一株拮抗芽孢杆菌的分离鉴定及其β-1,4-葡聚糖酶基因的克隆

 植物真菌病害是影响农业生产的主要因素之一,连作栽培导致病害逐年加重,为获得能够抑制病原真菌的生防菌以解决真菌病害防治难题,通过平板对峙实验及分子鉴定、抑菌活性物质分析、葡聚糖酶基因克隆及分析,获得一株对多种植物病原真菌具有显著抑制作用的芽孢杆菌,菌株编号为L103。16S rDNA及看家基因序列分析表明,该菌株为巨大芽孢杆菌,羧甲基纤维素钠平板筛选及刚果红染色实验发现该菌具有很强的产纤维素酶(CMC酶)的能力,根据GenBank中巨大芽孢杆菌内切葡聚糖酶基因(HM130670.1)序列设计引物,将扩增得到的1482bp大小的片段克隆到载体pMD18-T上,测序并通过GenBank数据库BLAST分析显示该序列与一株Bacillus sp. HB102的内切β-1,4-葡聚糖酶基因序列一致性达到95%,而与Bacillus subtilis的β-1,4-内切葡聚糖酶基因一致性为85%,进一步分析该菌株产生的抗病活性物质并对其进行改良将为该菌在今后的真菌病害防治应用中提供理论基础。     

内生真菌JSM 10的分离及鉴定

以蛇足石杉为材料,经过严格的表面消毒,分离纯化得到1株内生真菌JSM 10.对JSM 10进行培养特征、显微形态观察和基于ITS序列的系统发育分析.结果表明：菌株JSM 10和Fusarium属的 Fusarium oxysporum菌株系统发育关系最为密切,聚在同一个小枝上,相似程度为99%.因此,从系统发育分析来看,JSM 10应为Fusarium oxysporum菌株.     

胜利油田水驱油藏内源微生物群落结构及分布规律

根据胜利油田的油藏特点,在温度(55 ～ 91℃)、矿化度(3 000～20 000 mg/L)及渗透率((207～6900) ×10-3 μm2)等油藏条件下,利用16S rDNA克隆测序技术研究了10个水驱油藏的内源微生物种群及分布规律.结果显示,油藏内源微生物由种类丰富的细菌和古菌组成.其中,细菌以变形杆菌门为主(其中Gammaproteobacteria数量占总菌数的41.4％,Betaproteobacteria数量占总菌数的25.0％),共计114个属;另外,古菌共计14个属.整体上涵盖了烃降解、产生物表面活性物质、产甲烷等多种驱油功能微生物,其中,石油烃降解菌Achromobacter、Arcobacter几乎分布于所有研究区块.群落结构受到油藏温度、矿化度、渗透率、水驱时间等因素的影响.较高温度的油藏中古菌种类以及细菌中Thermus、Thermincola、Thermanaeromonas等嗜热菌含量均显著提升.其中:90℃油藏的嗜热细菌数量占总菌数的23％,并出现了极端嗜热古菌Geoglobus;矿化度10 000 mg/L以上的区块,耐盐菌数量占总菌数的30％左右,约为该矿化度以下油藏的2倍,而较高矿化度下的严格厌氧、反硝化等代谢形式未形成优势;油藏渗透率提高和水驱时间的延长会显著提高微生物多样性,种属数量增幅可达1倍以上.以上结果表明:研究的各水驱油藏普遍具有实施内源微生物驱油的生物基础;不同的油藏环境导致微生物群落结构存在明显差异,微生物驱油的激活配方及注入工艺需进行针对性的设计和优化.     

基于线粒体16S rRNA基因徂徕林蛙(R.culaiensis)与镇海林蛙(R.zhenhaiensis)的物种分化

目前对徂徕林蛙的描述仅限形态学分析,对其与近缘物种的分化及物种有效性尚缺乏分子生物学研究。笔者对徂徕林蛙所属长肢林蛙种组物种及其他林蛙属物种的线粒体16SrRNA基因部分序列进行分析,得到序列长度521bp。遗传变异分析显示徂徕林蛙与镇海林蛙以及峨眉林蛙遗传距离很近(均为0.9%),表明徂徕林蛙在进化过程中是一个紧密连接镇海林蛙与峨眉林蛙的物种。系统发育树分析显示徂徕林蛙与镇海林蛙构成姐妹群,徂徕林蛙与镇海林蛙处于物种分化过程中的并系阶段,其物种分化还未完全完成。     

