不同方法提取鳗鲡病原茵DNA模板的差异分析

利用吸光值、琼脂糖电泳及PCR差异扩增等指标,对酚一氯仿法、水煮法、碱裂解法3种方法制备的鳗鲡病原菌DNA模板进行了差异分析．结果表明：1）不同方法提取的病原菌模板DNA的浓度、纯度及分子质量大小存在差异,但以这3种方法提取的病原菌DNA为模板,均能成功扩增到细菌16SrD．NA和外膜蛋白的保守序列．其中,酚一氯仿提取的模板DNA浓度较低、纯度较高;水煮法和碱裂解法提取的模板DNA浓度较高、纯度较低．2）电泳显示,3种方法获得的模板DNA扩增出的16SrDNA保守序列条带均一,没有显著差异,但在外膜蛋白保守序列的扩增中却因菌种和模板提取方法的不同而存在差异．     

青岛海域固氮细菌的系统发育多样性研究

采用严格人工无氮海水培养基富集、分离培养方法及用3对固氮基因(nifH)引物进行PCR检测,从青岛近海沉积物和海水中分离到16株异养型可培养海洋固氮细菌,经16S rDNA全序列测定分析了它们的系统发育多样性。结果显示,16株菌分布于Alphaproteobacteria、Gammaproteobacteria、Flavobacteria的3个纲中,分别代表着6个属、10个种,其中有50%归于Pseudoalteromonas属;海底沉积物中固氮菌的多样性要远高于海水,并在其中发现2个潜在新种。研究表明,青岛近海海域的固氮菌具有一定程度的多样性,它们大部分在系统发育关系上与分离自韩国、南极洲、新喀里多尼岛等海水的标准菌高度同源,但也存在少量潜在新物种。结果可为其他不同海域异养固氮菌的多样性及其生态功能研究提供有益参考。     

大庆油田地面系统的硫酸盐还原菌的分离与鉴定

大庆油田地面系统中的硫酸盐还原菌(SRB)危害严重,SRB菌的分离鉴定尚属空白,针对其不同种类进行杀菌研究具有重要意义.应用Hungate厌氧操作技术、绝迹稀释法以及"滚管"培养,从大庆油田地面系统的3种介质类型中分离到80株具有硫酸盐还原功能的菌株.对其中20株进行形态、生理生化以及16S rDNA序列系统发育分析.研究发现,液体培养基外观存在两种特征:一种为附着生长的SRB菌占多数,另一种为非附着生长的SRB菌占少数;地面系统的SRB菌主要分布于厚壁菌门(Firmicutes)梭菌纲(Clostridia)占总数的65%,变形菌门(Proteobacteria)γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)占总数的25%,δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)中的脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum)占总数的10%.地面系统中SRB的种类比较新颖,存在新种的可能性很大,本源的SRB菌很少,大部分是具有硫酸盐还原功能的外源微生物.图2,表2,参11.     

螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04菌株的分子鉴定

对1株螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04的16S rDNA基因PCR扩增产物进行了序列分析，并以16Sr DNA序列同源性为基础构建系统发育树，结果表明，ML-04菌株与氧化亚铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferrooxidans)具有较大的差异性，而与嗜铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferriphilum)的相似度达99．7％以上，属于同一类群．     

杏四～六面积北部聚驱后微生物对原油的降解作用研究

2001年大庆油田杏四～六面积北部开始聚驱,油水样品选自该区两口试验井,通过对两种不同激活配方培养20 d后的培养液评价得到:微生物在②号原油降解样品激活体系中的生长情况较好,20 d后菌浓可以达到108,排油圈在7 d后达到最大17 cm;微生物菌群分布结构较所加入水样的分布结构发生了明显变化,部分非优势菌被激活;其中鞘氨醇杆菌属(Sphin-gobacterium)、油杆菌属(Petrobacter)、拟芽孢杆菌属(Paenibacillus)等都在采油过程中发挥着重要的作用。微生物作用后原油的四组分变化明显,其中饱和烃由原始样品的63.11%增加到66.27%,沥青质由4.57%下降为2.81%;气相色谱和色质联用数据显示:原油经微生物降解后主峰碳由C21变为C23,①原油降解样品的Pr/Ph值由原始的1.062增加为1.156,且随生物降解作用的进行,Pr/nC17和Ph/nC18值均不断增大,大庆原油的∑nC21-/∑nC22+值均发生了不同程度的降低,其中②原油降解样由原始的0.915下降为0.685;大庆原油中萘系列化合物和菲系列化合物含量占到了芳烃化合物含量的80%以上,菲系列化合物的含量达到52.71%,"三芴"系列化合物的含量为11.28%,艹屈系列和联苯系列化合物的含量分别为3.76%和0.59%,其他芳烃化合物的总含量为4.34%;在微生物作用下多环芳烃中支链的甲基很容易被降解。     

根瘤菌多样性研究技术进展

根瘤菌为革兰氏阴性菌,与特定豆科植物形成根瘤,通过共生固氮作用将空气中的分子氮转化为铵态氮.共生固氮体系在农业生产方面具有重要意义,不仅能够提高土壤肥力、减少化肥污染,而且能够增加生物有效氮源,提高产量和品质.近年来,随着根瘤菌资源的不断发掘,根瘤菌的系统分类逐渐为人们所关注.综述了与根瘤菌系统分类有关的根瘤菌表型多样...     

一株抗氧化功能胞外多糖产生菌的生长特性及系统发育分析

从南京地区土壤中分离到一株产抗氧化功能胞外多糖的细菌菌株JS-1.菌株JS-1的生长范围较宽,中性至碱性环境,以及25~30℃范围内均可正常生长,可利用蔗糖、葡萄糖、乳糖、甘露醇和麦芽糖作为碳源,能很好地利用有机氮和硝态氮.部分长度的16S rDNA序列分析及系统发育分析表明,菌株JS-1与Enterobacter属同源性为99%,最终将菌株JS-1鉴定为Enterobactersp..     

长蝽类高级阶元系统发育初探(半翅目)

本文运用支序分析的原理和方法,采用Hennig86程序研究长蝽类（lygaeoidcomplex）亚科以上阶元间的系统发育关系．研究用分类单元代表共计21种,选用性状共48个,内群共包括19个OTUs,并采用“理想祖先”作为单一外群．计算得到的首选最简约树步长＝165,CI＝0．32,RI＝0．51．相应支序图所提示的系统发育再建景象主要包括：（1）原有意义上的长蝽科为一并系群或复系群．（2）Rhyparochrominae与红蝽类互成姐妹群．（3）Artheneinae似为一较原始而孤立的支系．（4）支持Cyminae与Berytidae接近的意见．（5）支持“malcidline”意见．     

水生生物所鲤科鱼类散在重复序列研究取得新进展

[水生生物研究所] 2月19日，BMC Genomics发表了中科院水生生物所鱼类系统发育学科组的鲤科鱼类散在重复序列研究新进展。     

枝孢属11个种18S rDNA序列测定及与近似属序列分析

本文对枝孢属11个种单孢分离菌株18S rDNA进行了序列测定,并与其近似属尾孢菌属、假尾孢属、钉孢属、色链隔孢属、柱隔孢属及其有性型属球腔菌属进行了序列分析,构建系统发育树.结果显示色链隔孢属与枝孢属之间系统关系较近,尾孢属、钉孢属和柱隔孢属相互之间系统关系很近,而与假尾孢属系统关系较远.球腔菌属与所有参比无性型属的关系较远.