三疣梭子蟹肠道菌群结构及代谢表型分析

建立16S rRNA基因的高通量测序和基于核磁共振( NMR)的代谢组学技术分析三疣梭子蟹肠道菌群结构及代谢物组成的方法。经对梭子蟹肠道样品提取基因组DNA和16 S rRNA基因的V3-V4可变区片段的扩增,产物用于MiSeq测序。经对测序结果进行聚类和注释分析,发现梭子蟹肠道的细菌群落结构以变形杆菌门、拟杆菌门、梭杆菌门、软壁菌门和酸杆菌门为主,其中以发光杆菌属、Paludibacter和产丙酸菌属的细菌丰度最高。梭子蟹肠道样品经组织破碎、甲醇-水(2：1, V/V)提取、高速离心和冷冻干燥后,重悬在钠钾磷酸盐缓冲液中,用于NMR分析。采用标准的 Noesypr1D脉冲序列采集1 H NMR谱,设置90o脉冲宽度约为10μs,等待时间为2 s,混合时间为100 ms,谱宽为20 ppm,采样点数为32 K,自由感应衰减累加次数为64。再利用2D NMR谱对肠道代谢物进行归属,共获得包括氨基酸、有机羧酸和有机胺类等30种代谢产物。本方法可用于系统分析梭子蟹肠道菌群及其代谢物组成。     

大肠杆菌代谢物组成的核磁共振分析

为了认识重要模式生物大肠杆菌的内源性代谢物组成,本研究综合使用一维和二维高分辨核磁共振波谱技术,系统测定了大肠杆菌的代谢物种类和含量.结果表明:核磁共振方法可检测到分别来自多个代谢途径的氨基酸、有机羧酸、糖类、核苷及其衍生物等40多种高丰度代谢物.葡萄糖是稳定期大肠杆菌中含量最丰富的物质;谷氨酸、甜菜碱、腐胺和核糖-5...     

除草剂苯噻草胺污染对大肠杆菌抗氧化酶和ATP酶的影响

研究了暴露于苯噻草胺的大肠杆菌中超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化氢酶（CAT）和ATP酶活性在短期内的变化．结果表明,苯噻草胺对细菌的SOD活性诱导作用明显,尤其对处于对数生长期的细菌所产生的影响大于稳定生长期的细菌;苯噻草胺对CAT也有强烈的诱导作用,对处于不同生长阶段细菌的影响类似于对SOD的影响结果;苯噻草胺能激活ATP酶,但与细菌生长阶段的关系较小．本研究结果表明,抗氧化酶和ATP酶相结合作为该类化合物对土壤污染胁迫的敏感生物指示物具有一定的可行性．     

泥蚶线粒体COI和16S rRNA基因片段序列研究

采用PCR技术扩增了泥蚶线粒体DNA的COI和16S rRNA基因片段,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序,用MEGA version 3.0软件计算这2个基因片段序列碱基组成.结果显示：COI和16S rRNA基因删除引物序列后分别得到660bp和548bp的核苷酸序列,T,C,A和G碱基含量分别为40.4%,14.7%,20.6%,24.3%和23.2%,25.9%,30.3%,20.6%.COI和16S rRNA基因片段对泥蚶不同地理种群的遗传分化的研究具有一定的应用价值.