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本文应用分子轨道方法和改进的多原子分子间相互作用势函数研究了环化鸟苷酸双聚体当以顺式构象形成的三种可能堆积模式(面对面、背对背、面对背)的构象的稳定与堆积间距和鸟苷取向的关系。研究结果表明当环化鸟苷酸取面对面的堆积模式且其堆积间距为4.15,堆积的旋转角为115°时环化鸟苷酸双聚体的堆积构象是最稳定的。研究结果还表明对于环化鸟苷酸双聚体堆积构象的旋转角取向的最优位置,主要取决于它们的分子间相互作用势的静电能贡献;它的堆积间距的最优位置则主要取决于它们的极化能、色散能和排斥能的贡献。 相似文献
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本文应用GNDO方法计算了AMP,ADP和ATP分子,而且用从头计算法研究了ATP分子。描述了这些分子的电子结构的主要特点,给出了它们的电离势、偶极矩和键级。讨论了ATP分子和金属离子以及酶分子的相互作用。 相似文献
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本文根据经验的多原子分子间相互作用势研究了氨基酸的遗传密码子与反密码子的相互识别。我们以RNA12的几何构型为理论模型,计算了RNA12上互补碱基间,非互补碱基间和碱基三联体间的相互作用能,并对碱基异构体参与的非互补碱基配对的相互作用能函数进行了自选尺度拟牛顿法的最优化处理.研究结果可归纳如下:1.从分子间相互作用能的角度阐明了氨基酸遗传密码子与反密码子配对的wobble学说。并指出,当存在一定自由度时密码子的第三个碱基U能与反密码子中碱基G、I的醇式异构体配对,而密码子的第三个碱基A能以顺式构象与反密码子中碱基I配对,并求得它们的最优配位模式。2.现有的大多数密码子和反密码子间的识别关系可由它们之间的相互作用能来说明,从而进一步阐明了密码子与反密码子中碱基间直接的物理的相互作用在密码子与反密码子的高度专一性识别过程中起着重要的作用。 相似文献
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AMP, ADP and ATP are calculated using the CNDO method, and ATP is studied by an ab initio calculation.The essential features of the electronic structure of these molecules are described in detail. Their ionization potentials, dipole moments and bond orders are given.The interaction between ATP with metal ions and enzyme molecules is discussed. 相似文献
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