福建红曲醋发酵液的细菌群落结构分析

采用非培养法和培养法对福建红曲醋的细菌菌落结构进行分析.从红曲醋发酵液样品中提取基因组DNA,构建16S r DNA文库.随机挑取16S r DNA文库中的克隆子进行ARDRA分析,通过部分克隆序列测定构建系统发育树.结果显示,非培养法16S r DNA克隆文库得到15种OTUs,主要分为3大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属、Pseudomonas属;培养法16S r DNA克隆文库得到11种OTUs,主要分为2大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属.在文库的标准多样性指数方面,非培养法文库的香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalef's richness index)分别为2.56、0.075、3.04,培养法文库香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalefs'richness index)分别为2.26、0.104、2.17.两个文库的均一度指数(Evenness index)数值均高于0.90,显示出两个文库自身较高的多样性.实验结果表明:Acetobacter属和Lactobacillus属是红曲醋发酵的优势菌群,占整个细菌群落的85%以上.红曲醋发酵是一个多菌种的发酵过程,福建红曲醋的非挥发性酸含量与其醋酸发酵伴随乳酸发酵过程产生丰富的有机酸是相关的.     

中国按蚊属(双翅目:蚊科)分类研究进展

按蚊属(Anopheles Meigen)是最重要的医学昆虫类群之一,其中很多种类是传播疟疾的重要媒介。本文根据近些年来国内外按蚊属的研究文献(特别是《Zoological Record》)以及本实验室对按蚊属的分类学研究结果,总结了中国按蚊属分类学的研究历史、研究现状、系统发育关系和地理区系,更新了中国按蚊属的分类系统。目前中国已知按蚊属蚊虫2亚属62种,其中按蚊亚属(Anopheles)在中国共2派、3系、6组、4亚组,塞蚊亚属(Cellia)共4系、7组、6亚组。分布在东洋区的有45种,占中国按蚊属总数的72.58%;分布在古北区的有6种,占9.68%;跨古北区与东洋区的有11种,占17.74%。形态分类方法在针对复合体内姊妹种的分类鉴定和系统发生学研究上存在一定的局限性,需要结合分子分类学方法来进行研究。目前,建立更多的分子鉴定标准来确定复合种在蚊科中的分类地位是蚊虫分类研究的重要工作,而不断丰富蚊虫的基因组数据也是当前蚊虫系统发生研究的一个新的方向。     

植物叶绿体基因组研究及应用进展

叶绿体是植物进行光合作用的主要场所,是植物细胞特有的细胞器.叶绿体具有相对独立的遗传物质,是半自主性细胞器.本文从叶绿体起源,叶绿体DNA的遗传方式,叶绿体基因组的基本结构以及叶绿体基因组的进化四个方面综述了叶绿体基因组的研究进展.另外,综述了叶绿体基因组在系统发育基因组学、居群遗传学、谱系地理学和叶绿体基因工程中的应...     

文种金鱼系统发育地位的研究

利用随机扩增多态ＤＮＡ技术，通过增加ＲＡＰＤ位点数进一步分析了文种鱼的系统发育地位。将ＲＡＰＤ扩增结果进行统计学分析。应用ＮＴＳＹＳ软件ＵＰＧＭＡ法聚类构建了金鱼主要代表品种发育的分子系统树。     

黄河鮈Cytb基因克隆及其在鮈属中的系统发育

采用聚合酶链式反应克隆黄河鮈线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道了该基因的全长序列(1140bp,FJ904648) ,并与鮈属中其他6个物种的Cyt b 基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以马口鱼属的马口鱼和鯝属的云南鯝作为外群构建了ML和NJ系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,黄河鮈与犬首鮈具有较低的遗传距离(6.30%),在系统发育树上两者聚在一起,提示黄河鮈与犬首鮈存在较近的亲缘关系.     

