二维非饱和土壤水分运动方程的径向基配点差分法

针对二维非饱和土壤水分运动方程,将径向基配点法结合差分法构造了一种新的数值算法.该算法先采用差分法处理非线性项,再利用径向基函数配点法的隐格式求解方程,避免了因非线性项的存在导致不能直接使用配点法的现象,并且证明了该算法解的存在唯一性.通过对非饱和土壤水分运动的数值模拟,并采用试验数据对新算法进行了验证,模拟结果与试验结果非常吻合,表明该算法实用、有效.同时,比较分析了不同径向基函数以及不同算法的模拟精度,结果表明,与MQ函数和Guass函数相比,新的径向基函数具有更好的模拟精度,且相对于有限差分法和有限元法,本文提出的方法具有一定的优越性.     

菜豆凝集素抑制剂的设计与凝血活性

针对菜豆凝集素二聚体复合物的结构特征,利用计算机辅助药物设计的方法设计抑制剂以破坏复合物结构;进一步采用标准的Fomc保护氨基酸NT氨基的固相法合成纯化了小肽抑制剂.体外兔血红细胞凝集实验结果表明,该小肽对菜豆凝集素的凝血能力有一定的抑制效果.该方法为植物凝集素凝血研究及菜豆相关的食品安全问题提供了一个新思路.     

基于多样变异随机搜索的差分进化算法

为解决差分进化算法(DE)易陷入局部最优、收敛速度慢等问题,提出一种基于多样变异随机搜索的差分进化算法(DMSDE),并证明算法依概率收敛.DMSDE算法在保留DE算法变异操作的同时采用变异比例因子自适应调整策略提高种群进化效率;然后利用改进的交叉算子加快算法收敛速度;此外,构造了一个新颖的多样变异算子来增强算法局部搜索能力并确保种群多样性.通过8个常用标准测试函数上的实验表明,所提出的算法在收敛精度、稳定性、收敛速度方面都优于其他5种算法,具有较高的优化性能.     

Computational study of non-catalytic T-loop pocket on CDK proteins for drug development

Cyclin-dependent kinases(CDKs) are critical to the cell cycle and many other biological processes, and as such, are considered as one of the promising targets for therapy against cancer and other diseases. Most pan-CDK inhibitors bind to the highly conserved catalytic ATP-binding pocket and therefore lack the specificity to prevent side effects. It is desirable to develop drugs targeting non-catalytic pockets for specificity towards individual CDKs. Here we performed a systematic analysis of non-catalytic pockets on CDKs and identified a region underneath the T-loop, which we term TL pocket, for potential inhibitor development. Specifically, we compared the TL pockets of human CDK2 and CDK7-homolog Pfmrk of Plasmodium falciparum, a malaria-causing parasite. Molecular dynamics simulations of several short peptides revealed that this less conserved TL pocket could be used to design potentially specific inhibitors against malaria disease.