Computing methods for icosahedral and symmetry-mismatch reconstruction of viruses by cryo-electron microscopy

Three-dimensional(3 D) reconstruction of icosahedral viruses has played a crucial role in the development of cryoelectron microscopy single-particle reconstruction, with many cryo-electron microscopy techniques first established for structural studies of icosahedral viruses, owing to their high symmetry and large mass. This review summarizes the computational methods for icosahedral and symmetry-mismatch reconstruction of viruses, as well as the likely challenges and bottlenecks in virus reconstruction, such as symmetry mismatch reconstruction, contrast transformation function(CTF)correction, and particle distortion.     

点阵平面几何学

本文用欧几里得算法,给出求解基矢变换对应矩阵的解析表达式。分析了点阵平面及复合点阵平面的画法,并指出其应用范围。 关键词：     

有重位点阵关系两相的复合点阵(Ⅱ)——两相空间点阵及其点阵平面的重合系数

本文用数论分析方法,给出有重位点阵关系两相空间点阵及其点阵平面重合系数求法的普遍而简便的公式。空间点阵的重合系数α₂⁽³⁾=1/|C⁽¹⁾|,点阵平面的重合系数α₂^(h)= (H⁽²⁾C⁽¹⁾/|C⁽¹⁾|, C⁽¹⁾为重位点阵基矢对应矩阵,H⁽²⁾=[h₁⁽²⁾h₂⁽²⁾h₃⁽²⁾].在C⁽¹⁾未知的情况下,空间点阵及其点阵平面的重合系数可以通过两相基矢有理对应矩阵φ及重合系数矩阵C来求,这时α₂⁽³⁾= k₁⁽²⁾k₂⁽²⁾/d³, α₂^(h)=(CH⁽²⁾,dk₁⁽²⁾)/d².求矩阵C比求矩阵C⁽¹⁾要方便得多。 关键词：     

重叠微孪晶界面条纹象的电子显微镜观察与强度计算

观察了面心立方镍基合金中重叠微孪晶界面的各种条纹象,发现它们与α条纹及σ条纹不同,当改变基体或孪晶偏离参量的正负号时,重叠区域条纹的衬度会发生明显的改变,本文将多束动力学衍射理论的叠代法用于重叠孪晶界面几种条纹强度的模拟计算,计算束数包括基体、孪晶及其二次衍射在内共九束,计算的强度曲线与实验强度曲线符合良好,分析结果指出,重叠孪晶界面条纹衬度的明显变化是异常吸收或异常透射效应及基体-孪晶-基体三层晶体多束动力学交互作用的结果。 关键词：     

An Accurate Image Simulation Method for High-Order Laue Zone Effects

A completely different formulation for simulation of the high order Laue zone （HOLZ） diffractions is derived. It refers to the new method, i.e. the Taylor series （TS） method. To check the validity and accuracy of the TS method, we take polyvinglidene fluoride （PVDF） crystal as an example to calculate the exit wavefunction by the conventional multi-slice （CMS） method and the TS method. The calculated results show that the TS method is much more accurate than the CMS method and is independent of the slice thicknesses. Moreover, the pure first order Lane zone wavefunction by the TS method can reflect the major potential distribution of the first reciprocal plane.     

非共格孪晶界面位移矢量的测定与分析

模拟计算指出,在孪生取向的面心立方双晶中,二者如无整体位移,除了共格孪晶界面以外,所有的非共格孪晶界面两边最近邻的阵点间距仅为0.408a(a为点阵常数)。而原子半径r=0.707a,故有0.299a的部分相叠加。通过两部分晶体的整体位移可以使界面能显著降低。实验测定了(111),(122),(121)及(765)四个非共格孪晶界面的位移矢量,它们分别是0.254a,0.300a,0.204a及0.126a。 关键词：     

有重位点阵关系两相的复合点阵(Ⅰ) 重位点阵

本文用矩阵及数论分析方法给出了重位点阵的两种新的解法。在此基础上对相重阵点判别式进行归并,使有重位点阵关系两相复合点阵问题的处理大为简化。证明了整个立方晶系的自重合问题,绝大多数非立方晶系的自重合问题以及一部分互重合问题,都可以通过判别式的归并得以简化。     

三维晶体学群的极大有限群的代数基础

从NTN=T这一晶体学的普遍公式出发,推导出在三维空间中度量张量矩阵T有四个算术不等价类,即公式见正文,而T₁,T₃,T₄属几何等价类,故几何不等价类只有T₁及T₂.根据NT₁ N=T₁及NT₂ N=T₂求出三维晶体学的两个极大有限群分别为48阶及24阶,它们对应于两个晶体学点群,其他三十个点群则可通过母子群网 关键词： 晶体学 对称群 有限群     

三维空间子群网的推导

在严格的群论基础上对三维空间的两个几何不等价的极大有限群的子群网进行了详细推导.首先对两个极大有限群的所有对称操作矩阵的几何意义进行了逐一分析,然后根据群和子群的关系找出了它们所包含的全部子群,并对这种基于二次型理论的新代数方法的优越性进行了讨论 关键词： 二次型 同构 等价类     

Er3+掺杂的锗铋酸玻璃光谱性质的研究

制备了一种新型掺Er3 锗铋酸盐玻璃。分析了吸收光谱和上转换荧光光谱,并应用Judd-Ofelt理论计算了锗铋酸盐玻璃的3个强度参量tΩ(t=2,4,6),分别为Ω2=3.35×10-20cm2,Ω4=1.34×10-20cm2以及Ω6=0.67×10-20cm2。研究了在两种不同的激发光下(980和808 nm)锗铋酸盐玻璃的发光机制。根据McCumber理论,分析了在1.55μm光通讯窗口的光谱性质,计算了能级4I13/2→4I15/2跃迁的受激发射截面,结果显示掺Er3 锗铋酸盐玻璃具有较宽的荧光半高宽和较大的受激发射截面。因此有希望成为高效的上转换发光材料和1.55μm光通讯材料。