基于16S rRNA序列的鳃金龟亚科5族种类的系统发育关系

测定了鳃金龟亚科部分种类的线粒体16SrRNA部分序列,运用MEGA 4.0、PAUP*4.0b10和MrBayes等软件,对5个族29个代表种的序列变异和系统关系进行了研究.序列变异分析结果显示:绢金龟族Sericini、哦鳃金龟族Hopliini、鳃金龟族Melolonthini的族内遗传距离分别为7.7%,11.3%,10.6%,族间遗传距离在12.6%～19.2%.最大似然树(ML)和贝叶斯树(BI)结果表明,所有种类分别聚集在所属的族下,哦鳃金龟族、绢金龟族分别为单系.齿爪鳃金龟属Holotrichia、云鳃金龟属Polyphylla、胸突鳃金龟属Hoplosternus、Hilyotrogus、双绺鳃金龟属Amphimallon、Hoplochelus、婆鳃金龟属Brahmina和皱鳃金龟属Trematodes聚在鳃金龟族分支下,没有形成明显的根鳃金龟族Rhizotrogini分支.齿爪鳃金龟属的非单系性与前人研究结果一致.皱鳃金龟属Trematodes和婆鳃金龟属Brahmina的代表种为姐妹种.绢金龟族的绢金龟属Serica和玛绢金龟属Maladera多数种类聚在本属分支下.证明16SrRNA序列可探讨鳃金龟亚科高级阶元的系统发育关系.     

一株鸭源恶臭假单胞菌16S rDNA的序列测定与分析

从病鸭翅静脉无菌采集抗凝血,直接镜检和姬姆萨染色镜检,微生物感染呈阳性．从血液中分离出该微生物,用细菌16SrDNA通用引物扩增出约1500bp的条带,经DNA测序得到一条长1499bp的16SrDNA序列,与GeneBank已提交的序列进行BLAST相似性搜索表明该微生物应归属于假单胞菌属（Pseudomonas）,并用DNAStar进行同源性分析并构建系统进化树,显示与恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida）同源性最近,首次发现恶臭假单胞菌可能感染家鸭．     

Bayesian mixed models and divergence time estimation of Chinese cavefishes （Cyprinidae： Sinocyclocheilus）

The genus Sinocyclocheilus is distributed in Yun-Gui Plateau and its surrounding region only, within more than 10 cave species showing different degrees of degeneration of eyes and pigmentaUon with wonderful adaptations. To present, published morphological and molecular phylogenetic hypotheses of Slnocyclocheilus from prior works are very different and the relationships within the genus are still far from clear. We obtained the sequences of cytochrome b （cyt b） and NADH dehydrogenase subunlt 4 （ND4） of 34 species within Sinocyclocheilus, which represent the most dense taxon sampling to date. We performed Bayesian mixed models analyses with this data set. Under this phylogenetic framework, we estimated the divergence times of recovered clades using different methods under relaxed molecular clock. Our phyloegentic results supported the monophyly of Sinocyclocheilus and showed that this genus could be subdivided into 6 major clades. In addition, an earlier finding demonstrating the polyphyletlc of cave species and the most basal position of S. jii was corroborated. Relaxed divergence-time estimation suggested that Sinocyclocheilus originated at the late Miocene, about 11 million years ago （Ma）, which is older than what have been assumed.     

柑橘小叶病植原体的分子检测及鉴定

对自然表现小叶的柑橘植株,利用植原体16S rRNA基因通用引物进行巢式PCR检测,得到1.2 kb的特异片段,证明此感病植株是由植原体引起.将此特异片段与pGEM-T Easy载体连接并转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,通过PCR鉴定、序列测定及同源性比较分析,结果表明此株系与属于16SrI-B亚组的苜蓿丛枝植原体株系(Lucerne witches′-broom phytoplasma strain,LuWB)同源率达98.88%,故认为该植原体株系属植原体16SrI-B亚组中的成员.     

核糖体DNA内转录间隔区序列标记在寄生虫学中的应用

目的：介绍核糖体DNA（rDNA）的内转录间隔区（ITS）序列的结构特征和在寄生虫学研究应用中的最新研究进展。方法：检索有关文献进行综合分析。结果：rDNA ITS1和ITS2序列为寄生虫的鉴定提供了非常有价值的遗传标记。结论：核糖体DNA上的ITS域序列的进化速度较其它区域快,具有高变异性,可以从中获得大量的遗传信息,已成为在种和亚种水平上对寄生虫进行分类鉴定的有效手段。     

一支产纤维素酶菌株的鉴定及产酶特性初步研究

本文对从皖南地区采集的森林腐木样本中,筛选获得TZT-01菌株进行鉴定.通过培养,观察菌落和个体染色形态,对其进行16SrDNA序列同源性分析,鉴定为枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis sp.）.对添加诱导物产纤维素酶的特性进行初步研究.