Mitochondrial 16S rRNA sequence variations and phylogeny of the Chinese sisorid catfishes

Partial sequences of mitochondrial 16S rRNA gene were obtained by PCR amplification for comparisons among nine species of glyptosternoid fishes and six species of non-glyptosternoids representing 10 sisorid genera. There are compositional biases in the A-rich unpaired regions and G-rich paired regions. A-G transitions are primarily responsible for the Ts/Tv bias in unpaired regions. The overall substitution rate in unpaired regions is almost two times higher than that in the paired regions. Saturation plots at comparable levels of sequence divergence demonstrate no saturation effects. Phylogenetic analyses using both maximum likelihood and Bayesian methods support the monophyly of Sisoridae. Chinese sisorid catfishes are composed of two majorlineages, one represented by (Gagata (Bagarius, Glyptothorax)) and the other by “glyptosternoids Pseudecheneis“. The glyptosternoids may not be a monophyletic group. A previous hypothesis referring to Pseudecheneis as the sister group of monophyletic glyptosternoids, based on morphological evidence, is not supported by the molecular data. Pseudecheneis is shown to be a sister taxon of Glaridoglanis. Pareuchiloglanis might be paraphyletic with Pseudexostoma and Euchiloglanis. Our results also support the hypothesis that Pareuchiloglanis anteanalis might be considered as the synonyms of Pareuchiloglanis sinensis, and genus Euchiloglanis might have only one valid species, Euchiloglanis davidi.     

1株革兰氏阴性细菌菌株YIM31327^T的分离和鉴定

从云南森林土壤样品中分离到1株革兰氏阴性细菌YIM31327^T．通过对其进行的包括形态、生理生化特性、细胞壁化学组份以及16S rDNA序列等多相分类研究，确定其为杜擀氏菌属的1个新种，我们将其命名为黑紫杜擀氏菌(Duganella violaceinigra sp.nov．)．菌株YIM31327^T的最适生长温度为28～30℃，最适生长pH为7．0，细胞短杆状、无孢子形成、有鞭毛、可运动。     

从MtDNA研究角度看新疆地区古代居民遗传结构的变化

本文对新疆吐鲁番盆地以及罗布诺尔地区青铜——早期铁器时代古代居民的MtDNA进行了研究，使用4对套叠引物对线粒体基因组的调控区(313bp)进行扩增和测序，从31例古代个体中得到了30个DNA序列。系统发育分析实验结果表明：至少在汉代以前，欧洲和东亚谱系在新疆境内存在反向渗入，相比之下，亚洲序列向西的渗入比较零碎，不如欧洲谱系成分的东进活跃。在此之后，随着东亚群体向西迁徙的增加，欧洲谱系的影响出现弱化的趋势。     

用核糖体DNA的ITS序列探讨滇桐属的系统学位置

采用PCR直接测序方法 ,对来自椴树科、梧桐科、木棉科 17属的 33个种和作为外类群的锦葵科 2属4个种的核糖体DNAITS区 (含 5 8S区 )序列进行了分析。结果表明 ,滇桐属 (Craigia)与椴树属为姐妹群关系 ,二者构成单系类群 ,因而将滇桐属置于椴树科中较为合理 ;刺果藤属和翅子树属有较近的亲缘关系 ,并与蚬木属和柄翅果属构成一个单系类群 ,二者可能与椴树科有更近的亲缘关系 ;榴莲属与椴树科的破布叶属构成单系类群 ;山芝麻属与椴树科、梧桐科和木棉科构成并系关系 ;因此 ,这些属的系统位置尚需进一步确定。综合分析的结果支持将椴树科、梧桐科和木棉科归并到锦葵科中的观点。     

Complete mitochondrial DNA sequence of Chinese alligator,Alligator sinensis, and phylogeny of crocodiles

The 16746-neueleotide (nt) sequence of mitochondrial DNA(mtDNA) of Chinese alligator,Alligator sinensis,was determined using the Long-PCR and primer walking methods.As is typical in vertebrates,the mtDNA encodes 13 proteins,2 rDNA,22 tRNA genes,and a noncoding control region.The Composition of bases is respectively 29.43%A,24.59%T,14.86%G,31.12% C.The gene arrangement differs from the common vertebrate gene arrangement,but is similar to that of other crocodiles,DNA sequence data from 12S rRNA,168 rRNA,protein-coding genes and combined sequence data were used to reconstruct the phylogeny of reptiles with the MP and ML methods.With this large data set and an appropriate range of outgroup taxa,the authors demonstrate that Chinese alligator is most closely related to American alligator among three crocodilian species,which suppors the traditional viewpoint.According to the branch lengths of ML tree from the combined data set,the primary divergence between Alligator and Caiman genus was dated at about 74.9 Ma,the split between Chinese alligator and American alligator was dated at 50.9Ma.     