肠道细菌与宿主共生的研究进展

从早期的微生物学家巴斯德(Pasteur)和梅基尼可夫(Mechnikov)到今天的微生物学家一直强调理解微生物区系在人类健康和疾病中的重要性.然而,由于肠道微生物区系的组成和结构复杂,长期以来我们对其发挥生理功能的作用机制一直了解甚少.随着分子生物学技术的发展和无菌动物的成功繁殖,为我们全面地了解肠道微生物区系的生理功能提供了有力的工具.     

Epitypification： should we epitypify？

Epitypification can solve many taxonomic problems and stabilize the understanding of species, genera, families or orders. The aim of this paper is to illustrate how to epitypify. A few examples where taxa have been epitypified are considered and the benefits and disadvantages of epitypification are discussed. We also outline some examples of taxa which need to be epitypifled with reasons.     

蛇足石杉一株盘菌目内生真菌的分类鉴定

目的对分离自蛇足石杉的一株盘菌目内生真菌菌株LYS02进行分类鉴定.方法采用形态学、分子生物学和分子系统学方法对蛇足石杉内生真菌菌株LYS02进行了形态学、r DNA ITS的测序和系统发育分析研究.结果菌株LYS02与Pezizales sp. CL309 (KJ407058. 1)有着更近的发育关系.结论菌株LYS02为盘菌目(Pezizales)中的一未知种,该种为微生物资源的开发和利用提供了一种新的菌种资源,可为研究和分析真菌间的系统发育关系提供新的支持材料.     

荆州碘泡虫寄生部位种群分化

【目的】研究荆 州 碘 泡 虫(Myxobolus kingchowensis)寄 生 于 同 种 宿 主 不 同 寄 生 部 位 的 种 群 分 化 及 系 统 发 育 关 系。【方法】对荆州碘泡虫不同种群及相似物种的形态和它们18Sr DNA 序列的变异位点、相似度、遗传距离、AT 碱基比进行比较,分析了它们的系统发育关系。【结果】荆州碘泡虫重庆胆囊种群、武汉肌肉种群和武汉肾脏种群的形态学特征基本一致。各种群18Sr DNA 序列相似度为98.8%~100.0%,遗传距离为0.000~0.009,变异位点数为3~12个,AT 碱基比(53.29%)高于 GC碱基比(46.71%)。荆州碘泡虫不同种群及相似物种的系统发育树分为两大枝,孢子前端平滑且钝圆的的物种聚为一枝,孢子前端较尖的物种聚为了另一枝;鳃寄生的碘泡虫整体处于该系统发育树的基部。【结论】寄生于异育银鲫(Carassiusauratus gibelio)上不同器官部位的荆州碘泡虫已出现种群分化;孢子形态上相似的碘泡虫物种具有更近的亲缘关系;较之于肌肉、肾脏、胆囊、骨骼肌、鳔和肠寄生的碘泡虫而言,鳃寄生碘泡虫分化较早。
     

异源四倍体鲫鲤及其原始亲本Sox9基因HMG保守区内含子遗传变异性分析

参照不同物种中Sox基因HMG保守区序列设计简并引物,扩增了异源四倍体鲫鲤及其原始亲本红鲫(Carassius carassiusred var.)和鲤鱼(Cyprinus carpioL.)的Sox基因.对不同片段大小的Sox基因测序,结果表明,四倍体鱼中存在两个Sox9基因(Atsox9a和Atsox9b),红鲫和鲤鱼中只发现一个Sox9基因(Rcsox9a和Ccsox9b).这4个Sox9基因在HMG盒中均含有内含子,大小分别为413bp,703bp,401bp和714bp,其插入位点遵守GT-AG法则.其中Atsox9a与Rcsox9a,Atsox9b与Ccsox9b的内含子序列都具有很高的一致性,分别为94.4%和97.8%,这表明内含子序列变异率较低.有趣的是,根据它们的外显子所推导的氨基酸序列一致性均为100%.因此,四倍体鱼及其原始亲本Sox9基因HMG基序内含子不仅具有长度多态性,而且内含子之间存在遗传变异性,这为进一步探讨异源四倍体鲫鲤的起源和进化提供了重要的分子生物学证据,同时也为正确掌握内含子的位置信息,功能和进化起源有着十分重要的作用.