硫酸盐还原菌多相分类系统的研究进展

自硫酸盐还原菌由Beijerinck发现并命名至今,其分类地位一直处于不断的变化之中。近年来,随着一些新种的发现和新的分析方法应用,硫酸盐还原菌分类手段已由传统的形态学分类方法向现代的多相分类法过渡。本文阐述了经典分类法、化学分类法、分子分类法在硫酸盐还原菌分类中的应用,并对它们的优缺点作了简要的评价。     

极边扁咽齿鱼线粒体DNA细胞色素b序列特征及其遗传多样性

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法,获得了极边扁咽齿鱼两个黄河河段共10个个体和3个近缘种的细胞色素b基因的全序列(1 140bp),并构建了ML系统发育树.极边扁咽齿鱼10个个体的序列比对后,共检测到7个单倍型,其中4个单倍型来自贵南黄河段,3个单倍型来自玛多黄河段.序列差异和分子系统学分析显示,来自贵南黄河段和玛多黄河段的个体间存在很低的遗传差异,两群体没有形成相应的单系群,表明两河段种群间可能有着较频繁的基因交流.     

一株碱性纤维素降解菌的分离与分子鉴定

以纤维素为唯一碳源,采用刚果红选择性培养基,分离到一株降解纤维素的细菌L1,L1适宜在碱性条件下生长,在pH值为7-11的范围内能够产生纤维素酶。为了确定L1的分类地位,PCR扩增后测定其16SrDNA序列,在GenBank中进行同源性比对,并与一些同源性较高的细菌构建系统发育树,初步将菌株L1鉴定为节杆菌(Arthrobacter sp.strain L1)。菌株L1产生的碱性纤维素酶在工业领域中将具有良好的应用前景。     

DNA条形码技术在食蚜蝇科系统发育中的应用

随着食蚜蝇科昆虫系统学研究的深入,单纯的形态学特征分类方法已显得不足,DNA条形码技术已为食蚜蝇科系统学研究提供了一条新途径并获得了较为广泛的应用。对国内外学者利用线粒体COI、18S rRNA和28S rRNA基因序列,以及ITS序列等在食蚜蝇科系统发育中的应用研究进行了总结。     

Alterations in cecal microbiota of Jinhua piglets fostered by a Yorkshire sow

Gut microbiota health and diseases. Several play important roles in host factors, in particular antibiot- ics, affect the gut microbiota of pigs. Cross-fostering has been applied as a regular practice to equalize litter size, reduce pre-weaning mortality and increase body weight. However, the effect of cross-fostering on cecal microbiota is unclear. In this study, we fostered three Jinhua pigs to a Yorkshire sow. The fostered Jinhua piglets grew signifi- cantly faster than their biological siblings. To explore whether the cecal microbiota of piglets will alter during fostering, we characterized the cecal microbiota of allpiglets by examining the V3 hypervariable region ot 165 rDNA. We observed altered cecal microbiota in these piglets using the Illumina HiSeq 2000 platform, and this was accompanied with an increase in growth rate after fostering. The relative abundance of Bacteroidetes in the fostered Jinhua piglets was decreased compared with their biological siblings, although still higher in comparison with their new littermates. Beta-diversity analysis also showed that the cecal microbiota of the adopted Jinhua piglets differed from their biological siblings with a shift toward their step-siblings. Our data show that cecal microbiota of piglets were altered after cross-fostering while the growth rate increased.     

基于NCBI单基因ITS序列的散囊菌目系统发育学探讨

为了从分子水平探讨散囊菌目的系统发育关系,利用NCBI的Taxonomy,SIF等数据库中的散囊菌目物种信息及GenBank中已有的rDNA ITS序列,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建散囊菌目属一级水平的系统发育树.结果表明:散囊菌目的4个科中的27个属聚为2大枝1小枝,单基因ITS序列的分析结果与散囊菌目的4个科的分类结果不完全一致.     

基于遗传距离的粘孢子虫分类研究

以18S rDNA作为分子标记研究了以粘孢子虫(Myxosporidia)常见属为代表的不同分类水平下的遗传距离分布规律。结果表明,粘孢子虫亲缘关系的远近与遗传距离具有明显的相关性,即粘孢子虫亲缘关系越远遗传距离越大,反之亦然;同时表明,本研究所涉及的种内、种间和属间阶元的遗传距离虽在一定范围内有重叠,但遗传距离由小到大排列依次为种内、种间、属间。研究认为物种之间在遗传距离上可能并不存在绝对的界限,但基于18S rDNA遗传距离的分歧在一定范围内对大多数物种的鉴定是有效的。
     

茭白黑粉菌的分离鉴定研究

以“余茭4号”灰茭为材料，进行了茭白黑粉菌的分离，并进行了ITS-5．8SrDNA的分子序列测定。结果表明：ITS-5．8SrDNA扩增片段大小775bp,通过DNAStar软件进行比较分析，结果表明：分离出的黑粉菌（Ustilago esculenta）是黑粉菌属的边缘物种。     

松苗根际生防菌的研究

采用平皿稀释分离法,通过对320株湿地松根际细菌分离物的筛选,获得1株拮抗性强的细菌菌株;运用16S rDNA序列分析方法,对菌株进行了分子鉴定,结果为洋葱伯克霍尔德菌(Burkholderia cepacia)。以镰刀菌属(Fusarium)、丝核菌属(Rhizoctonia)、链格孢菌属(Alternaria)的真菌为病原菌,该菌株和生防菌株Pseudomonas fluorescens Q287、279、1M196、Pf5、HT51、Q3787、MVP14、FFL1R8共同对病原菌的平皿对峙试验,该菌株对立枯丝核菌、链格孢菌都有较强的拮抗作用,120 d盆栽测试得知,菌株P.fluorescens Q287最高保存率为77%,该菌株的最高保存率为62%,其拮抗效果和菌株Q287一样,均高于其他7个生防菌株,试验证明该菌株具有防治松苗猝倒病的潜力。     

暴马丁香的叶绿体基因组特征分析

为了解暴马丁香的叶绿体基因组的特征,本研究分析该叶绿体基因组结构和基因构成特征,并进行系统演化基因组分析.结果表明:(1)暴马丁香叶绿体基因组的功能基因有132个,其中包括8个rRNA基因,36个tRNA基因和88个蛋白编码基因.(2)在暴马丁香叶绿体基因组的密码子组成中,RSCU值>1的密码子有30个,其中以A/U碱...