几种基于基因组DNA的真菌分类技术研究进展

基于基因组DNA的真菌分类技术发展迅速。综述了DNA分子杂交技术,真菌线粒体DNA限制性片段长度多态性(m t RFLP)分析,随机扩增多态性DNA(RAPD)分析,rDNA序列分析,扩增片断长度多态性(amp lifiedfragm ent length polymorph ism,AFLP)在真菌分类和系统发育中的应用。     

16S rDNA和recA-gene对乳酸菌Ⅱ32的鉴定

对乳酸菌Ⅱ32进行了生化实验.以菌株Ⅱ32的总DNA为模板,采用细菌通用的引物,对其16S rDNA进行特异扩增,并进行序列测定,将测定结果与GenBank DNA数据库中已知菌种的16S rDNA序列通过BLAST软件进行分析比较,初步确定该菌株为戊糖乳酸菌、植物乳杆菌或类植物乳杆菌.采用recA-gene约300bp的特异扩增片段最终确定乳酸菌Ⅱ32为类植物乳杆菌.     

中国大鲵复合体谱系多样性及贵州分布中国大鲵的分类评估

为探索新生代地质构造演化在塑造贵州及周边地区地质景观过程中,对现存动物分布模式的影响,选择中国大鲵复合体Andrias davidianus comlex作为研究物种,以线粒体基因组作为分子标记,探讨中新世地质构造事件对于中国大鲵复合体的系统发育和谱系分化.系统发育分析表明:在中国大鲵复合体中,有与地理区域相关的7个主...     

植物类赖氨酸/组氨酸转运蛋白LHT基因家族的进化及在大豆中的功能研究

利用9种具有全基因组数据的代表植物,通过生物信息学和分子生物学的研究手段,分析了被子植物LHT基因家族的进化机制,探讨了该基因家族在大豆中的功能分化。结果表明：(1)在选取的9个被子植物代表物种中,共含有114个LHT同源基因,大豆中含有25个,内含子数目1～9。(2)进化分析表明被子植物LHT可聚为7个亚家族Ⅰ—Ⅶ,其中Ⅱ的成员最多,Ⅲ为单子植物特有;编码的大豆氨基酸数量为56～543,相对分子量为6.3×10³～57.1×10³,理论等电点为6.03～9.51,均为跨膜蛋白。(3)大豆中GmaLHT表达模式分析表明,该基因家族的表达受到根瘤菌侵染的诱导,在根瘤侵染后部分成员在根和根瘤中特异性表达。大豆GmaLHT家族基因表达模式在不同亚家族的差异化结果表明,其在进化过程中受到选择的作用。(4)GmaLHT17基因超表达植株中该基因mRNA的表达水平为对照植株的13.6倍,且超表达植株的结瘤数目较对照植株有明显的增加。     

论新概念“裸子不裸”

松柏类以外的裸子植物发生较早，是山裸枝状的穗子类（Stachyosperma)的种子蕨（不具心皮叶或孕性叶）演化出简易的种子保护组织；而被子植物则是从有心皮叶或孕性叶的叶子类（phyllosperma)的种子蕨演化出有子房结构的种子植物（包括有花植物）。尽管裸子植物适应演化，形成一些适应机能结构而繁盛一时，但由于大部结构的缺陷，在地质变迁而引起的生存条件变化过程中被自然淘汰，只有那些自身结构适应性较强的如银杏，松柏类幸存而随后发育得更完善，被子植物更能适应较复杂的环境并演化和发育出更完善的结构如心皮，子房这样复杂的种子保护结构，当所谓的裸子植物和被子植物并列出现在地球上且经受同样的环境考验时，裸子植物已演化出套被和珠被的附加次生生长（珠被内出现维管束）的保护组织，这样的保护组织的作用和被子植物由子房壁发育出来的保护组织在功能上是一致的，但在起源方面则有不同的来源，反映出植物系统发育的多样性。