黄河鮈Cytb基因克隆及其在鮈属中的系统发育

采用聚合酶链式反应克隆黄河鮈线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道了该基因的全长序列(1140bp,FJ904648) ,并与鮈属中其他6个物种的Cyt b 基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以马口鱼属的马口鱼和鯝属的云南鯝作为外群构建了ML和NJ系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,黄河鮈与犬首鮈具有较低的遗传距离(6.30%),在系统发育树上两者聚在一起,提示黄河鮈与犬首鮈存在较近的亲缘关系.     

肠道细菌与宿主共生的研究进展

从早期的微生物学家巴斯德(Pasteur)和梅基尼可夫(Mechnikov)到今天的微生物学家一直强调理解微生物区系在人类健康和疾病中的重要性.然而,由于肠道微生物区系的组成和结构复杂,长期以来我们对其发挥生理功能的作用机制一直了解甚少.随着分子生物学技术的发展和无菌动物的成功繁殖,为我们全面地了解肠道微生物区系的生理功能提供了有力的工具.     

Epitypification： should we epitypify？

Epitypification can solve many taxonomic problems and stabilize the understanding of species, genera, families or orders. The aim of this paper is to illustrate how to epitypify. A few examples where taxa have been epitypified are considered and the benefits and disadvantages of epitypification are discussed. We also outline some examples of taxa which need to be epitypifled with reasons.     

蛇足石杉一株盘菌目内生真菌的分类鉴定

目的对分离自蛇足石杉的一株盘菌目内生真菌菌株LYS02进行分类鉴定.方法采用形态学、分子生物学和分子系统学方法对蛇足石杉内生真菌菌株LYS02进行了形态学、r DNA ITS的测序和系统发育分析研究.结果菌株LYS02与Pezizales sp. CL309 (KJ407058. 1)有着更近的发育关系.结论菌株LYS02为盘菌目(Pezizales)中的一未知种,该种为微生物资源的开发和利用提供了一种新的菌种资源,可为研究和分析真菌间的系统发育关系提供新的支持材料.     

基于18S rDNA序列鉴定北部湾养殖区引发藻华的一株原甲藻

高度保守的核糖体18SrDNA序列可用于经济快捷且精确地鉴定浮游植物的种类。2018年夏季,广西北部湾近海的对虾养殖区内发生了原甲藻引起的藻华,藻华的优势种密度为5.5×105 cells·L~(-1),本文采用形态学观察法结合序列分析鉴定的方法来鉴定该藻的种类。结果表明,在形态上,这株分离培养获得的原甲藻(编号BBGA-9003),其大部分细胞类似心形或卵形,少部分细胞近似三角形,鞭毛2条,细胞长和宽分别为(16.55±1.42)μm和(13.84±1.86)μm。该原甲藻经18SrDNA基因序列测定并进行BLAST分析,结果表明该原甲藻序列和GenBank中56株不同种原甲藻具有很高的同源性,在系统进化树上与不同来源的微小原甲藻聚在一大分支上,且与各微小原甲藻间的遗传距离均小于与其他种间的遗传距离。因此,从分子生物学的角度鉴定该株原甲藻属于微小原甲藻,此种藻华的发生意味着北部湾养殖区有害藻华种类多样性的增加。本研究为18SrDNA序列测定用于海洋浮游植物种类鉴定提供了实验依据,也为广西北部湾养殖区有害藻华的防治提供基础资料。     

荆州碘泡虫寄生部位种群分化

【目的】研究荆 州 碘 泡 虫(Myxobolus kingchowensis)寄 生 于 同 种 宿 主 不 同 寄 生 部 位 的 种 群 分 化 及 系 统 发 育 关 系。【方法】对荆州碘泡虫不同种群及相似物种的形态和它们18Sr DNA 序列的变异位点、相似度、遗传距离、AT 碱基比进行比较,分析了它们的系统发育关系。【结果】荆州碘泡虫重庆胆囊种群、武汉肌肉种群和武汉肾脏种群的形态学特征基本一致。各种群18Sr DNA 序列相似度为98.8%~100.0%,遗传距离为0.000~0.009,变异位点数为3~12个,AT 碱基比(53.29%)高于 GC碱基比(46.71%)。荆州碘泡虫不同种群及相似物种的系统发育树分为两大枝,孢子前端平滑且钝圆的的物种聚为一枝,孢子前端较尖的物种聚为了另一枝;鳃寄生的碘泡虫整体处于该系统发育树的基部。【结论】寄生于异育银鲫(Carassiusauratus gibelio)上不同器官部位的荆州碘泡虫已出现种群分化;孢子形态上相似的碘泡虫物种具有更近的亲缘关系;较之于肌肉、肾脏、胆囊、骨骼肌、鳔和肠寄生的碘泡虫而言,鳃寄生碘泡虫分化较早。
     

