静电和疏水效应对TGEV主蛋白酶二聚体稳定性的影响

从TGEV 3CL蛋白酶二聚体结构出发,研究了TGEV 3CL蛋白酶二聚体单体之间的静电和疏水相互作用.蛋白质的静电相互作用通过有限差分方法求解Poisson-Boltzmann方程得到,疏水相互作用通过分析溶剂可及性表面模型得到.考察了不同pH值对TGEV 3CL蛋白酶二聚体静电和疏水相互作用的影响,在pH值为5.5～8.5时,二聚体静电相互作用能、静电去溶剂化能和疏水自由能都较小,表明在该条件下静电和疏水相互作用有利于二聚体的稳定存在,这符合实验结晶所需条件.pH值对静电去溶剂化能的影响大于疏水自由能,表明静电作用是造成强酸或强碱条件下二聚体不能稳定存在的主要原因.     

腺嘌呤-5-溴尿嘧啶复合物中的卤键

利用从头算和密度泛函理论研究了腺嘌呤(A)-5-溴尿嘧啶复合物中(T+)中的键合模式. 研究结果表明，T+中的Br原子同时与A分子中的氨基氢和氮原子存在弱的相互作用，在这种结合模式中，Br原子与亲核基团H正面结合，同时与亲电基团N侧面结合，分别形成氢键和卤键.静电势分析发现：T+中的Br原子与A中的N7 (或N1)是通过静电相互吸引的. Br与N原子之间的相互作用通过分子中的原子理论得以证实. 关键点的拓扑参数显示卤键是闭壳层相互作用. 自然键轨道分析说明，A中N原子上孤对电子的电荷主要转移到C{Br的反     

利用三维构效关系确定互变异构抑制剂的活性构象

HPPD酶抑制剂NTBC存在多种互变异构体,其优势构象受溶液环境影响显著,不同的观测手段确定NT-BC的优势结构存在差异.本文首次采用了三维构效关系CoMFA和CoMSIA对NTBC类似物的5种可能的活性构象进行了研究.根据NTBC类似物以离子为活性构象得到的CoMFA模型具有最佳预测能力,推测NTBC以离子形式与HPPD键合,该结论与文献通过动力学实验预测的结合模式相吻合,这对进一步研究HPPD与NTBC的作用机理以及开发高效抑制剂提供了理论依据.     

SARS冠状病毒主要蛋白酶二聚体静电和疏水效应的研究

从三种冠状病毒主要蛋白酶SARS 3CL, HCoV 3CL和TGEC 3CL蛋白酶结构出发,着重研究了三种蛋白酶二聚体单体之间的静电和疏水相互作用.用连续介质模型有限差分方法计算得到三种蛋白二聚体界面处的静电势,发现三种蛋白酶单体和单体之间静电势分布具有明显的互补性,三种蛋白酶二聚体单体之间具有相同的静电相互作用能.用溶剂可及表面积模型分析了分子表面积及疏水性,发现三种蛋白酶具有相同的疏水分布,其中SARS 3CL蛋白酶疏水率为74%,驱动其单体聚合成二聚体.对三种蛋白酶的去溶剂化能疏水项的计算表明,三种蛋白酶二聚体单体之间具有相似的疏水相互作用能.     

甲基铝氧烷纳米管分子结构的理论研究

用密度泛函理论对[(AlOMe)₂]_n、[(AlOMe)₃]_n和[(AlOMe)₄]_n (n=1～10)作为重复单元组成的甲基铝氧烷(MAO)纳米管进行了研究,计算了其所有体系的结合能和总能量．结果表明,[(AlOMe)₃]_n和[(AlOMe)₄]_n具有稳定的纳米管结构,在所有研究系统中n=3时具有最稳定的结构．考察发现,[(Al₅O₅)]_n和[(Al₇O₇)]_n两种结构的二聚体具有无规则、扭曲的结构,不能继续增长形成纳米管结构．     

Resonance Absorption of Metallic Plate with Subwavelength Hole Array

The optical reflectance by a metallic plate arranged with array consisting of subwavelength periodic square hole is investigated by using the three-dimensional finite-difference time-domain method （3D-FDTD）. There are dips in the reflectivity spectra, which indicate the absorption peaks. The absorption peaks behave differently according to the ratio of hole width and the period of the hole array. Combined with the near fields of the absorption peaks, it is found that the surface plasmon （SP） resonance on the surface of plate and localized SP in the hole play a major role for the two absorptions.     

Theoretical Study on Enol-keto Tautomerism of α-Fluorine-β-diketones

1 INTRODUCTION β-diketones are a class of high functional com- pounds with outstanding optical, electric and magne- tic properties[1], and the negative ion may act as an excellent chelating agent. Hall[2] have studied β-di- ketone/metal ion complexes and indicated that the ability of combination correlates with the keto-enol distribution in solution. The enol-keto equilibrium existing in β-diketones has been extensively studied over several decades[3~9]. Burdett[10] have investiga- ted…     

从药物的三维分子结构预测人体小肠吸收

在口服药物的发展过程中，人体小肠吸收的预测是候选药物设计、优化和选择的一个主要目标.VolSurf/GRID计算方法作为一个新的工具被用来预测被测化合物的人体小肠吸收，以及测定人体小肠吸收所必需的重要的分子特征.被测化合物包括112个结构不同的类似药物的化合物.使用偏最小二乘判别分析方法在实验数据和人体小肠吸收的理论分子特征之间建立相关性.建立的两个模型之间具有较高的一致性.小肠吸收实验数据与分子特征之间好的相关性（r2=0.82, q2=0.67）表明,从化合物的三维分子结构能够预测人体小肠吸收.有利于人体小肠吸收的药物分子特征包括,分子量中心与亲水区重心的不平衡性，较大的疏水区域以及分子内较少的氢键给体.     

Separation of Aromatic Carboxylic Acids in IC and the Study on the Relationship Between Retention Behavior and Electrostatic Potential

A method has been developed for separation of 20 kinds of aromatic carboxylic acid using anion-exchange chromatography. A Dionex IonPac AS9-HC guard column (250mm×2mm) was used with a 9mmol/L sodium carbonate solution containing 50% (v/v) acetonitrile as eluent. A set of retention time data has been obtained using a conductivity detector DS6. Furthermore, geometrical optimization and electrostatic potential calculation of 20 kinds of aromatic carboxylic acid have been performed at the HF/6-31G* level of theory. A number of statistically-based parameters derived from molecular surface electrostatic potential have been obtained. Linear relationship between retention time and structural parameters has been established by multiple regression method. The result shows that parameters derived from electrostatic potential Vs +, Vs -, П together with the dipole moment μ can be well used to express the quantitative structure-retention time of this kind of aromatic carboxylic acid. Good predictive capability has also been demonstrated. The result has provided a framework which further proves the general applicability of this electrostatic potential parameter set to a great extent,and with which the ion chromatographic adsorption mechanism can be investigated.     

锂离子与芳香体系相互作用的量子化学研究

运用微扰MP2和密度泛函B3LYP方法在不同的基组水平上对锂离子与一系列以杂环为主的芳香化合物所形成复合物的可能构型进行了优化,获得了复合物的几何构型、电荷转移量、结合能等重要信息,对阳离子-π作用与阳离子-杂原子作用的竞争情况进行了讨论.特别是,我们发现此体系阳离子-π复合物的结合能和芳环单体中心上方一个点的静电势成很好的线性相关.揭示了锂离子与芳香杂环形成阳离子-π复合物的形成过程中静电势起着非常重要的作用;同时表明,可用芳环表面静电势来定量预测较复杂体系阳离子-π作用结合能的大小.