Mapping of possible prion protein self-interaction domains using peptide arrays

Background  

The common event in transmissible spongiform encephalopathies (TSEs) or prion diseases is the conversion of host-encoded protease sensitive cellular prion protein (PrP^C) into strain dependent isoforms of scrapie associated protease resistant isoform (PrP^Sc) of prion protein (PrP). These processes are determined by similarities as well as strain dependent variations in the PrP structure. Selective self-interaction between PrP molecules is the most probable basis for initiation of these processes, potentially influenced by chaperone molecules, however the mechanisms behind these processes are far from understood. We previously determined that polymorphisms do not affect initial PrP^C to PrP^Sc binding but rather modulate a subsequent step in the conversion process. Determining possible sites of self-interaction could elucidate which amino acid(s) or amino acid sequences contribute to binding and further conversion into other isoforms. To this end, ovine – and bovine PrP peptide-arrays consisting of 15-mer overlapping peptides were probed with recombinant sheep PrP^C fused to maltose binding protein (MBP-PrP).     

Über die Wahl der Lösungsmittelsysteme bei der papierchromatographischen Trennung organischer Verbindungen

Zusammenfassung An praktischen Beispielen wurde gezeigt, in welcher Weise die Trennung organischer Verbindungen mittels Papierchromatographie erzielt werden kann. Man ist nicht auf einige bewährte Lösungsmittel systeme allein angewiesen, sondern kann von Fall zu Fall systematisch neue und geeignete Systeme benützen. Es hat sich bewährt, sich nach den elementaren Löslichkeitsregeln für organische Stoffe zu richten, unter der Voraussetzung, daß die zu chromatographierende Verbindung in der stationären Phase gut, in der mobilen Phase dagegen weniger löslich ist. Durch Änderung der stationären Phase (Wasser, nicht wäßriges, polares Lösungsmittel, nicht polares Lösungsmittel) oder der Polarität und Zusammensetzung der mobilen Phase kann man das Wandern der Flecke am Chromatogramm beeinflussen, beliebige R_fWerte erhalten und in vielen Fällen auch eine beliebige Reihenfolge der Verbindungen am Chromatogramm erzielen.Da die Löslichkeit organischer Verbindungen von intermolekularen Kräften abhängig ist, erscheint das Problem im Zusammenhang mit strukturellen Einflüssen sehr kompliziert und muß für jeden Fall auf eigene Weise gelöst werden. Die Löslichkeitseigenschaften können weiter durch Benutzung reaktiver Lösungsmittel beeinflußt werden, die z. B. die Verbindungen in wasserlösliche Salze überführen können. Dabei ist an die möglichen Komplikationen, die bei ionisierbaren Verbindungen durch Dissoziation und Hydrolyse entstehen können, zu achten.Von den Hauptfaktoren, die eine Trennung ermöglichen können, seien die folgenden erwähnt: funktionelle Gruppen, ihre Anzahl, Polarität, gegenseitige Stellung, bzw. ihre Basizität oder Azidität, C-Atomanzahl in homologen Verbindungen, inter- und intramolekulare Wasserstoffbindungen, sterische Faktoren u. a. Es ist dann von der Art des gewählten Lösungsmittelsystems abhängig, welche der genannten Faktoren im Vordergrund stehen und welche beseitigt werden.Wenn die Löslichkeitsunterschiede der zu trennenden Stoffe zu gering sind, um gute Trennungen zu ermöglichen, ist es zweckmäßig, die Verbindungen in solche Derivate zu überführen, deren Strukturunterschiede größer sind.

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Summary Practical examples are given to show how organic compounds can be separated by means of paper chromatography. The operator is not limited to tested solvent systems, but can use new suitable systems as the occasion demands. It has been found best to abide by the elementary rules of solubility of organic compounds, provided the compound to be chromatographed is quite soluble in the stationary phase but less soluble in the mobile phase. By altering the stationary phase (water, nonaqueous, polar solvent, non-polar solvent) or the polarity and composition of the mobile phase, the migration of the stains in the chromatogram can be influenced, selectedR _f -values can be obtained, and in many cases it is also possible to secure a desired succession of the compounds on the chromatogram.Since the solubility of organic compounds depends on intermolecular forces, the problem in connection with structural influences appears very complicated and must be solved individually for each case. Moreover, the solubility characteristics can be affected by using reactive solvents; for instance, the compounds can be converted into water soluble salts. Under such circumstances, sight must not be lost of the complications which may arise because of the dissociation and hydrolysis of ionizable compounds. The following are among the chief factors, which may make a separation possible: functional groups, their number, polarity, relative position, their basicity or acidity, C-atom number in homologous compounds, inter- and intramolecular hydrogen bonds, steric factors, etc. It then depends on the type of solvent system selected, which of these factors are predominant and which can be neglected or eliminated.If the solubility differences are too slight to permit good separations, the compounds to be separated should, if possible, be converted into derivatives whose structural differences are more pronounced.

