近红外光谱对短串联重复序列的基因分型

短串联重复序列(STR)作为一类丰富的遗传标记而越来越受到人们的重视.与过去常用的RFLP和其它遗传标记相比,STR具有种类多、分布广、多态信息量大,杂合度高,片段较短,易于PCR扩增等优点,因而成为遗传学和医学研究中常用的遗传标记.如今对于STR的检测主要有聚丙烯酰胺凝胶电泳、毛细管电泳和微流控芯片电泳等方法.但是这些方法均需要对PCR产物进行预处理,比如预变性、荧光标记等,从而导致操作繁琐,分析周期较长且成本高.本研究建立的基于近红外光谱(NIRS)和主判别变量(PDV)算法的STR分型方法具有简单易行、快速及低成本的优点.     

基于紫外光谱-支持向量机对STR的基因分型

利用紫外光谱结合支持向量机(SVM)模式识别原理建立了短串联重复序列(STR)的分型方法.以D5S818基因座的10-10、11-13和13-13三个基因型为研究对象,优化了包含该多态性位点的DNA片段的聚合酶链反应(PCR)的扩增条件和紫外光谱检测条件,获得了优化条件下的待测样本紫外光谱.以该光谱为识别变量,建立了该...