基于PsbA-trnH,RbcL和trnL-F序列的野生葡萄系统发育

采用PCR技术从湘西地区的3种野生葡萄中分离PsbA-trnH、RbcL和trnL-F基因片段,克隆至pMD18-T载体中测序,结合GenBank/EMBL/DDBJ中公布的其他葡萄科植物相应cpDNA基因信息,使用Mega4构建系统发育进化树,分析其系统发育关系.结果显示,PsbA-trnH,RbcL和trnL-F这3种cpDNA基因序列均能用于葡萄科属间的分子鉴定,但结果与传统形态学分类存在一些差异,RbcL能用于葡萄属内种间的分子鉴定.     

具腋生花序的异叶岩桐属一新记录种

描述了产自厄瓜多尔南部和秘鲁北部的热带地区片段化生境下的异叶岩桐属Monopyle一新种。本种与异叶岩桐属其他物种的重要区别在于其具有明显凸出的红色毛被以及腋生的花序,同时本种在过去十多年前采集到的标本中很少被发现,因此需要关注他的保护问题。     

环境中抑菌微生物YZ-02的分离鉴定及抑菌机理研究

目的:研究抑菌微生物YZ-02的生长及其抑菌机理.方法:以实验室发现的一株对金黄色葡萄球菌有抑制作用的菌株YZ-02为研究对象,对其形态特征、生长特性、耐药性、抑菌性等进行研究,利用16S rDNA对其进行测序,测定了其基因组框架图,并探究了其抑菌机制.结果:该菌隶属于芽孢杆菌属(Bacillus),可抑制金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等多种常见细菌,对抗生素的耐药性不强,基因组中存在多种芽孢杆菌特有的细菌素基因hag,ituA,tasA等,实时荧光定量RT-PCR分析表明这些细菌素基因在YZ-02菌株抗菌时的表达显著上调.结论:隶属于芽孢杆菌属的YZ-02菌株可抑制多种常见细菌生长,可能是hag基因和ituA基因等细菌素单个或联合作用的结果.     

胜利油田纯梁采油厂某区块油藏中微生物菌群分析

构建细菌16S rDNA基因文库以及硫酸盐还原菌的dsrAB基因文库,研究了胜利油田纯梁采油厂35区块某油井采出水中微生物的多样性以及SRB的菌群结构组成.结果表明,样品中微生物的多样性指数不高,样品中的微生物主要来自β变形菌纲以及γ变形菌纲,SRB主要由Thermodes-ulfobacterium、Desulfomicrobium、Thermodesulforhabdus以及Archaeoglobus fulgidus等属的微生物组成.将序列相似性≥97%作为一个OTU的划分原则,16S rDNA文库中有2个优势OTU,分别与Arco-bacter以及Pseudomonas stutzeri相近,分别占总克隆数的44%和56%;dsrAB基因文库有3个优势OTU,分别与Archaeoglobus fulgidus、Archaeoglobus infectus、Desulfotomaculum geothermicum相近,分别占总克隆数的46.6%、16.6%以及13.3%.16S rDNA基因序列与已知序列相似性较高,优势菌种在国内油田中较为常见,但不同油藏之间菌群结构存在较大差异.dsrAB序列与已知序列的相似性较小,可能存在新的SRB.     

Lotus japonicus共生固氮基因的比较基因组学

以模式植物Lotus japonicus基因组为研究对象,首先应用了现有生物信息学软件BLAST程序对Lotus japonicus的全基因组序列进行了比较分析,鉴定两个序列之间的相似性并将其基因筛选出来;其次结合Blastp的数据结果提供的基因同源信息,和基因在染色体上的位置信息,对其全基因组进行共线性分析确定基因组中由WGD产生的重复基因有2197对,以获得Lotus japonicus多倍化发生的规模高达28.05％;再次在NCBI上初步搜索并获得与共生固氮相关的基因序列有12个同时根据获得的共生固氮相关的基因在四个禾本科物种中进行比较分析,并且对其进行了简单的系统进化分析,发现全基因组倍增可能有利于共生固氮相关的基因家族的扩增.     

