人3型腺病毒六邻体蛋白同源建模及其进化轨迹分析

用同源建模方法构建了人3型腺病毒六邻体完整的空间结构, 对此结构模型的合理性进行检验, 并通过基于多重序列比对的进化轨迹分析发现, 不同型别的人腺病毒六邻体型特异性序列主要存在于六邻体的塔区上, 结合二级结构分析, 预测位于六邻体塔区表面的几个环区是型特异性中和表位的所在区域.     

进化树指导的腺病毒六邻体家族蛋白的快速建模

为实现对人腺病毒六邻体家族蛋白进行快速准确的结构建模, 本研究发展了一种新的基于进化树的预测蛋白质家族中一系列分子三维空间结构的快速建模方法. 首先利用邻接法对7株D亚属人腺病毒的六邻体序列构建了基于距离的进化树, 并根据进化树所提供的信息, 确定最佳六邻体家族蛋白渐进式建模路径, 然后利用Modeler与Charmm程序实现六邻体家族蛋白的快速建模. 新的建模方法与传统方法相比, 所需要的计算量大大减少, 结果经过结构评估以及与传统方法建模所得到的结构进行比较,证实基于进化树的快速模建结果是可靠的. 人腺病毒六邻体家族蛋白的快速建模, 对于实现快速高通量的表位预测及开发多价人腺病毒疫苗与腺病毒分型诊断试剂都具有非常重大的意义.