7 K到645.6 K.计算的熔解温度是312 K,这一结果和实验值吻合的很好(315 K).     

MDM2蛋白与抑制剂IMZ相互作用的研究

癌症是最难攻克的疾病之一,它被认为是基因疾病.P53是一种癌抑制蛋白,而MDM2是一种绑定在P53上致使其失去活性的一种癌蛋白,P53失去活性意味着癌症的发生.本文论述的是抑制剂IMZ（药物）与MDM2蛋白的相互作用,作用的目的是打断MDM2与P53的结合,使P53保持活性,这样就可以用来抑制癌症.     

《移动通信》教学改革与实践

根据移动通信课程内容更新速度快、与生活联系紧密等特点，利用强大的网络资源作为辅助学习手段，探索了案例教学法、研讨式学习等教学方法在课程中的运用。通过教学实践，表明这些改革措施能够有效地激发学生学习热情，提高学生学习的主动性，达到了改善教学质量的目的。     

室温下的小蛋白折叠研究

目前,无论在实验还是理论研究方面,研究蛋白质的从头折叠即使是小蛋白的折叠也非常困难.在室温下研究蛋白质的折叠过程可以有效的阐述蛋白质折叠机制.笔者从2I9M的线性结构出发,在室温下运行了15 ns的分子动力学模拟,发现它在6.4 ns时成功折叠到了天然态结构,此时的结构与天然态结构的均方根偏差为1.17(A),模拟结构与天然态结构符合的非常好.折叠过程是首先在C端出现了螺旋,随后N端又出现了螺旋,然后螺旋从N端鱼贯式生成,最终形成天然态结构.     

极化蛋白专一性电荷在HIV-1蛋白酶-抑制剂结合自由能预测中的应用

对人类免疫缺陷病毒（HIV-1）蛋白酶-抑制剂复合物分别在AMBER力场及极化专一性蛋白电荷（PPC）下进行10 ns的分子动力学模拟（MD）,并用MM/PBSA方法计算结合自由能.PPC是基于线性标度的量子力学计算的静电势拟合的蛋白质电荷,能够更准确地描述蛋白质所处的静电环境.结果表明：PPC电荷计算的结合自由能比AMBER力场计算的结合自由能更接近实验值.     

甲烷燃烧反应的含时量子动力学研究

基于新的势能面,运用半刚性振动转子靶(semirigidvibrating rotor target)模型和含时波包法对O(3P) CH4→OH CH3反应体系进行含时量子动力学计算,给出反应过程中体系的振动、转动及空间立体效应对该反应的反应几率和反应阈能的影响,并计算了基态的总散射截面和热速率常数。     

The collision energy effect on the stereodynamics of the Ca + HCl→CaCl + H reaction

The stereodynamics of the reaction of Ca + HCl are calculated at three different collision energies based on the potential energy surface [Verbockhaven G et al. 2005 J. Chem. Phys. 122 204307] using quasi-classical trajectory theory. The polarization-dependent differential cross sections (PDDCSs) (2π/σ )(dσ 00 /dω t ), (2π/σ )(dσ 20 /dωt ), (2π/σ )(dσ 22+ /dωt ), (2π/σ )(dσ 21 /dω t ) and the distributions of P(θ r ), P(φr ), and P(θr ,φr ) are calculated. The results indicate that the rotational polarization of the CaCl product presents different characteristics for the different collision energies, and the effects of the collision energy on the vector potential, including the alignment, orientation, and PDDCSs, are not obvious.