利用提升小波的蛋白质相互作用特征提取

利用提升小波从蛋白质序列中提取出它们相互作用的频谱特征,经支持向量机训练学习后,用于预测蛋白质间的相互作用.模拟计算结果表明,在阳性数据和阴性数据平衡的前提下,利用提升小波获取的低维蛋白质相互作用特征向量可以得到较高预测精度.进一步阐述了不同物种的蛋白质相互作用网络有着不同特征,为了得到更准确的预测结果,需要利用不同的方法提取蛋白质相互作用的特征.     

Dendritic Macromolecules as Inhibitors to Protein-Protein Binding

Summary: Our initial studies into protein binding using a series of dendrimers as size selective inhibitors have been described. Two different proteins, cytochromo-c and chymotrypsin have been selected for these binding experiments.     

蛋白质组学技术前沿进展

蛋白质组学是以生物体系整体蛋白质为研究对象的新的研究领域,已经成为后基因时代中生命科学最重要研究方向之一。 近年来,蛋白质组学研究取得了令人鼓舞的进展,一系列新技术与新方法得到了快速的发展。 本文总结了2013年以来蛋白质组学研究的有关新技术,并对其发展进行了展望。     

Yeast protein-protein interaction network model based on biological experimental data

Duplication and divergence have been widely recognized as the two dominant evolutionary forces in shaping biological networks, e.g., gene regulatory networks and protein-protein interaction (PPI) networks. It has been shown that the network growth models constructed on the principle of duplication and divergence can recapture the topological properties of real PPI networks. However, such network models only consider the evolution processes. How to select the model parameters with the real biological experimental data has not been presented. Therefore, based on the real PPI network statistical data, a yeast PPI network model is constructed. The simulation results indicate that the topological characteristics of the constructed network model are well consistent with those of real PPI networks, especially on sparseness, scale-free, small-world, hierarchical modularity, and disassortativity.     

基于改进伪氨基酸组成的蛋白质相互作用预测

提出了一种新的基于改进的伪氨基酸组成特征模型与随机森林的蛋白质相互作用预测方法。首先利用基于Geary自相关函数的伪氨基酸组成特征模型,对与蛋白质相互作用相关的氨基酸属性进行评价,然后根据评价结果选择相关的属性整合到基于Minkowski距离的伪氨基酸特征模型中,并使用随机森林作为分类器进行学习和预测,实验结果表明该方法相对于传统方法提高了正确率。
     

基于疏肝解郁功效的逍遥散寒苦肝和温辛肝性效关系研究

为探讨逍遥散中疏肝解郁中药的寒温差异与其功效的内在联系,通过数据库检索获取寒苦肝和温辛肝药性的主要有效成分及作用靶点,基于STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,采用Metascape对识别出的药性组合蛋白质-蛋白质相互作用网络进行京都基因与基因组百科全书通路注释和统计分析。结果表明:逍遥散中归肝经药性主要通过HTR2B等靶点参与神经递质、信号通路、内分泌发挥疏肝解郁的功效特点;逍遥散中寒苦药性主要通过CREBRF等靶点参与能量代谢、炎症反应发挥疏肝解郁的功效特点;逍遥散中温辛组合药性主要通过ADCY5等靶点参与炎症反应神经营养、氨基酸代谢发挥疏肝解郁的功效特点。该研究从分子网络水平阐释了逍遥散中归肝经药性的共性特征和寒苦药性、温辛药性的特异性特征,为逍遥散的药性与功效的内在联系研究提供了新思路和新方法。     

酵母双杂交系统的研究进展

酵母双杂交系统自创建以来,已成为研究蛋白质相互作用的重要手段,揭示了大量未知蛋白质之间的相互作用。随着该系统的广泛应用,近年来又发展了三杂交系统、单杂交系统、逆向双杂交系统、SOS富集系统等。酵母双杂交及其衍生系统已经成功地运用于蛋白质之间,蛋白质与DNA、RNA、配体之间相互作用的研究。     

蛋白质-蛋白质相互作用的实验检测方法

生物体内的蛋白质分子常常通过与其他蛋白质分子发生相互作用来发挥其生物功能.因此,研究蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)对于阐明蛋白质分子的生物功能以及分子作用机理具有重要的意义.主要介绍基于生物物理和生物化学原理的检测蛋白质-蛋白质相互作用的实验研究方法,并对发展趋...     

Proximity‐Triggered Covalent Stabilization of Low‐Affinity Protein Complexes In Vitro and In Vivo

The characterization of low‐affinity protein complexes is challenging due to their dynamic nature. Here, we present a method to stabilize transient protein complexes in vivo by generating a covalent and conformationally flexible bridge between the interaction partners. A highly active pyrrolysyl tRNA synthetase mutant directs the incorporation of unnatural amino acids bearing bromoalkyl moieties (BrCnK) into proteins. We demonstrate for the first time that low‐affinity protein complexes between BrCnK‐containing proteins and their binding partners can be stabilized in vivo in bacterial and mammalian cells. Using this approach, we determined the crystal structure of a transient GDP‐bound complex between a small G‐protein and its nucleotide exchange factor. We envision that this approach will prove valuable as a general tool for validating and characterizing protein–protein interactions in vitro and in vivo.