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Résumé Des exemples pratiques montrent comment il est possible d'effectuer la séparation de combinaisons organiques par Chromatographie sur papier. Il n'est pas uniquement fait appel à des systèmes de solvants éprouvés mais, dans certains cas, de nouveaux systèmes appropriés sont systématiquement utilisés.Il s'est avéré satisfaisant de faire appel aux règles élémentaires de solubilité des substances organiques sous réserve que la combinaison à chromatographier soit suffisamment soluble dans la phase stationnaire et moins soluble dans la phase mobile. En faisant varier la phase stationnaire (eau, solvant non aqueux, solvant polaire, solvant non polaire) ou la polarité et la composition de la phase mobile, il est possible d'influencer la migration des taches du chromatogramme, d'obtenir des valeurs deR _f désirées et, dans de nombreux cas, d'obtenir les combinaisons dans un ordre déterminé sur le chromatogramme.La solubilité des combinaisons organiques étant fonction des forces intermoléculaires il en résulte que le problème se complique considérablement dans la mesure où l'on considère les influences structurelles et que chaque cas particulier doit recevoir une solution qui lui est propre. Les propriétés de solubilité peuvent en outre être influencées par l'emploi de solvants réactifs qui peuvent transformer, par exemple les combinaisons en sels solubles dans l'eau. Il faut alors tenir compte des possibilités de complications qui peuvent apparaître par dissociation et hydrolyse des combinaisons ionisables.Parmi les principaux facteurs qui permettent une séparation, il convient de mentionner les suivants: les groupes fonctionnels, leur nombre, leur polarité, leur position relative, ou encore leur acidité ou leur basicité, le nombre d'atomes de carbone de combinaisons homologues, les liaisons hydrogène inter- et intramoléculaires, les facteurs stériques, etc. Suivant la nature du système solvant choisi pourront alors varier les facteurs dont l'effet est prépondérant et ceux dont l'effet est nul. Lorsque les différences de solubilité des substances à séparer sont trop faibles pour permettre des séparations satisfaisantes, il est commode de transformer les combinaisons en dérivés dont les différences de structure soient plus importantes.

     

Papierchromatographische Trennung und Identifizierung der Polyäthylenglykole und ihrer Monoäther

Zusammenfassung Es wurde eine chromatographische Methode zur Auftrennung und Identifizierung der Polyäthylenglykole und ihrer Monoäther nach Über-führung in die Ester der 3,5-Dinitrobenzoesäure ausgearbeitet. Es wurden entweder Lösungsmittelsysteme mit Dimethylformamid oder Formamid als stationäre und Hexan, Cyklohexan, Benzol, Chloroform und ihre Gemische als mobile Phase oder mit Paraffinöl imprägnierte Papiere und das Gemisch Dimethylformamid—Methylalkohol—Wasser als mobile Phase angewendet.

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Summary A Chromatographic method has been developed for the separation and identification of the polyethylene glycols and their mono-ethers after conversion into the esters of 3,5-dinitrobenzoic acid. The solvent systems employed consisted of dimethylformamide or formamide as stationary phase and hexane, cyclohexane, benzene, chloroform and their mixtures as mobile phase, or papers impregnated with paraffin oil and the mixture of dimethyl-formamide-methyl alcohol were used as the mobile phase.

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Résumé On a élaboré une méthode chromatographique de séparation et d'identification des polyéthylèneglycols et de leurs monoéthers après leur transformation en ester de l'acide dinitro-3,5 benzoïque. On a employé soit les systèmes de solvants avec le diméthylformamide ou le formamide comme phase stationnaire, et l'hexane, le cyclohexane, le benzène, le chloroforme et leurs mélanges comme phase mobile, ou des papiers imprégnés d'huile de paraffine et le mélange diméthylformamide-alcool méthylique-eau comme phase mobile.

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Herrn Dipl.-Ing.J. Kami aus unserem Institut danken wir für die Darstellung und Reinigung einiger angewandter Verbindungen.     

Die Farbreaktion von Arylhydrazinen nach Postowsky

Zusammenfassung Es wurde bewiesen, daß bei der Farbreaktion von Arylhydrazinen mit Selendioxid und 1-Naphthylamin die entsprechenden Diazoniurasalze gebildet werden. Diese wurden nach der Oxydation mit SeO₂ papierchromatographisch nachgewiesen und parallel wurden die gleichen Diazoniumsalze, die durch Diazotierung der betreffenden Amine dargestellt wurden, chromatographiert. Auch die nach der Reaktion mit 1-Naphthylamin gebildeten Azofarbstoffe wurden dünnschichtchromatographisch verglichen. Bei 18 Arylhydrazinen war die Farbreaktion positiv, eine negative Reaktion gaben N-Acetyl- und N-Formyl-N-phenylhydrazin, N,N-Diphenyl-hydrazin, p-Nitrophenylhydrazin und das 2,4-Dinitrophenylhydrazin.

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The colour reaction of arylbydrazines according to Postowsky

Summary Paper chromatography was used to proof that diazonium salts are formed during the oxidation of arylhydrazines with SeO₂. They were identified by comparison with those obtained by diazotization of the corresponding amines. The azo dyes formed after the reaction with 1-naph-thylamine were compared by thin-layer chromatography. Eighteen tested arylhydrazines gave a positive colour reaction. A negative result was obtained with N-acetyl- and N-formyl-N-phenylhydrazines, N,N-diphenyl-hydrazine, p-nitrophenylhydrazine and 2,4-dinitrophenylhydrazine.

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Unichem, Generaldirektorium, Pardubice.     

Quantitative Bestimmung von Isocyanaten

Ohne Zusammenfassung     

Die Bestimmung der einzelnen Elemente in polymeren organischen Siliciumphosphoraluminiumverbindungen

Ohne Zusammenfassung     

Zur Phosphorbestimmung in insecticiden vom Typ der Methyl- und Dimethylphosphon- und -thiophosphons?uren

Ohne Zusammenfassung