FISH of 5S rDNA and telomeric (TTAGGG) n repeats in normal and translocated populations of the frog Quasipaa boulengeri (Anura, Ranidae)

Quasipaa boulengeri,a spiny frog,is widely distributed in the low mountain regions,around Sichuan Basin.Our previous study revealed five karyotypes,caused by a translocation,that are randomly distributed throughout different populations.5S rDNA and telomere sequence(TTAGGG) n are potential good markers for chromosome identification and karyological evolution.In this study,we examined the sequences of 14 populations using fluorescence in situ hybridization(FISH) to detect if there is any variation between karyologically normal and translocated populations.5S rDNA loci were located at the same position on chromosomes 1 in 7 translocated populations.In two of the seven normal populations,5S rDNA also occurred on chromosome 5 in addition to chromosome 1.Our findings further indicate that the 5S rDNA on No.1 most likely represents the ancestral condition,while the minor loci represent the derived state.Signal density variations of the 5S rDNA were observed beteween homologous chromosomes or sister chromatids of pair 1 in both normal and translocated populations.Telomere sequences were identically located on all ends of the 26 chromosomes in seven rearranged populations,however,no ITSs were observed on the translocated chromosomes 1 and 6.Two of the six normal populations were found to contain ITSs which indicates that populations with translocation events diverged prior to those with ITSs rearrangements.In the KKS and BF populations,the ITSs of chromosome 3 are not always found on both homologues.Inter-chromosomal signal strength of telomeric sequences commonly differs within all populations.     

一株产海因酶菌种的筛选与鉴定

通过对土壤中微生物以单一海因类似物作为唯一氮源富集、分离和纯化,利用双层琼脂法筛选获得产海因酶菌株,以基因工程手段提取其DNA,并进行特异性的16S rDNA测序,最终利用Blastn工具将其基因序列与GenBank数据库中的进行序列比对。研究表明:该菌与Bacillus megateriumQM B1551(NC004604)序列相似性达到98%,证明该菌为巨大芽孢杆菌。     

不同保存方式下金龟甲虫DNA提取方法及28S rDNA序列分析

通过电泳检测和PCR扩增28SrDNA核基因序列的结果,比较了无水乙醇、75%乙醇、针插干制3种金龟甲虫标本的保存方式和SDS-蛋白酶K法、CTAB法、饱和NaCl法3种提取DNA方法.结果显示,SDS-蛋白酶K法、CTAB法提取3种保存方式的标本时,可成功提取DNA并有效扩增目的基因;饱和NaCl法仅能提取无水乙醇保存标本的DNA并扩增目的基因,而75%乙醇保存标本和干制标本的DNA提取和基因扩增均不理想.     

通过进化模块审视拟南芥尿苷二磷酸葡糖基转移酶功能多样性

属于糖基转移酶(GTs)家族1的尿苷二磷酸(UDP)-糖基转移酶(UGT)在转移拟南芥中的糖基的转移和糖基化次级代谢物中起重要作用.重建的系统发育树对这个多基因家族的进化关系和功能提供了新的见解和研究.通过综合分析系统发育谱和重建的系统发育树,我们系统地分析了112个拟南芥UGTs.在我们的工作中,我们检测到五个不同的进化保守模块,大多数UGTs分为同一模块,表明拟南芥UGTs在进化过程中是相当保守的.接下来收集拟南芥UGT的底物,并将它们映射到直向同源组,揭示UGT在结合特异性底物中的进化关系.通过扫描271不同物种,还预测一些未报告的蛋白质与拟南芥UGTs密切相关.     

一株高效脱氮磷菌的筛选及其特性的初步研究

从活性污泥中筛选出高效脱氮除磷菌,并进行分类鉴定,同时研究了不同pH和接种量对生长的影响.通过聚磷菌的富集培养、缺磷和富磷培养的筛选、PHB和异染颗粒染色实验进行鉴定,并通过除磷除氮实验、形态学和生理生化实验进行初步研究,通过16S rRNA进行分子鉴定.筛选得到一株高效脱氮除磷菌.该菌株在pH5~10之间均能正常生长,最佳生长pH为7.接种量在10%时生长效果最好,其中对氮磷的去除率分别达78.3%、87.8%.该菌株可以同时对氮和磷有较好的去除效果,通过形态学观察、生理生化试验和16S rRNA基因序列分析,构建系统发育树,初步鉴定为肠杆菌属.