蛋白质相互作用网络的大尺度分析

蛋白质是活细胞生物功能的主要载体.但单个蛋白质并不能发挥任何作用,只有与其他蛋白相互作用才能具有生物学功能.蛋白质相互作用在绝大多数细胞水平的生物过程,如DNA复制与转录、信号转导和细胞周期调控等中有着十分关键的作用.     

综合分析MicroRNA-mRNA相互作用预测中的特征重要性

MicroRNA是大约22个核苷酸的非编码RNA分子,在它的3'端有1～2个核苷酸的悬垂.在真核生物中,它因为影响信使RNA的翻译和稳定性而闻名,并涉及发育,分化,细胞调亡等各种生物过程~([1]).据报道有1/3的人类基因能被miRNA所靶定,且有证据证明它与很多癌症有直接或间接的联系.阶段特异性,组织特异性和相对小的表达量导致了它的复杂性,从而探索miRNA的奥秘成为一个非常重要且有挑战性的问题.     

酶结构的网络表征及催化位点的预测

酶是生物体内的一种活性催化剂,通过绑定反应底物降低反应活化能从而高效催化各种生物化学反应.酶催化活性中心由少数氨基酸残基组成,它们直接参与酶反应,包括质子交换、结构的稳定和底物绑定等.尽管越来越多的酶结构已被测定,但现在从结构仍难以确定催化位点.     

基于复杂网络的随机森林算法预测氨基酸突变对蛋白质稳定性的影响

利用机器学习方法对单个氨基酸突变引起的蛋白质稳定性变化进行精确地预测,对蛋白质的结构和功能方面的研究具有重要的价值,并且对设计新的蛋白质及蛋白质工程学具有一定的指导意义.通过对蛋白质网络拓扑特征的研究,发现网络拓扑特征对于蛋白质突变稳定性影响具有较高的准确率.基于蛋白质网络拓扑特征的随机森林算法,能较好的对蛋白质单点突...