Caseinolytic Proteins (Clp) in the Genus Klebsiella: Special Focus on ClpK

Caseinolytic proteins (Clp), which are present in both prokaryotes and eukaryotes, play a major role in cell protein quality control and survival of bacteria in harsh environmental conditions. Recently, a member of this protein family, ClpK was identified in a pathogenic strain of Klebsiella pneumoniae which was responsible for nosocomial infections. ClpK is linked to the thermal stress survival of this pathogen. The genome wide analysis of Clp proteins in Klebsiella spp. indicates that ClpK is present in only 34% of the investigated strains. This suggests that the uptake of the clpk gene is selective and may only be taken up by a pathogen that needs to survive harsh environmental conditions. In silico analyses and molecular dynamic simulations show that ClpK is mainly α-helical and is highly dynamic. ClpK was successfully expressed and purified to homogeneity using affinity and anion exchange chromatography. Biophysical characterization of ClpK showed that it is predominantly alpha-helical, and this is in agreement with in silico analysis of the protein structure. Furthermore, the purified protein is biologically active and hydrolyses ATP in a concentration- dependent manner.     

一种Web信息抽取规则的优化方法

提出一种Web信息抽取规则的优化方法,用于提高信息抽取的效率.采用分级制的思想,将原有规则中的限制条件分为粗规则和细规则两部分.粗规则面向网页中所有的信息片断,用于信息的初步过滤;细规则面向过滤后的信息片断,用于抽取最终的信息.由此,避免了将规则中的限制条件应用于网页中的所有信息片断,达到了减少计算量、提高抽取速度的目的.     

密码子优化的植酸酶基因appA-P在毕赤酵母中的高效表达

根据毕赤酵母(Pichia pastoris)密码子使用偏爱性,对Escherichia coli来源的高比活植酸酶基因(appA)全面地进行密码子优化,人工合成了植酸酶基因(appA-P),并将该基因克隆到毕赤酵母诱导型分泌表达载体pHBM905A上,获得重组质粒pHBM905A-appA-P,通过PEG1000转化法将线性化的重组质粒转化毕赤酵母GS115菌株,筛选得到一个高效表达植酸酶的重组菌株GS115-appA-P,在25℃摇瓶培养168 h后酶活力达到422 U/mL,该植酸酶最适反应温度为60℃,最适反应pH为4.5,在20~50℃、pH1.0~6.0范围内较稳定.     

甲烷单加氧酶活性化合物的体外重构

甲烷氧化菌中甲烷单加氧酶既能催化甲烷转化为甲醇,也能降解小分子含氯有机物.将甲烷单加氧酶组分进行基因重组表达,利用表达的组分重构酶活性化合物,测定了重构化合物的丙烯环氧化活性及对三氯乙烯和三氯甲烷的降解.结果显示:经过30℃、220 r/min、20 min降解,约有52%的三氯乙烯被降解;在32℃、220 r/min、8 h反应条件下,约有26%的三氯甲烷被降解;表明甲烷单加氧酶亚基组分表达正确,能够在微生物体外重构活性化合物.     

EGFR基因C端结构域真核表达载体的构建

构建EGFR基因C端结构域的真核表达载体.应用PCR技术,从含EGFR基因C端结构域的大肠杆菌DH 5α中扩增其序列,亚克隆到真核表达载体pcDNA3.1( )中,经酶切及测序进行验证.PCR扩增片段与预期结果相符,真核表达载体构建成功,测序结果与GenBank公布的基因一致.成功地构建了EGFR基因C端两个结构域的真核表达载体.     

太空诱变宫颈癌细胞的差异表达基因初探

将搭载于“神舟四号”飞船飞行返地后的宫颈癌Caski细胞进行单克隆化,筛选出生长速度快于对照组、编号为44F10的细胞克隆,G1期细胞减少,S期细胞增多,成瘤能力增强;编号为48A9的细胞克隆细胞学行为与之相反,与对照组差异均有显著性(P<0.05)。为了解太空诱变肿瘤细胞生物学行为改变的机制,从分子水平入手研究经太空诱变的宫颈癌细胞和地面对照细胞的差异表达基因。应用含2747个人类肿瘤相关基因的Oligo双通道芯片研究差异表达基因。分别抽提44F10、48A9组和地面对照细胞的总RNA,逆转录cDNA并标记探针。将实验组和对照组cDNA探针混合,分别与同一张芯片杂交后,用不同的波长扫描荧光强度,从而筛选出差异基因。44F10组有16个基因呈现差异表达,48A9组有36个基因呈现差异表达。差异性表达主要涉及细胞凋亡、细胞增殖、细胞周期调控和信号转导的基因。促进细胞增殖的基因在44F10组中表达上调,而在48A9组中限制细胞增殖的基因表达上调。研究表明,太空诱变宫颈癌细胞的差异表达基因导致了细胞生物学行为的改变。     

自发光转录激活子样效应因子的功能分析

目的:对转录激活子样效应因子(TALE)蛋白进行特异性标记.方法:通过分子生物学技术,在TALE蛋白的C-端融合了一种具有优异光学性能的萤光素酶.结果:融合蛋白不仅可对目的 DNA进行特异性识别,还可产生萤光素酶的特征光谱.结论:萤光素酶的融合不影响TALE蛋白的正常功能,其光谱信息有望成为分析TALE蛋白与DNA相互作用的特异性检测信号.     

家蚕非编码RNA Bm-152功能初探

Bm-152是前期研究中发现的一个在家蚕丝腺中高表达的非编码RNA.采用实时荧光定量PCR技术对Bm-152在家蚕5龄到预蛹期不同发育天数丝腺中的表达谱进行检测.同时,在个体中过表达Bm-152,检测Bm-152可能参与的信号通路.结果显示,Bm-152在家蚕5龄幼虫丝腺发育过程中无明显的变化规律,但在吐丝第1天表达量较高,随后表达量又下降.通过在血淋巴中注射2μg piggyBac[A3-EGFP-A3-Bm-152]过表达载体,48h后发现Bm-152在丝腺组织中无明显过表达,但在非丝腺组织中可实现明显过表达,且表达量上调1.66倍;蜕皮激素信号通路基因Usp在非丝腺组织中上调1.95倍,E75A在非丝腺组织中上调2.26倍,保幼激素信号通路基因Met在非丝腺组织中上调1.79倍.表明非编码RNA Bm-152可能通过蜕皮激素和保幼激素信号通路参与家蚕发育,该结果为进一步探索Bm-152的功能提供了方向.     

温度对生命体寿命的影响

综述了温度对生命体寿命的作用,包括温度参与调节特定基因表达和细胞信号传导通路,温度对能量代谢、氧化还原水平、免疫功能和热量限制的影响。介绍了一种将温度系数引入死亡率定律的假设,以此计算温度与寿命之间的关系,为探究温度对寿命的直接影响提供参考和依据。