rDNA指纹图的建立及其在细菌分类鉴定中的应用

应用PCR技术,从大肠杆菌中分别扩增出16S、23S核糖体RNA基因(rDNA),以[a-32P]bATP经缺口平移法标记rDNA后作为广谱探针.选用BamhⅠ、EcoRⅠ、HndⅢ等不同限制酶,对肠杆菌科细菌及一起沙门氏菌食物中毒暴发分离株进行染色体DNA酶切,凝胶电泳分离各片段后,通过Southem杂交,获得各菌株rDNA指纹图.每个细菌都可以从rDNA的限制性片段长度多态性(RFLP)得到鉴定,rDNA指纹图显示出种特异性,明确地区分出引起食物中毒的可疑传染源.该法特异性强、重复性好,既可用于细菌的分类鉴定,也可作为分子流行病学调查的工具.     

黄鳝DEAD-box家族PL10基因的克隆与序列分析

通过PCR克隆的方法，从黄鳝(Monopterus albus)中得到两个PL10基因的cDNA片段Mo PL10A和Mo PL10B，长度均为1．127kb，推测其编码375个氨基酸的蛋白片段．结合其他PL10类同源物序列，对这两条cDNA进行了分析和初步的功能推测．根据此片段的氨基酸序列构建的系统发育树与形态分类结果一致．在不同组织中的RT—PCR结果表明Mo PL10A和Mo PL10B的mRNA在各组织中的分布有差异．     

华东师范大学在校生皮肤上葡萄球菌类型及其抗药性分析

实验采集了华东师范大学在校学生皮肤表面的细菌样品,通过Baird Parker培养基选择性分离葡萄球菌属菌株.对分离到的菌株进行染色体DNA的提取,并扩增16S rRNA基因;通过16S rRNA基因序列分析菌株类型及菌株之间的系统发育关系;最后利用纸片琼脂扩散法(K-B法)检测葡萄球菌菌株对10种常见的抗生素敏感性并进行分析.结果分离得到了共31株葡萄球菌菌株,然后对各菌株的16S rRNA基因序列进行系统发育关系分析,将其分为6个不同的葡萄球菌种.通过对抗生素敏感性分析显示,31株菌中对10种抗生素检测没有完全敏感的菌株,其中氨苄青霉素、阿莫西林和恩诺沙星3种抗生素抗菌效果都比较低,抗性率分别为91％,91％和72％;阿米卡星的抗葡萄球菌效果最好,在31株菌株中只有3株菌株对阿米卡星具有抗性.上述结果显示,不管是维族人群还是汉族人群,皮肤表面都存在大量葡萄球菌,而维族人群中存在的数量高于汉族人群,但在菌株类型上并没有显著差异.存在于健康人体表面的葡萄球菌对常见10种抗生素具有较高的抗性,阿米卡星对葡萄球菌的敏感性最好.     

不同地区大果沙枣nrDNA ITS比较及系统发育分析

对从GenBank搜取的12条大果沙枣nrDNA ITS序列变异进行了比较分析,发现大果沙枣的ITS长度在663～666bp之间,12条大果沙枣ITS序列共有23个变异位点,其中ITS1、ITS2变异位点多,分布为10个和11个,5.8S片段最为保守仅有2个突变位点.ITS全长及ITS1、5.8S、ITS2的GC含量都高于AT含量.分别采用邻接法（Neighbor-Joining）和最大简约法（Mini-mum Evolution）构建的ITS全长系统发育树显示,相同地区的大果沙枣并没有完全聚在一起,新疆和甘肃地区的聚类在一起,额济纳和外蒙古的相似性低,宁夏中卫大果沙枣位于系统树的基部,是最先分化的个体.